失望已极的鲁秀决定重回北魏，刘义宣不能自存，打算跟着他一起逃走，于是带着儿子刘慆以及五个爱妾，命她们改穿男子衣服跟随其后。此时，城内一片混乱，白刃相接，刀枪横飞，吓得刘义宣从马上掉落，改作步行。竺超民把他们送到城外，换了一匹马让刘义宣骑，然后回到城里坚守。出城后，刘义宣却找不到鲁秀的踪迹，左右侍从也全都抛弃了他。深夜，走投无路的刘义宣回到南郡空无一人的太守府里呆坐到天亮。第二天早晨，竺超民派人将刘义宣抓了起来，送到监狱，刘义宣在监狱里坐在地上叹息道：“臧质这个老奴才害了我！”当五个爱妾被押送出去时，刘义宣心痛如绞，悲号哭喊，对狱吏道：“平时的日子并不算苦，今天和她们分别才是真苦啊！”逃亡路上，鲁秀的将士也四散一空，只好返回江陵，江陵城上的守军一齐向他射箭。鲁秀投水自尽，江陵守军砍下了他的头。
刘义宣和鲁秀之死标志着叛乱彻底平定，刘骏也开始收拾残局，诏令右仆射刘延孙前往荆州和江州，调查甄别忠奸曲直，就地进行奖赏和惩处，并打算将这二州的地区进行分割，再设置一个新州。
当初，晋室南迁，把扬州作为京畿，朝廷所需要的布帛粮食等都由扬州提供，又把荆州和江州作为重要的军事要镇，全国的精锐部队全都聚集在这二州，常派大将驻守。因此，这三个州的人口数量占了江南人口总数的一半。平定叛乱后，刘骏深感这三地的军力、民力过于强大，想要将其分割。孝建元年（公元454年）六月十八，刘骏从扬州分出浙东五郡，设立东扬州，治所设在会稽；从荆州、湘州、江州、豫州分出八郡，设立郢州，治所设在江夏；撤销南蛮校尉，将其所属部队调回建康。太傅刘义恭打算将郢州州府设在巴陵，尚书令何尚之道：“夏口位于荆州和江州中间，正对着沔口，又直通雍州和梁州，自古以来就是军事重镇。而且，它既有现成的城池，又有很大的港湾，可以停泊很多船只，在此设立州府，再合适不过。”刘骏批准了他的建议，遂设在夏口。不久，荆州和扬州由于这种变动而消耗大量财力，何尚之请求重新恢复这二州原来的辖地，刘骏不许。除了地方州郡的尾大不掉，刘骏对宗室的强大也深恶痛绝，更不想让臣属把持大权。刘义恭看出了他的心思，请求撤销录尚书事。刘骏欣然应允，撤销录尚书事后，皇权集于刘骏一身。随后，刘骏下令让王公、八座给荆州刺史朱修之写信，让他告诉刘义宣自行了断。信还没送到，朱修之已进入江陵杀了刘义宣，同时诛杀了他的十六个儿子以及同党竺超民、从事中郎蔡超、谘议参军颜乐之等。
按照惯例，竺超民的兄弟也应该斩首，何尚之为此上书道：“刘义宣已经远逃，一个人就可以抓获他。如果竺超民是个反复无常、贪图小利的人，那他应该逮捕刘义宣。这样，他不但可以免于惩处，还可以得到不义之赏。但竺超民并没有这么做，由此可见他的仁义之心。而且，竺超民为朝廷保住了江陵城，一直小心地坚守江陵仓库，坐等被捕。如果我们连他的兄弟也要杀了，同其他逆党一样对待，刑罚未免有些过重。”
最终，刘骏赦免了竺超民的兄弟，也保住了竺夔的一支血脉。
孝建二年（公元455年）正月，镇北大将军、南兖州刺史沈庆之请求告老还乡。这一年，沈庆之已经六十九岁。二月初五，刘骏以沈庆之为左光禄大夫、开府仪同三司。沈庆之坚决辞让，几十次上奏章，又当刘骏的面亲自陈述，言辞恳切，甚至到了叩头哭泣的地步，刘骏无奈，只好让他以始兴公的身份回到私宅养老，给以丰厚的用度和俸禄。其实，以沈庆之的功劳，完全可以在刘骏手下多干几年，刘骏也特别需要他。但他能在此时急流勇退，算得上一个明智之人。二月二十，刘骏以刘延孙为南兖州刺史，代替沈庆之的位置。刘裕立国后，有鉴于东晋地方将领尾大不掉的情况，重用宗室。这项举措，一开始对于稳定新生政权是有益的，但随着王朝根基的稳固，宗室本身成为皇权的威胁，以致政变不断，骨肉相残。刘骏对此深有体会，即位后一直致力于削弱宗室。在此种情况下，宗室只有两个选择，要么被削，要么主动求削。十月初一，江夏王刘义恭、竟陵王刘诞一起向刘骏启奏，请求裁减王侯的车马、服饰、器用、乐舞制度，一共有九条。刘骏借此机会暗示有关部门，进一步增加到二十四条，诸如：在处理事务时，不能面向南坐；剑柄不能做成辘轳的形状；封国所属官员对王侯自称下官，不能称臣；罢官以后，不再追加其他封赐。这些事情看似都是表面的，但只有先从这些方面入手，削弱王侯的权威和尊荣，然后再逐步削减他们的实权，循序渐进。十月二十四，刘骏以刘义恭领扬州刺史，刘诞为司空、领南徐州刺史，建平王刘宏为尚书令，表面上继续委以高官厚禄。
杨保宗被北魏所杀后，仇池宣告灭国，他的儿子杨元和虽然是仇池杨氏的嫡系正统，但刘宋因为他年纪太小、才能又弱，一直没有给他正式封号，致使氐族部落没有一个固定的首领，成为雍州的隐患。
杨文德的堂兄杨头先前戍守葭芦时，他的母亲、妻子、孩子及兄弟们都被北魏军抓走，杨头却依然坚守葭芦，对刘宋忠贞不二。
雍州刺史王玄谟为此上疏给刘骏道：“请求加封杨头为假节、西秦州刺史，以此安抚氐族部落，等几年以后，杨元和年纪稍稍长大一些，再命令他继承祖先开创的大业。如果杨元和承担不了这一重任，那就由杨头承担。杨头能够誓死保卫葭芦，使该地没有胡虏的祸患，所管辖的只有四千户人家，看似微不足道，但如果葭芦守不住，敌人入侵，汉川也难保。”
王玄谟的意思是，葭芦是汉川的门户，为了汉川的长治久安，必须选择一个更靠谱的人，一直忠于刘宋的杨头就是最好的选择。
然而，刘骏并没有听从王玄谟的劝告。这一年，刘骏以杨元和为征虏将军，杨头为辅国将军，形成互相牵制之势。
这是刘骏驾驭臣属的一贯做法，但在边境并没有起到应有的作用，最终导致杨元和归附北魏，成为边境隐患。
