mapman-安装与配置-(mapman系列之二)
mapman简单介绍
上一篇推文,我们已经大体知道了mapman是啥以及它有啥用,点击跳转。接下来,我们侃侃,mapman怎么用?
首先必须明确说明一点:
Mapman可以用于模式生物,也可以用于非模式生物
Mapman可以用于模式生物,也可以用于非模式生物
Mapman可以用于模式生物,也可以用于非模式生物
以免有朋友还是要问我…..其实mapman本身已经包括了不少非模式生物的映射信息。
下载与安装
下载: 访问mapman主页(https://mapman.gabipd.org/),从右侧的News,可以看出mapman得到持续地维护,是一个活着的软件。
跳转下载页面
下载页面中,包含了三大主流操作系统打包好的安装程序。
exe后缀,自然windows系统的安装程序,下载,双击安装,与常见程序安装类似
jar后缀,即java程序,linux或者Mac系统默认自带Java,一般就是下载双击即可,或者是通过命令行启动
java -jar MapmanXXXX.jar
。类似的操作在任何带有Java运行环境的PC上均可dmp后缀,Mac的Dockerfile?镜像文件,用Mac的朋友就知道啦,双击搞定
根据自己的操作系统,点击三个链接中的一个,进行下载,(国外网站,下载速度可能不快,生信札记,知识星球的朋友可直接到星球下载)
待下载完成,即可进行安装。下面以windows下程序的安装为例
mapman在windows上的安装
mapman的安装与其他windows程序基本没差别,双击安装即可(语言肯定选择Eng….毕竟没有中文,而其他语言我也看不懂)
一般直接默认安装即可,如果遇到权限问题,那么就调整安装路径,Note:一般不建议选择路径中有空格的路径,这个在mapman中没问题,但对其他就不一定了
启动程序(其实才是mapman安装的开始)
Note: mapman安装需要联网,请确保网络通畅,再行启动,要不网络中断可能需要清理中间文件,重新初始化mapman,麻烦
从开始菜单,或者桌面找到Mapman的启动图片,打开Mapman即可
其会询问是否设置代理,直接跳过,点击确定。随后是设置放置Mapman数据库的位置,自行设定一个即可,
Mapman收录的数据较多,数据库也相对较大。在SCAU强大的网络环境,一般情况下,点击确定之后,电脑室温过夜。在此期间,mapman从Mapman的官网,下载其
mapping data,即多个物种的基因ID的BIN信息,类似基因的GeneOntology信息,包括了水稻,玉米等
2.pathway data and map,即每个BIN对应的通路位置,以及通路图片。
3.示例数据
今日到此
大年初三,出去聚餐。看着字数也差不多,微信推文写太长也不好哈,明天继续。
感兴趣的朋友请先下载,安装以及过夜放置你的电脑 T_T
接下来应该是,基本操作说明:
可能是
1.模式植物-或mapman数据库收录了的物种的操作
2.非模式植物-或mapman数据库没有收录的物种的操作