生信文献 | TIMER2.0用于分析肿瘤免疫细胞浸润
文章:TIMER2.0 for analysis of tumor-infiltrating immune cells
肿瘤微环境中免疫细胞的组成和丰度强烈地影响着肿瘤的进展和免疫治疗的效果。由于直接测量方法的局限性，可以从大量肿瘤转录组谱数据中利用来计算算法推断免疫细胞组成。TIMER2.0 (http://timer.cistrome.org/)使用6种最先进的算法，为癌症基因组图谱(TCGA)或用户提供的肿瘤图谱提供了更可靠的免疫浸润水平估计。TIMER2.0 web服务器并提供了肿瘤浸润免疫细胞的全面分析和可视化功能。
IMER2.0由三个主要组件组成:免疫、探索和评估。免疫部分包含四个模块，允许用户在TCGA队列中调查估计的免疫浸润与基因表达、体细胞突变、体细胞拷贝数改变(sCNAs)和临床结果之间的关系。探索组件有四个模块，允许用户在TCGA中查找与癌症相关的关联。用户可以比较肿瘤和正常基因的表达，找到一个基因的表达与患者生存的关系，或其他基因的突变状态和表达水平。给定免疫组件和探索组件中每个模块的输入，一个功能性热图表表示每个输入特征与癌症类型之间的关联。所有TCGA肿瘤数据，包括转录组、体细胞突变、体细胞拷贝数变异和患者临床结果，均从GDAC frehose网站收集(http://firebrowse.org/），其实firebrowse也是一个比较好分析工具。
至于这个工具怎么用，官网上有教程和视频的。其实关于TIMER工具早就已经有了，这次就是更新了一些功能，让分析更加方便。
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