Illumina Hiseq/Miseq测序原理简介
一、Solexa测序技术前世今生（——Illumina平台）
Solexa高通量测序技术是由英国剑桥大学派生的Solexa公司建立起来的。该方法以单分子阵列技术为基础，是对合成测序技术的发展与延伸。
二、测 序 原 理
Solexa是一种基于边合成边测序技术（Sequencing-By-Synthesis，SBS）的新型测序技术。通过单分子阵列实现在小型芯片（FlowCell）上进行桥式PCR反应。通过可逆阻断技术实现每次只合成一个碱基，再利用相应的激光激发荧光集团，捕获激发光，从而读取碱基信息。
1）Flow Cell结构
2）可逆阻断技术
3）边合成边测序（SBS）
a.加入测序引物
b.Cycles1
a)合成第一个碱基
b)清除未反应的碱基和试剂
c)激发荧光信号并读取 （可逆阻断技术的步骤）
d)去除荧光基团和阻断基团 （可逆阻断技术的步骤）
c.Cycle2……Cycle n
4）桥式PCR（——簇生成之“起始延伸”）
5）桥 式 PCR（——簇生成之“扩增”）
6）桥 式 PCR（——簇生成之“测序”）
7）碱基读取
三、工作流程
四、测 序 类 型
a)单端测序（single-read sequencing，SR）
b)双端测序（Paired-endsequencing，PE）
c)混样测序（Indexsequencing）
1）FollowCell 接头差异
Paired End
Uracil Specific Excision Reagent (USER)
尿嘧啶切割位点
FormamidopyrimidineGlycosylase (fpg)
糖基化酶切割位点
Single Read
Periodate Linearization
高碘酸盐切割位点
a）双 端 测 序
Paired-End sequencing（PE/双端测序）
−检测基因片段两端的基因信息。
b）单 端 测 序
Single-read sequencing（SR，单端测序）
−只检测基因片段一段的基因信息。
c）混 样 测 序
Index Sequencing：将多种样本混合测序
−充分利用solexa高通量测序特点。
A：Adapter
B：Fragment DNA
C：Index seq primer
D：Index
E：Adapter
五、仪 器 构 造
1）Miseq测序仪
六．测序结果展示
Fastq：Fastq是Solexa测序技术中一种反映测序序列的碱基质量的文件格式。
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