基因家族分析（与一个小工具的成长）
写在前面
无心插柳，或许可以用来形容TBtools功能的增加与增强。我们从来没可以要写一个基因家族分析相关的工具，但现状是，TBtools的一部分功能确实可以完全地覆盖常见基因家族分析的各个部分。或者应该这么说，目前市面上你找得到基因家族分析培训课程内容，TBtools基本都提供了多平台的可视化界面工具，无论你是用windows，Mac还是Linux。事实上，在windows下开展是最方便的。与一些人的认知不同，在我看来，如果只是做个基因家族鉴定，Linux是完全不需要的，VituralBox更是不需要的，一行命令也是不需要的。
部分与基因家族分析相关的推文
在公众号上，我推送过十来篇与基因家族分析不同部分相关的推文。事实上，这些推文基本都过时了，或者是TBtools里面已经都重新实现了更方便和优秀的工具。作为一个目录帖，我还是将其包括进来，过时的操作，本身也是对过去的记录，或许可以为一些人调整分析逻辑和思路，提供一些参考。
两篇过时的推文，重现一个朋友基因家族文章的分析部分
基因家族分析文章之windows环境下两小时基本重现 - https://www.jianshu.com/p/adcda8009ff1
零基础-完全重现某个基因家族分析文章（的分析部分）- https://www.jianshu.com/p/88075f6cd4f1
我与文章作者在推文当时已经沟通，至今有数次交流。推文中可能存在不妥当的地方，请大家直接忽略。
另外两篇过时的推文，在windows下使用虚拟机
windows下安装VituralBox以使用Linux系统分析数据 - https://www.jianshu.com/p/6caf60f58869
windows下安装hmmer软件进行结构域模式扫描 - ttps://www.jianshu.com/p/5419a7569e10
之所以说这两篇过时，主要原因还是使用的虚拟机。因为现在TBtools已经打包了最新版本的hmmer，可以直接在windows下运行。
零基础-在基因组水平-展示你的基因集合-只要没有放弃，思路总会到来 - https://www.jianshu.com/p/bc117d41b66e ，我对这个功能，事实上比较满意。
绘图中设计到一个字符串重叠的处理。这个问题困扰了我较长时间，从JJplot到JJplot2，再到JIGplot。最后终于还是找到一个相对快速的解决办法。
基于gff3/gtf文件-批量提取启动子或CDS序列-任何人都可以 - https://www.jianshu.com/p/ebe0e2bceae3
这是一些基础的序列提取功能。新公开的基因组常常只有基因组序列文件.fa和基因结构注释文件.gff3/.gtf，做任何分析之前，我们首先要获得的是CDS或者是蛋白的全集。现在TBtools提供批量翻译CDS的功能。事实上，不少人会直接使用官方网站提供的cds或者pep文件。我个人并不赞同这种操作，主要原因是，自己提取cds，随后进行翻译，本身可以得到一样的结果，同时可以保持基因序列ID的统一性，极大地方便了下游数据分析。
此外，一般在linux下，多数人会用gffreads，但是在windows下，很少人可以找到可用的工具，而TBtools就提供这一工具，而且可以界面化操作。
事实上，不止于此。TBtools还提供了全基因组启动子序列提取功能。当然，随后你可以预测顺式作用原件，再使用TBtools做可视化。
植物启动子-顺势作用元件-批量提取-预测-可视化分析 - https://www.jianshu.com/p/f5ac1c21c202
从进化（分类）的角度观察生物学数据，常常可以发现一些有趣的生物学问题。在一些基因家族文章中，我们常常可以看到，进化树+与MEME结果的组合图，进化树与基因结构的组合图，进化树与保守结构域的组合图，当然，也有可能是三者的任意组合。几乎所有的操作都需要综合几个软件的操作，最后手工拼接进化树和其他元件。这在事实上是最不准确的操作。于是，我们在很早的时候，就在TBtools中实现了这一功能。目前也有一些已报道的工作使用了这一工具。
基因集合可视化---如何更优雅、快速、方便而全面？ - https://www.jianshu.com/p/a688fb670dc0
自从我们基本完成了JIGplot的开发，TBtools中所有新的图片，其实都是可交互的。
一张图一次性展示进化树-Motif Pattern-基因结构，却不能编辑树？ - https://www.jianshu.com/p/5a2cb096f94f
认真做基因家族分析的人，其实很清楚，基因组基因结构有相当部分是有问题的。于是，我也写了推文，TBtools也推出了辅助工具。
矫正基因结构注释 - 做有良心的基因家族分析 - https://www.jianshu.com/p/95064d1f3713
热图当然是常见的。TBtools很早就提供了一个热图工具。最近也推送了一个公益热图教程。感兴趣的可以扫码参与。
而，热图其实可以跟进化树结合，从进化的角度查看一些数据。
10秒-完成-进化树+热图的组合图，这有一个简单快速的解法 - https://www.jianshu.com/p/2137418d53a6
鉴定了基因家族之后，常常我们想要看看基因家族成员之间的关系。此时常用的工具是MCScanX。对于这个工具的使用，市面上，或者说几乎所有人都会告诉你，必须在Linux下，或者是windows下安装虚拟机使用。但事实上，TBtools已经打包了MCScanX，完全不需要linux，可直接使用
计算dn/ds...嗯...可能还是有用吧。比如做一些选择分析。
批量计算kaks，所有人-技能Get ! - https://www.jianshu.com/p/f6963c96e99c
有时候，我们需要画一些简单的Circos图，这样可以在全基因组水平观察不同数据之间的交集和差集
任何人！十分钟掌握Circos图绘制 - https://www.jianshu.com/p/13c25157219b
虽然，我觉得通过上述推文的介绍，其实每个人都可以相对轻松地完成基因家族分析。但可能文字并不能很好地传递个人的分析经验和操作。所以，我也录制了一些视频。
掌握基因家族分析与可视化-任何人都可以！- https://www.jianshu.com/p/65b00cf88d90
写在后面
过去的一年，有收获，也有失去。
新春佳节，祝大家
新春快乐，万事如意！