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先明确一点：金三申报系统是纳税工具，不是法律。
我们经常与之打交道的系统只是工具，是纳税人与税务人员共同操作，是税务机关利用该系统实现税收征管的手段和方式。
这一最基础的税务规则，纳税人必须要认清，也有利于摆正纳税人与征税人之间的关系。基本关系如果都没有清楚，就谈不上一个合格的税务会计。正因为是工具，所以，谁操作它谁就可以改变它。但它并不直接代表法律。不论是系统申报还是大厅纸质申报，我们都只对自己的申报行为本身及其后果承担责任。比如，因某种原因，比如怀疑你存在虚开增值税专用发票的嫌疑，导致无法在网上申报，并不代表你处于不能申报的状态，也不代表你就被免除了申报义务。只是税务机关不让你使用他管理的系统申报而已。只能去大厅申报，履行义务，依法该怎么办，就怎么办。这样做在法律上是有依据的。去税务局现场申报是履行申报义务的法定程序，税务也无权拒绝；但使用计算机网络系统进行申报，是需要税务同意的一个行为。《征管法》对此有规定，收缴发票和停售发票，是基于违法行为做出的处罚。如果不能先给出违法的法定结论—《税务行为处罚决定书》及其法定送达程序，是不能收缴和停售发票。所以，如果是你存在被违事实，这就是法定后果，但是税务机关必须走法定程序才可以----下达《税务行为处罚决定书》，而不能粗暴野蛮任意锁定开票系统。当然企业可以选择听证、复议、诉讼等程序进行维权，这也要胆量和勇气。因为税务局是发票管理的唯一机关，所以，找税务，请他替你代开，但一般纳税人代开不出专票。或者要求其解决你的开票问题，总之得让你开得了票，这就非常考验办税水平。中国的企业平时偷点、漏点，稽查来了补点、送点，这是中国特色。
