超级增强子相关调控分析
在基因转录调控方面,基因的启动区域会受到转录因子的调控,进而影响基因的功能。这样和转录因子结合的区域,我们称之为增强子。而超级增强子的话,则是包含了很多的增强子的区域。这段区域密集的收到转录因子的调控,这样就更加影响基因的变化了。SEanalysis(http://licpathway.net/SEanalysis/index.do)是一个用来分析超级增强子调控的数据库。这个数据库可以鉴定超级增强子相关基因,转录因子对于超级增强区域的调控以及鉴定到的转录因子上游的相关通路。
通路下游分析 上游调控分析 基因组位置的注释
查找超级增强子区域
; 按照样本类型检索
; 按照转录因子检索
; 按照通路检索
; 按照基因检索
主要分析方式
确定相关通路 寻找通路中转录因子结合位点 鉴定超级增强子区域 确定收到超级增强子调控的基因。
Detail
可以查看详细结果,可以看到不同细胞系当中调控的结果。我们可以改变不同的细胞系,查看不同疾病当中的调控网络。Detail
也可以看到具体的信息。基因区域
得到这些区域内的超级增强子位置。对于基因的转录调控,已经研究这么多年了。而超级增强子的概念也是近几年才提出来的,所以也还算一个稍微新的点子,所以如果实验设计当中有转录调控的这个实验。要不考虑考虑超级增强子?说不准有新的发现呢!
赞 (0)