零代码纯生信 发7.7分2区杂志
大家好，今天要和大家分享的是2020年12月份发表的一篇文章：“Genomicinvestigation of co-targeting tumor immune microenvironment and immunecheckpoints in pan-cancer immunotherapy”；
发表杂志：NPJ Precision Oncology
影响因子：7.717 中科院分区2区
研究背景：
靶向免疫检查点（ICPs）的药物已渐成为癌症免疫疗法的武器，但是，仅对一小部分患者有益。越来越多的证据表明，肿瘤免疫微环境（TIME）在抗癌免疫中起着至关重要的作用。
这项研究旨在评估联合靶向免疫检查点（ICP）和肿瘤免疫微环境（TIME）在癌症免疫治疗中的潜在优势和可行性。利用TCGA中31种癌症数据集，对ICP和TIME进行生信分析。作者充分利用网页工具：GEPIA用于分析预后，STRING用于蛋白互作分析，cBioPortal用于突变分析，TISIDB用于探讨与肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）的相关性。通过分析发现：与ICP相比，TIME在多种癌症类型中具有更全面的覆盖范围和预后意义，因此在临床治疗中具有更广泛的靶向性。最后，作者讨论了联合ICP抑制剂和TIME因子靶向治疗的临床意义和临床转化潜力。
分析流程：
结果部分：
1.各癌种中ICPs表达分析表明：大多数恶性肿瘤ICPs的表达水平显著失调；
2.各癌种中ICPs表达对生存影响；
生存分析表明ICPs的表达水平与OS、PFS显著相关。根据差异表达和生存分析的结果，恶性肿瘤可分为三大类：（1）未发现ICP明显失调；（2）发现ICPs明显失调，但不影响预后；（3）发现ICPs失调并严重影响预后。
3.各癌种中TIME相关分子的表达分析显示：多数恶性肿瘤中的TIME因子显著失调；
4.各癌种中分析TIME相关分子对预后影响；
结果显示：TIME的表达水平与OS、PFS显著相关。根据差异表达和生存分析显示，恶性肿瘤可分为三大类：（1）TIME因子失调并对预后有重大影响，这表明针对TIME调节剂的药物是其潜在的治疗靶标；（2）TIME失调但不影响预后，表明TIME对此类癌症的影响可能很小，因此可能不适合作为此类癌症的靶标。（3）TIME没有明显失调，表明这三种类型的癌症可能与TIME无关。
5.ICP与TIME之间的相互作用分析；
利用STRING网站分析显示：ICP与TIME因子之间具有强烈的蛋白质相互作用。
6.胰腺癌中ICPs和TIME因子间基因突变的相关性分析；
由于胰腺癌中几乎所有ICP和TIME因子均被上调，因此作者选择胰腺腺癌进一步详细研究。利用cBioPortal分析胰腺癌中ICPs和TIME因子的基因组突变，结果显示：TIME因子的突变与ICPs突变普遍共存。
7.ICP和TIME因子在胰腺癌中突变相关生存分析；
生存分析显示：TIME因子和ICPs的基因组改变对于胰腺癌患者的预后非常不利。
8.胰腺癌中ICP，TIME，免疫原性细胞死亡（ICD）和效应T细胞之间的相关性分析；
越来越多的证据表明免疫原性细胞死亡（ICD），对免疫系统具有激活诱导作用。作者通过GEPIA在胰腺癌中进一步研究了ICD，TIME，ICPs和效应T细胞信号之间的相关性，结果显示四者显著正相关。
9.多癌种中ICD相关分子和TIL之间的相关性分析显示：TIL与多种代表性的ICD分子显著相关；
全文结束