饮食+肠道微生物是成就健康的基石
我们吃进去的食物、肠道内定殖的微生物以及我们的基因相互作用共同塑造了我们的健康。其中，食物和肠道微生物是我们可以最直接控制的。尽管我们无法改变我们的基因组，但是我们可以通过改变吃进去的食物和肠道内的微生物群来改变基因的表达。
食物和肠道菌群共同构成了我们健康的基石。在这个基石之上是影响我们健康的其它众多的因子，这些因子主要包括睡眠、社交活动、化学品暴露、压力、日光暴露和体育锻炼等等。这些因子都需要依靠食物和肠道菌群这一基石，如果这个基石是薄弱和不稳定的，那么基石之上的这些因子也就是薄弱和不稳定的。
如果你吃得不小心，你的菌群会被打乱，你的运动能力和睡眠质量也会下降；你身体的解毒能力和晒太阳合成维生素D的能力受到破坏；你将更容易感到压力和焦虑；你会变得绝望，变得不善于社交。换句话说，如果你的健康基石不稳定，那么基石之上所有的东西都会落下来。
人类与微生物紧密联系在一起
我们作为多细胞有机体与那些肉眼看不见的简单微生物之间的相互关系经历了数十亿年的时光雕琢。共进化已经把人类和微生物紧密联系在一起，如同一个打了数个绳结的绳子一般，要把这些绳结打开并不是一个明智的选择，因为这意味着我们的食物消化、病原菌抵抗甚至是思维和注意力都将受到影响和破坏。
我们应该想尽办法维持和增强这种联系，而不是剪断和解开这些绳结。为了达成这个目的，我们首先需要尽可能多的收集有关这些联系的信息，比如，这些联系是用的哪种绳索？绳结是如何打的？整个结构的弹性和灵活性如何？
如果我们不搞清楚这些信息，我们可能会做出许多更糟糕的事情。如果打开了这些绳结，我们可能再也不能重新系上，或者也可能使我们最终暴露于那些可以削弱这种联结坚固性的物质中。换句话说，我们可能会以一种前所未有的方式最终改变这种人与微生物的联系。我们可能会接触到之前很少接触或完全没有接触过的微生物，而丢失那些数十万年来与我们紧密联系在一起的稳定的微生物。许多的证据表明这样的事情正在发生……
人类与微生物的关系的起起伏伏
人类和微生物之间的关系一直在改变，这一点都不新鲜。在人类与微生物的共进化过程中，人类和微生物的联系随着时间的推移一直在改变。在农业革命时期，人类和微生物之间的联系变得更加紧密。这是因为我们从一个以狩猎采集为主的小群体过渡到一个更大的不那么卫生的大群体生活，我们也有了接触更多微生物的机会。而且，随着农业的发展，更多的淀粉和糖成为我们食物的一部分，这引起了口腔和肠道菌群构成的变化。
尽管这种变化很剧烈，但是跟过去几个世纪发生的变化相比，这种变化就显得不那么明显了。今天，我们不再像以前那样会遇到的那么多的感染问题，但是，我们又有了同样多的甚至更多的之前没有遇到过的问题。抗生素和抗菌药物的广泛使用，诱发了超级细菌的出现和蔓延，现代的生活方式也已经改变了我们菌群的结构和组成。
我们也失去了很多与我们共生了数十万年的微生物接触的机会，包括细菌、蠕虫和真菌，同时，一些新的微生物也进入了我们的生活，其中不乏一些令人烦恼的家伙。从根本上说，现在我们进入了一个与人类开始从事农业前的祖先显著不同的微生物环境。
大量的证据表明，这些改变也导致了I型糖尿病、肥胖、抑郁症、肠易激综合征以及许多其它慢性疾病和健康问题的发病率迅速上升和蔓延。为阻止和逆转这样的发展势头，我们首先必须意识到，我们人类从来都不是独自进化的，而是和这数以万亿计的微生物共同进化而来的。
然后，我们需要审视一下我们能进化到今天的进化途径。只有这样我们才能好好处理把我们和微生物紧紧联系在一起的那些“绳索和绳结”。
身体健康不能只靠健康的饮食
很显然，重塑微生物和我们关系的第一步就是改变我们的饮食。我们祖先的饮食影响并部分塑造了他们的微生物。为了适应数百万年来的生活环境和营养水平的变化，我们人类的基因组和微生物也随之进化。
意识到这一点非常重要，因为在人类进化的过程中，与人体生理相处融洽的共生微生物的发育依赖于我们的饮食，需要我们的饮食与我们的身体进化到现在这种形式时的饮食具有相似的特征。
古老的饮食所塑造的肠道菌群与现代的加工食品所塑造的菌群有很大的差别，前者比后者更加适应于人类的基因组。有人用“基因组与微生物组的错配”来描述这种由于环境改变以及人类基因组和微生物组的变化速率的差异而造成的状态。
当我们人体的环境发生改变，比如我们的饮食发生变化时，我们的共生微生物会迅速发生变化；但是我们自身基因组的结构却不会在一夜之间发生改变去适应共生微生物的这种变化。我们自身的基因组可能需要数十代甚至数百代的时间才能有所改变，特别是在选择压力较小的情况下。
如果环境的变化很微小，那么我们机体健康和进化适应性可能不会受到太大的影响；但是，如果环境改变太大的话，这些影响则可能会发生。这就是发生基因组与微生物组之间的错配。当机体意识到自己处在一个新的环境中时，其微生物群会发生变化，产生一个与自身基因组不那么匹配的微生物群。新的微生物群会产生和分泌一系列的物质，比如脂多糖和细菌素，这些物质会影响宿主的基因表达，寄主的免疫调节所依赖的微生物可能会部分减少或者完全消失，一些机会致病菌会趁机迅速繁殖。
这就是现代社会里那些习惯吃甜甜圈类饮食的人类体内所发生的变化，他们通过饮食和生活方式选择了那些可能使自己生病的微生物。如果一个人选择吃简单的、富含纤维素的饮食，那么他们可能通过自己的饮食增强肠道内的营养环境，使之与自身的生理状态相匹配。即便如此，如果我们没有一个复杂多样的肠道微生物群，仅仅靠吃健康的食物还不足以保证我们达到健康的目的。
我们需要牢记：物种特定的微生物组的存在需要有物种特定的饮食，因为饮食是微生物群落建立的先决条件。但是，有了适宜的饮食却不一定就会有适宜的微生物群落。如果微生物群落受到严重破坏或失衡，那么仅仅依靠健康的饮食是没有办法拯救微生物群落的。
如何恢复微生物群落
许多人会发现，我们在生活中也一定经常遇到，尽管有的人吃着健康的饮食、积极参加运动、保证充足的睡眠、做那些通常被推荐为健康生活方式的“所有”其它事情，他们仍然会感到疲倦，仍然会生病。
如果对这些人的症状和疾病史进行追溯的话就会发现，绝大多数人出现这样的问题的根源就在于基因组与微生物组之间的错配。这不一定是唯一的原因，但通常是主要原因。他们需要修复这种失调的、不健康的肠道微生物群。
现在，关于如何修复破坏的肠道微生物群仍然没有最佳的方案。而且，含有广泛适应于人类肠道的微生物的药物，对于公众还不容易获得。也就是说，我们对如何建立和维护与人体生理相匹配的微生物群落还知之甚少。我们应该根据个人的症状，采取多种治疗策略、手段和工具，实施个性化的干预，重塑失衡的肠道微生物群。
对于菌群严重失调的人可能不得不通过菌群移植来促进健康；而对于那些只有中等程度菌群失调的人来说，适当补充一些有益微生物，偶尔吃一些发酵食品，多多接触自然，多接触健康人群，考虑养只宠物......可能就足够了。您可以阅读本公众号2017年2月27日发表的《如何维持健康的肠道菌群》。
最后，必须指出三点重要的注意事项：
第一、种群特定的微生物群落并不是只有一种。人类不是在同一种特定的环境中，而是在许多种不同类型的环境中进化而来。我们体内的微生物也是环境的一部分，它也会随着我们生活的大环境而得到进化。所以，世界上没有两个人拥有完全一致的微生物群，这一点也不奇怪。每个人都拥有自己独特的微生物群，我们需要这些微生物来帮助我们完成我们主要的生理功能。
第二、不仅仅是微生物，一些寄生虫也在人类健康中发挥着重要的作用。
第三、进化是朝着有利于繁衍的方向，并不是朝着健康的方向进行。所以，我们也不能理所当然的认为许多年前的生活环境就是适宜人类健康的最佳环境。
当谈到如何恢复菌群时，从进化的角度来考虑是最好的方法。只有当我们认识到人类和微生物之间有着深厚的进化渊源，我们才能够理解，为了建立完整功能的人类微生物群落我们应该怎么去做。