50天接收的4分+单基因单癌种分析
大家好，今天要和大家分享的是2021年2月发表的一篇文章：“SLC7A7 is a prognostic biomarker correlated with immune infiltratesin non-small cell lung cancer”。
在本研究中，作者使用Oncomine数据库分析SLC7A7在泛癌中的表达、DAVID做GO和KEGG富集分析、PrognoScan数据库评估临床预后、cancerSEA分析泛癌功能状态、TIMER和GEPIA数据库分析基因与免疫浸润相关关系。最后利用GEO数据集和免疫组化对结果进行验证。
发表杂志：Cancer Cell Int.
影响因子：4.175， 即时影响因子：5.52
对于单基因的分析，挑选基因最为关键。小编认为容易发表的基因要符合以下几点（符合条件越多越好）：
1 在多种肿瘤中该基因高表达
2 在多种肿瘤中该基因高表达的患者预后差
3 在多种肿瘤中该基因在高分期表达较高
4 不同肿瘤中的富集分析有比较集中的几种结果
5 在一种或者多种肿瘤中与特定免疫细胞浸润相关，如巨噬细胞，CD8T细胞等
6 最好用不同的方法证明5中的结论
7 在某一种或者几种肿瘤中集中于一些免疫相关基因相关性高
8 该基因最好报道过，但是又研究较少，有一定新颖性
如果能筛选到这样的基因，再添加单基因的各种层面分析，肯定是比较容易接收的。能再加一些实验验证就更好不过了。另外，我们也推出了最新的单基因泛癌高阶套路。详见：
精心挑选的基因：
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SLC7A7一种与非小细胞肺癌的免疫浸润相关的预后生物标志物
一、研究背景
肺癌（LC）是最普遍的癌症，也是导致全球五分之一癌症相关死亡的主要原因。非小细胞肺癌（NSCLC）约占所有肺癌诊断的80-85%，5年总体存活率仍然低于20%。免疫疗法近些年被誉为国家安全委员会的创新治疗策略。但缺乏有效的预测生物标志物。SLC7A7基因编码了yLAT1光链系统yL，该链与4F2hc结合，用于转膜氨基酸传输。诸多研究皆指出了SLC7A7在癌症启动和进展中的关键作用。然而，SLC7A7在肿瘤进展和肿瘤免疫学中的基本功能和机制尚不明确。
二、流程图
三、分析解读
1、不同类型癌症中SLC7A7的表达水平
①利用Oncomine数据库查询了SLC7A7在泛癌中的表达特征（下图a）。
②利用TCGA数据库泛癌RNA-seq研究SLC7A7的表达（下图b）。
2、富集分析：
①STRING数据库构建PPI（蛋白质-蛋白质相互作用）网络（下图a）。
②DAVID数据库做了GO和KEGG富集分析（下图b）。结果表明：SLC7A7及相关基因富集在血浆膜上，并高度聚集在“蛋白质消化吸收”、“谷氨酸代谢”、“精氨酸生物合成”和“Fc epsilon RI信号通路”中。
3、分析SLC7A7在癌症中的预后潜力
作者使用PrognoScan数据库调查了SLC7A7 mRNA表达水平与癌症患者预后之间的相关性。结果表明：SLC7A7表达与六种类型的癌症的预后显着相关（下图a–h）。
4、不同癌症类型的SLC7A7功能状态分析
作者调查了cancerSEA数据库中不同癌症类型的SLC7A7的功能状态。结果表明：SLC7A7在九种癌症的单细胞水平上存在差异（下图），但与NSCLC中的14个功能状态中的任何一个都没有显著相关。
5、肺癌SLC7A7表达与免疫浸润水平之间的相关性
作者调查了SLC7A7表达是否与肺癌中的免疫浸润水平有关。结果表明：SLC7A7在NSCLC的免疫浸润中起着重要作用，特别是中性粒细胞、巨噬细胞和DC的浸润（下图）。
6、SLC7A7表达与免疫标记集的相关性分析
①作者分析了SLC7A7表达与不同免疫细胞（包括CD8+T细胞，T细胞（常规），B细胞，单核细胞，TAM，M1和M1）的免疫标记基因之间的相关性。结果表明：SLC7A7与NSCLC中各种免疫细胞和不同T细胞的大多数免疫标记集显着相关。
②作者还发现SLC7A7的表达与SCLC配体（CCL）-2、CD68、IL10的TAM、M1表型的IRF5、CD163、VSIG4和MS4A4A在NSCLC（P<0.0001）中的M2表型有显著相关性（下图a，b）。
③作者还验证了SLC7A7表达与GEPIA中单核细胞和TAM的上述标记之间的关系。结果表明，SLC7A7与单核细胞和TAM标记的相关性与TIMER中的相关性非常相似。因此，应更加关注SLC7A7作为调解直流浸润和肿瘤转移的关键因素。
④作者还发现SLC7A7与T细胞衰竭的标志物基因特别是TIM-3之间有很强的正相关性。这些结果进一步证实SLC7A7与NSCLC中的免疫浸润细胞特别相关，表明SLC7A7在肺癌微环境中的免疫逃逸中起着至关重要的作用（见下表）。
7、SLC7A7表达验证
①作者利用GEO数据集进行验证。结果表明，在666例NSCLC中，SLC7A7的表达明显低于对照组中的479例（下图a–h）。
②免疫组化实验分析了34对LUAD组织和相应的正常肺组织，以验证SLC7A7的表达。结果表明：LUAD中SLC7A7显着下调（下图i，j）。
小结
在本文中，作者使用多数据库联合分析了SLC7A7在各种类型癌症中的表达和预后价值，以及与免疫浸润相关关系。结果表明：在BRCA，CHOL，ESCA，HNSC和STAD组织中SLC7A7的表达高于相应的正常组织，但在KICH，KIRC，KIRP，LIHC，LUAD和LUSC癌中则较低。另外，在不同数据库中不同癌症类型中SLC7A7表达水平的差异可能反映了数据收集方法以及与不同生物学特性有关的潜在机制。对PrognoScan数据的分析和免疫组化染色也表明了，SLC7A7表达增加与多种肿瘤类型的不良预后相关，且与免疫浸润水平和不同的免疫标记物密集相关，证实高SLC7A7的表达可作为NSCLC预后不良的独立危险因素.