m6A在线预测网站——SRAMP

点击“Prediction”按钮

选择预测的模型

左边的“Full transcript mode”在对编码和非编码RNA进行预测时，建议使用此模式。 注意，在该模式中，应使用完整转录物（具有内含子）而不是成熟mRNA / cDNA序列的基因组序列。而对于没有完整基因组序列的用户来说，可以选择右侧的“Mature mRNA mode”，这种预测模式是一种备选解决方案，相对来说预测的准确性不如左边的，该模型适用于成熟mRNA（cDNA）序列，不能预测内含子中的m6A位点。

下面我们演示的是网站默认的test1(TROVE2)序列，后面的选项都是默认的，点击“Submit”就可以预测序列的m6A结合位点了。

耐心的等待

预测结果

有两个结合位点，在“Decision”列中可以看出预测的两个结合位点具有很高的可信度。SRAMP网站提供了几个阈值：99 %/95%/90%/85%，分别对应very high/high/moderate/low的自信度，当然我们一般都挑选“very high”啦。预测结果是按照“Position”位置排序的，所以还需要综合各个位点“Score”情况。

SRAMP网站还提供了RNA二级结构m6A位点结合预测功能，写材料，发文章，有个图不是更加美观？看到这个画面的时候，网站默认选项是“NO(default)”，我们选择“YES(much slower)”,然后点击“Submit”就行，计算过程需要花更多的时间，这个取决于提交序列的长度，请各位客官耐心等待。

预测结果

点击“Draw”，RNA二级结构m6A位点预测图就出来了

SRAMP网站运算速度比较慢，如果需要预测的序列较多，有一台不错的电脑，可以自行下载SRAMP tool（压缩包大概2G），同时安装R语言和Perl语言就可以运算了。

SRAMP算是一个不错的网站，界面相当简洁，由北京大学创建