Nature Method | CancerMine:从文本中发掘癌症驱动、致病和抑制基因

推荐：江舜尧

编译：美少女

编辑：马莉

加拿大迈克·史密斯基因组科学中心Steven J. M. Jones团队于2019年5月20日在顶刊 Nature Method上面发表《CancerMine: a literature-mined resource for drivers, oncogenes and tumor suppressors in cancer》，CancerMine是一种能够从文本中发掘出与肿瘤相关的驱动、致病、抑制基因的工具。不同于现在人工更新的各种癌症基因组数据库，如TCGA，CIViC等，该工具可以实现自动对癌症基因组数据库的更新。

文章摘要

患有癌症的个体体内的肿瘤细胞通常隐藏有在疾病背后的基因层面上扩增的驱动力信息。作者开源的CancerMine工具能够针对多种癌症实现基于文本的驱动、致病和抑制基因的数据挖掘以完成癌症数据库的自动更新任务，本文使用的文本数据可以再签署了创作共用许可证Creative Commons Zero license 后在以下网址http://bionlp.bcgsc.ca/cancermine处获取，CancerMine的项目地址为：https://github.com/jakelever/cancermine

文中重要图片说明

图1 | 相关分类的分类表现以及被广泛研究的与癌症相关的基因和癌症。

图2 | CancerMine与不同数据库的比较以及基于基因功能的癌症类型聚类