选择差额纳税的纳税人，向用工单位收取用于支付给劳务派遣员工工资、福利和为其办理社会保险及住房公积金的费用，不得开具增值税专用发票，可以开具普通发票。差额计税有三种开票方式：
（1）部分开具专票，部分开普票：向用工单位收取用于支付给劳务派遣员工工资、福利和为其办理社会保险及住房公积金的费用开具普通发票，收取的劳务派遣服务费开具增值税专用发票。用人单位只能根据专票上注明的增值税额抵扣进项税。
（2）只开具普通发票：这种情况用人单位不能抵扣进项税额。
（3）只开专票：纳税人提供劳务派遣服务，选择差额纳税的，向用工单位收取用于支付给劳务派遣员工工资、福利和为其办理社会保险及住房公积金的费用，不得开具增值税专用发票，可以开具增值税普通发票。
纳税人可以使用新系统中差额开具功能开具5%专用发票，录入含税销售额和扣除额，系统会自动计算税额和不含税金额，备注栏自动打印“差额征税”字样，发票开具不应与其他应税行为混开。用人单位取得“差额征税”专用发票的，可以按照相关规定抵扣进项税额。
2.进项税额抵扣
《财政部税务总局海关总署关于深化增值税改革有关政策的公告》（财政部税务总局海关总署公告2019年第39号）第六条规定：所称“国内旅客运输服务”，限于与本单位签订了劳动合同的员工，以及本单位作为用工单位接受的劳务派遣员工发生的国内旅客运输服务。因此，劳务派遣员工向用工单位报销的国内旅客运输服务，可以抵扣增值税。作为进项税额抵扣的凭证有：增值税专用发票、增值税电子普通发票，注明旅客身份信息的航空运输电子客票行程单、铁路车票以及公路、水路等其他客票。
1.一般处理
《国家税务总局关于企业工资薪金和职工福利费等支出税前扣除问题的公告》(国家税务总局公告2015年第34号)规定：企业接受外部劳务派遣用工支出税前扣除问题企业接受外部劳务派遣用工所实际发生的费用，应分两种情况按规定在税前扣除：按照协议(合同)约定直接支付给劳务派遣公司的费用，应作为劳务费支出；直接支付给员工个人的费用，应作为工资薪金支出和职工福利费支出。其中属于工资薪金支出的费用，准予计入企业工资薪金总额的基数，作为计算其他各项相关费用扣除的依据。
【例】中秋节给劳务派遣人员发放的月饼，可以计入福利费税前扣除。
2.研发费用加计扣除
《国家税务总局关于研发费用税前加计扣除归集范围有关问题的公告》（国家税务总局公告2017年第40号）规定，外聘研发人员是指与本企业或劳务派遣企业签订劳务用工协议（合同）和临时聘用的研究人员、技术人员、辅助人员。
接受劳务派遣的企业按照协议（合同）约定支付给劳务派遣企业，且由劳务派遣企业实际支付给外聘研发人员的工资薪金等费用，属于外聘研发人员的劳务费用。
3.高新技术企业认定中科技人员
2016年8月科技部火炬中心《关于2016年度高新技术企业认定答疑》第17问对于“临时聘用人员包含劳务派遣人员吗？”答复为：不包含。
高新技术企业认定中科技人员不包括劳务派遣人员。
4. 小型微利企业的从业人数，包括与企业建立劳动关系的职工人数和企业接受的劳务派遣用工人数。鉴于劳务派遣用工人数已经计入了用人单位的从业人数，本着合理性原则，在判断劳务派遣公司是否符合小型微利企业条件时，可不再将劳务派出人员重复计入本公司的从业人数。
通过劳务派遣公司发放的工资薪金预扣预缴个税一般情况下，企业接受外部劳务派遣用工所实际发生的费用，如果是直接支付给劳务派遣公司的，派遣员工的个人所得税应该由劳务派遣公司预扣预缴；如果是直接支付给派遣员工个人的，派遣员工的个人所得税应该由用工企业预扣预缴。在会计处理上，用工单位在进行账务处理时，应按照协议约定直接支付给劳务派遣公司的费用，应计入实际的相关成本费用中核算；支付给被派遣者个人的费用，应作为工资薪金支出和职工福利费支出，在“应付职工薪酬—工资”等会计科目核算。《劳务派遣暂行规定》（中华人民共和国人力资源和社会保障部令第22号）规定：劳务派遣单位跨地区派遣劳动者的，应当在用工单位所在地为被派遣劳动者参加社会保险，按照用工单位所在地的规定缴纳社会保险费，被派遣劳动者按照国家规定享受社会保险待遇。劳务派遣单位在用工单位所在地设立分支机构的，由分支机构为被派遣劳动者办理参保手续，缴纳社会保险费。劳务派遣单位未在用工单位所在地设立分支机构的，由用工单位代劳务派遣单位为被派遣劳动者办理参保手续，缴纳社会保险费。根据《中华全国总工会关于组织劳务派遣工加入工会的规定》 (总工发(2009)21号)第3条规定，劳务派遣工的工会经费应由用工单位按劳务派遣工工资总额的百分之二提取并拨付劳务派遣单位工会，属于应上缴上级工会的经费，由劳务派遣单位工会按规定比例上缴。用工单位工会接受委托管理劳务派遣工会员的，工会经费留用部分由用工单位工会使用或由劳务派遣单位工会和用工单位工会协商确定。
《残疾人就业保障金征收使用管理办法》的通知（财税[2015]72号）的规定，以劳务派遣用工的，计入派遣单位在职职工人数。
《财政部关于调整残疾人就业保障金征收政策的公告》（财政部公告2019年第98号）规定，用人单位依法以劳务派遣方式接受残疾人在本单位就业的，由派遣单位和接受单位通过签订协议的方式协商一致后，将残疾人数计入其中一方的实际安排残疾人就业人数和在职职工人数，不得重复计算。
自2020年1月1日起至2022年12月31日，在职职工人数在30人（含）以下的企业，暂免征收残疾人就业保障金。
