在NCBI上居然还有这么一个蛋白互作分析工具?能做分子对接,看着还挺好用……
那天突然在NCBI上发现了一个蛋白质互作、分子对接的工具
……还蛮有意思,这个工具就叫宜必思……
输入PDB ID后,就可以查询了,
这里就随便输了一个蛋白的PDB ID……
点击上面的Network图,也是可以放大的
,这里显示的是这个蛋白的互作细节,其实这个就已经和STRING差不太多了:
点击后也会有具体的细节
,比如蛋白与蛋白的相互作用(PPI):
都能直接显示出蛋白间的结合位点
:
你如果想看清楚这个蛋白互作关系的话
,可以直接下载蓝框里的互作文件,然后用NCBI的Cn3D软件打开文件:
里面就是3D的蛋白结构,可以自由旋转调整
,看看具体的互作位点,或者化合物与蛋白对接的结合位点……
蛋白和化合物的分子对接也是一样的
:
或者是展示一下蛋白与DNA/RNA的结合序列
:
具体序列的结合差不多就是这样了
:
这个工具还是蛮有意思的,可以分析分析蛋白互作,
以及化合物和蛋白的分子对接,这个可比STRING来得直接得多了呢…… 好了,有兴趣的话可以自己百度一下找找看,实在不行就回复“公克”(不要在评论区回复
),要么就直接星球上见(当然,进不去也无所谓
)。好吧,今天就先给你们策到这里吧,祝你们心明
眼亮
。
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