一.Linux系统目录结构

linux的文件系统是采用级层式的树状目录结构，在此结构中最上层是根目录“/”，然后在此目录下再创建其它的目录。在linux世界里。一切皆文件。

以下是对这些目录的解释：

/bin：bin是Binary的缩写, 这个目录存放着最经常使用的命令。
/boot：这里存放的是启动Linux时使用的一些核心文件，包括一些连接文件以及镜像文件。
/dev ：dev是Device(设备)的缩写, 该目录下存放的是Linux的外部设备，在Linux中访问设备的方式和访问文件的方式是相同的。
/etc：这个目录用来存放所有的系统管理所需要的配置文件和子目录。
/home：用户的主目录，在Linux中，每个用户都有一个自己的目录，一般该目录名是以用户的账号命名的。
/lib：这个目录里存放着系统最基本的动态连接共享库，其作用类似于Windows里的DLL文件。几乎所有的应用程序都需要用到这些共享库。
/lost+found：这个目录一般情况下是空的，当系统非法关机后，这里就存放了一些文件。
/media：linux 系统会自动识别一些设备，例如U盘、光驱等等，当识别后，linux会把识别的设备挂载到这个目录下。
/mnt：系统提供该目录是为了让用户临时挂载别的文件系统的，我们可以将光驱挂载在/mnt/上，然后进入该目录就可以查看光驱里的内容了。
/opt：这是给主机额外安装软件所摆放的目录。比如你安装一个ORACLE数据库则就可以放到这个目录下。默认是空的。
/proc：这个目录是一个虚拟的目录，它是系统内存的映射，我们可以通过直接访问这个目录来获取系统信息。
这个目录的内容不在硬盘上而是在内存里，我们也可以直接修改里面的某些文件，比如可以通过下面的命令来屏蔽主机的ping命令，使别人无法ping你的机器：echo 1 > /proc/sys/net/ipv4/icmp_echo_ignore_all
/root：该目录为系统管理员，也称作超级权限者的用户主目录。
/sbin：s就是Super User的意思，这里存放的是系统管理员使用的系统管理程序。
/selinux：这个目录是Redhat/CentOS所特有的目录，Selinux是一个安全机制，类似于windows的防火墙，但是这套机制比较复杂，这个目录就是存放selinux相关的文件的。
/srv：该目录存放一些服务启动之后需要提取的数据。
/sys：这是linux2.6内核的一个很大的变化。该目录下安装了2.6内核中新出现的一个文件系统 sysfs 。sysfs文件系统集成了下面3种文件系统的信息：针对进程信息的proc文件系统、针对设备的devfs文件系统以及针对伪终端的devpts文件系统。该文件系统是内核设备树的一个直观反映。当一个内核对象被创建的时候，对应的文件和目录也在内核对象子系统中被创建。
/tmp：这个目录是用来存放一些临时文件的。
/usr：这是一个非常重要的目录，用户的很多应用程序和文件都放在这个目录下，类似于windows下的program files目录。
/usr/bin：系统用户使用的应用程序。
/usr/sbin：超级用户使用的比较高级的管理程序和系统守护程序。
/usr/src：内核源代码默认的放置目录。
/var：这个目录中存放着在不断扩充着的东西，我们习惯将那些经常被修改的目录放在这个目录下。包括各种日志文件。
/run：是一个临时文件系统，存储系统启动以来的信息。当系统重启时，这个目录下的文件应该被删掉或清除。如果你的系统上有 /var/run 目录，应该让它指向 run。
在 Linux 系统中，有几个目录是比较重要的，平时需要注意不要误删除或者随意更改内部文件。
/etc：上边也提到了，这个是系统中的配置文件，如果你更改了该目录下的某个文件可能会导致系统不能启动。
/bin, /sbin, /usr/bin, /usr/sbin: 这是系统预设的执行文件的放置目录，比如 ls 就是在/bin/ls 目录下的。值得提出的是，/bin, /usr/bin 是给系统用户使用的指令（除root外的通用户），而/sbin, /usr/sbin 则是给root使用的指令。
/var：这是一个非常重要的目录，系统上跑了很多程序，那么每个程序都会有相应的日志产生，而这些日志就被记录到这个目录下，具体在/var/log 目录下，另外mail的预设放置也是在这里。

参考：https://www.runoob.com/linux/linux-install.html

二.基本命令

1. ls 命令

用于显示指定工作目录下之内容（列出目前工作目录所含之文件及子目录)，这与你在Windows中进入某个文件夹看一下有什么文件一个意思。下面是常用选项与参数：

-a 显示所有文件及目录 (. 开头的文件不会列出)
-l 除文件名称外，亦将文件型态、权限、拥有者、文件大小等资讯详细列出
-r 将文件以相反次序显示(原定依英文字母次序)
-t 将文件依建立时间之先后次序列出
-A 同 -a ，但不列出 "." (目前目录) 及 ".." (父目录)
-F 在列出的文件名称后加一符号；例如可执行档则加 "*", 目录则加 "/"
-R 若目录下有文件，则以下之文件亦皆依序列出

#ls [路径]，表示列出指定路径下的文件夹和文件的名字，如果路径没有指定则列出当前路径下的。

例如：在root用户的家目录中输入：

ls /

则会看到以下的效果：

我们查看一下etc目录下有什么文件。

ls /etc/

我们带参数使用， ls -l 表示以列表的形式列出指定路径下的文件夹和文件的名字例如：使用 ls –l /etc 的命令列出 /etc 目录中的文件夹和文件信息。

ls -l /etc

ls -la [路径]，表示以列表的形式列出指定路径下的文件夹和文件名（包含隐藏文件）。例如：在当前用户的家目录中输入ls –la命令可以查看全部的文件夹和文件名，并且包含了隐藏文件（特点是以“.”开头的名字）。

其他的自己去试试。

2. clear 命令

表示的含义：清空当前屏幕中全部的命令（其实质是没有清空，只不过是顶到上面去了）

语法：#clear

你自己输入一次就知道什么意思了。

3. pwd 命令

作用：打印当前的工作路径（print working directory）。相当于在Windows系统中，你当前所在文件夹的路径，比如：K:\BioInfoNotes\，在Linux中我们直接输入pwd就可以查看自己当前在哪个目录中。

4. cd 命令

作用：切换目录（change directory）。

语法：

#cd 需要切换到的路径

路径可以是相对路径，也可以是绝对路径。

相对路径是指，相对于当前工作路径来说；而绝对路径，其实其本质上也可以理解成相对路径，只不过它相对于盘符根目录“/”。

例如：从root用户家目录中切换到 /etc 目录中：

先输入：

cd etc

我们发现会有错误提示，原因就是在当前路径（/root/）下没有etc这个目录，我们前面通过 ls / 查看，知道etc目录在根(/)目录下。

相对路径的写法：

cd ../etc

“.”表达式当前目录，“..”表示上一级目录，我们之前是在/root目录下，上一级目录就是 /，所以相对路径就是 “../etc” 。

绝对路径就是从根目录“/”开始写，如果从当前路径（/etc）,我们要切换到/root目录下，命令如下：

cd /root/

回到当前用户家目录最快的命令是：

cd ~

用 “~” 表示，就不需要输入完整路径。

5. Man命令

Man表示Manual（手册），在使用Linux的时候因为其中的命令语法太多，太复杂，并不好记，有些时候在使用的时候可能会忘记某个命令的语法，这个时候我们可以去找man。其实就是用man命令查看某个命令的帮助文档。

语法：#man 命令名称。比如前面介绍的ls命令。

man ls

在帮助信息中如果想退出，则按下q键就可以了。

6. 快捷键

(1) Ctrl + C 和Ctrl + Z

Ctrl + C 和Ctrl + Z 在Linux中不是复制和撤销，都是中断命令，但是他们的作用却不一样。Ctrl + C 是强制中断程序的执行，进程已经终止。Ctrl + Z 的是将任务中止（暂停的意思），但是此任务并没有结束，他仍然在进程中他只是维持挂起的状态，用户可以使用fg/bg操作继续前台或后台的任务，fg命令重新启动前台被中断的任务，bg命令把被中断的任务放在后台执行。关于Ctrl + Z先不需要了解太多，知道有这么一个东西就行，后续介绍，这里知道Ctrl + C就行，就是有时候有些命令一直执行，需要终止，你就直接按Ctrl + C就行啦。

(2) ctrl+e

作用：将光标快速的切换到命令行的最后面，e表示end

(3) ↑和↓

作用：用于切换历史命令

(4) table 键的使用

就是一个自动补全功能，比如你要输入命令“cd /root/ ” ，你闲麻烦，你输入“cd /r”以后就直接按 table 键，会给你补全，剩下的就不用输入，减少输入时间。但如果同时有多个r开头的文件，会把这些文件列出来，提示你再输入一部分。我们可以看见有2个r开头的目录文件。

这些我们在接着输入一个o，再按table键，后面的就自动补全，不用输入了。