这里的乳腺癌表达量矩阵数据集更多

前面我们分享了 你还缺乳腺癌表达量数据集吗,里面有34个数据集,然后热心的粉丝留言了另外一个包:MetaGxBreast ,里面的数据集更多。同样的也值得介绍

安装和加载MetaGxBreast相信已经无需我多说了:

BiocManager::install('MetaGxBreast')  
library("MetaGxBreast") 

这个包MetaGxBreast整理好的数据集超级多:

# 代号,具体数据集描述如下
CAL CAL
DFHCC DFHCC
DFHCC2 DFHCC2
DFHCC3 DFHCC3
DUKE DUKE
DUKE2 DUKE2
dupplicates a list containing the names of patients that are believed to be dulicates across datasets
EMC2 EMC2
EORTC10994 EORTC10994
EXPO EXPO
FNCLCC FNCLCC
GSE25066 GSE25066
GSE32646 GSE32646
GSE48091 GSE48091
GSE58644 GSE58644
HLP HLP
IRB IRB
KOO KOO
loadBreastDatasets Function to load breast cancer SummarizedExperiment objectsfrom the Experiment Hub
loadBreastEsets Function to load breast cancer expression sets from the Experiment Hub
LUND LUND
LUND2 LUND2
MAINZ MAINZ
MAQC2 MAQC2
MCCC MCCC
MDA4 MDA4
METABRIC METABRIC
MSK MSK
MUG MUG
NCCS NCCS
NCI NCI
NKI NKI
PNC PNC
STK STK
STNO2 STNO2
TCGA TCGA
TRANSBIG TRANSBIG
UCSF UCSF
UNC4 UNC4
UNT UNT
UPP UPP
VDX VDX

使用 loadBreastEsets 函数实时下载

可以一次性下载多个数据集,得到一个列表

 esets = MetaGxBreast::loadBreastEsets(loadString = c("CAL", "DFHCC", "DFHCC2", "DFHCC3", "DUKE", "DUKE2", "EMC2"))[[1]]
 

这个 esets列表的每个元素都是一个 独立的ExpressionSet对象,后面可以做个性化分析,跟着下面的课程《GEO数据挖掘课程》即可:

《GEO数据挖掘课程》

我把3年前的收费视频课程:3年前的GEO数据挖掘课程你可以听3小时或者3天甚至3个月,免费到B站:

  • 这个课程超级棒,B站免费学习咯:https://m.bilibili.com/video/BV1dy4y1C7jz
  • 配套代码在GitHub哈:https://github.com/jmzeng1314/GSE76275-TNBC
  • TCGA数据库挖掘,代码在:https://github.com/jmzeng1314/TCGA_BRCA
  • GTEx数据库挖掘,代码在:https://github.com/jmzeng1314/gtex_BRCA
  • METABRIC数据库挖掘,代码在:https://github.com/jmzeng1314/METABRIC

然后马上就有了3千多学习量,而且有学员给出来了图文并茂版本万字笔记,让我非常感动!

扫描下面二维码马上就可以学习起来啦,笔记需要至少半个小时来阅读哦!

有一个练习题:《GEO数据挖掘课程》配套练习题,关于这个课程学徒也写了一系列笔记:学徒写的《GEO数据挖掘课程》的配套笔记完结撒花

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