初识Nextflow (系列之一) / 四六文摘

写在前面

每个人的时间都是有限的。
昨夜反思，当我发现博士生活已经过了一年半，而我也需要耗费一定量的时间在实验上的时候，我开始有顾虑。我认知中的

成长是需要时间的，浮沙筑高楼是不可能持久的。

这类观点，与现实格格不入。
我也突然发现，我所认为的打好基础的生信学习方式，只适合我自己。
所以我选择放弃一些想做的事情，切换模式开展。希望这会是一个能够在短时间内极大提升整体工作效率的方式。

我开始发现，很多不错的东西，我会推荐给少数的师弟师妹，而其中有极少数在最后用起来，也用的很好，包括python，docker和Nextflow。但是事实上，我都是在推荐给他们后一两年才开始真正地使用这些工具。主要原因是，我认为这些必然是好东西，他们必火，但是我没有时间也不想改变。

不愿意改变的，自然是会被淘汰的。正如我现在的窘境。你不应该其期望有人能够跟你一样，有充足的时间，精力和机遇，冲进去，杀出来。所以，你应该造一门大炮，然后来者，只需要点火就可以完成你所不能完成事情。

回到主题

NextFlow，知道的人知道，不知道的人或许以后会知道。我终于还是要用起来。毕竟从流程搭建上，我个人的直观感受比make，snakmake都会更优秀。

NextFlow 调试与使用

环境需要

Linux Mac等，如果是windows，那么可能推荐从虚拟机

软件配置

确保java1.7 及以上的版本
java -version
下载

curl -s https://get.nextflow.io | bash

下载完成之后，会在当前目录生成一个nextflow可执行文件，文件可移动到环境变量可访问的目录。事实上，这是一个明显的过程，下载一个bash文件，并执行他

运行示例

./nextflow run hello

对docker有所了解的朋友，应是马上get到。即下载并运行他。

实践操作

从本地创建的流程并运行

vim tutorial.nf

文件中输入以下内容

#!/usr/bin/env nextflowparams.str = 'Hello world!'process splitLetters { output: file 'chunk_*' into letters mode flatten """ printf '${params.str}' | split -b 6 - chunk_ """} process convertToUpper { input: file x from letters output: stdout result """ cat $x | tr '[a-z]' '[A-Z]' """} result.subscribe { println it.trim() }

运行

nextflow run tutorial.nf

定义了两个步骤，一个步骤串一个步骤，其中splitLetters运行了一次，将字符串分隔并输出到两个文件，而convertToUpper运行了两次，而且还是并行运行的。
注意，在当前文件夹下会产生work文件夹，这个文件夹，记录了已经运行完成的步骤。当.nf脚本某个部分发生改变，而这个改变不影响该步骤时，该步骤会直接使用之前的结果（可能极大地提升时间）。

修改流程并查看使用缓存的已运行步骤

修改.nf文件中的convertToUpper的处理函数为rev $x，即

process convertToUpper { input: file x from letters output: stdout result """ rev $x """}

重新运行时，如果加上-resume参数，那么就可以使用缓存

nextflow run tutorial.nf -resume

当然，如果没加-resume，那么就会不使用缓存

使用命令行参数

上述.nf脚本中的params.str 事实上是设置默认参数。这个参数可以通过命令行直接给予，如

nextflow run tutorial.nf --str 'Hola mundo'

初识Nextflow (系列之一)