去broad官网下载msigdb数据库文件很麻烦

我在:借鉴escape包的一些可视化GSVA或者ssGSEA结果矩阵的方法对单细胞表达矩阵做gsea分析的两个教程里面提到过,MSigDB(Molecular Signatures Database)数据库中定义了已知的基因集合:http://software.broadinstitute.org/gsea/msigdb  需要注册才能下载。

但是这个GitHub包,ncborcherding/escape文档,在:http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/escape/inst/doc/vignette.html  提供了一个封装好的MSigDB数据库信息,其实你仔细看它的文档,它的打包其实是依赖于msigdbr_7.2.1。

获取 MigDB中的全部基因集

MigDB中的全部基因集 都被这个GitHub包,ncborcherding/escape 打包起来了,MSigDB(Molecular Signatures Database)数据库中定义了已知的基因集合:http://software.broadinstitute.org/gsea/msigdb 包括H和C1-C7八个系列(Collection),每个系列分别是:

  • H: hallmark gene sets (癌症)特征基因集合,共50组,最常用;
  • C1: positional gene sets 位置基因集合,根据染色体位置,共326个,用的很少;
  • C2: curated gene sets:(专家)校验基因集合,基于通路、文献等:
  • C3: motif gene sets:模式基因集合,主要包括microRNA和转录因子靶基因两部分
  • C4: computational gene sets:计算基因集合,通过挖掘癌症相关芯片数据定义的基因集合;
  • C5: GO gene sets:Gene Ontology 基因本体论,包括BP(生物学过程biological process,细胞原件cellular component和分子功能molecular function三部分)
  • C6: oncogenic signatures:癌症特征基因集合,大部分来源于NCBI GEO  发表芯片数据
  • C7: immunologic signatures: 免疫相关基因集合。

GS <- getGeneSets(library = "H")
GS

MigDB中的全部基因集 被 构建成为:a list of GSEABase GeneSet objects ,获取 hallmark gene sets (癌症)特征基因集合。

源头是msigdbr 包

安装方法非常简单:

install.packages("msigdbr")

但是这个msigdbr并没有我想象中的那么大:

Installing package into 'C:/Users/win10/Documents/R/win-library/4.0’
(as 'lib’ is unspecified)
试开URL’https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/4.0/msigdbr_7.2.1.zip'
Content type 'application/zip' length 6737651 bytes (6.4 MB)
downloaded 6.4 MB

package 'msigdbr’ successfully unpacked and MD5 sums checked

同样的,学习R包,看看文档即可,在:https://cran.r-project.org/web/packages/msigdbr/vignettes/msigdbr-intro.html

Documentation for package 'msigdbr’ version 7.2.1
DESCRIPTION file.
User guides, package vignettes and other documentation.
Help Pages
msigdbr Retrieve the gene sets data frame
msigdbr_collections    List the collections available in the msigdbr package
msigdbr_show_species List the species available in the msigdbr package
msigdbr_species List the species available in the msigdbr package

非常简单的文档

这些代码使用就明白了,确实没啥好继续讲解的:

library(msigdbr)
# All gene sets in the database can be retrieved without specifying a collection/category. 
all_gene_sets = msigdbr(species = "Mus musculus")
head(all_gene_sets)
msigdbr_species()
all_gene_sets = msigdbr(species = "Homo sapiens")

无非就是封装和对象,前面的 escape 包提供了getGeneSets函数,我们的这个msigdbr提供了 msigdbr函数。

生信基石之R语言

B站的10个小时教学视频务必看完,参考 GitHub 仓库存放的相关学习路线指导资料:https://github.com/jmzeng1314/R_bilibili ,可以参考一些优秀笔记,比如https://mubu.com/doc/2KUiSCfVsg

  • 初级10 个题目:http://www.bio-info-trainee.com/3793.html
  • 中级要求是:http://www.bio-info-trainee.com/3750.html
  • 高级要求是完成20题:http://www.bio-info-trainee.com/3415.html
  • 统计专题 30题:http://www.bio-info-trainee.com/4385.html
  • 可视化专题30题:http://www.bio-info-trainee.com/4387.html

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