一项基于NGS的方法来鉴定外泌体介导的细胞通讯机制
在这项工作中，来自西奈山伊坎医学院的研究人员提出了一种基于二代测序（NGS）的方法来鉴定共培养的脂肪细胞和巨噬细胞之间的EV介导的mRNA交换。研究人员进行分子和基因组分析，并联合了RNA测序（RNA-seq）和基因分型的数据以追踪在细胞间转移的“序列不同的mRNA”。研究人员鉴定了8??种从巨噬细胞转移到脂肪细胞的mRNA，21种从脂肪细胞转移到巨噬细胞的mRNA。这些mRNA能够揭示细胞的一些生物学功能，包括细胞外基质、细胞粘附、糖蛋白和信号肽的mRNA。
图：用于在共培养系统中鉴定脂肪细胞和巨噬细胞之间的mRNA转移的实验流程
（a）显示用于细胞培养和样品采集的实验设计的图解，包括（a）单独培养的脂肪细胞，其中两个细胞沉淀样品ADaloneN1和ADaloneN2被回收用于RNA-seq，脂肪细胞B1和B2是使用基因分型的技术进行Illumina Omni2.5SNP array，外泌体提取物ADexosome用于RNA-seq; （b）与（a）方法相同，利用巨噬细胞进行试验; （c）通过RNA-seq分析两种细胞系的共培养，其中三种脂肪细胞沉淀样品ADcoN1-N3，三种巨噬细胞沉淀样品MOcoN1-N3和外泌体样品ADMOexosome。
（b）分析流程包括（a）基因型数据和（b）RNA-seq数据的预处理，（c）在两个细胞系之间调用mRNA转移的贝叶斯模型，以及（d）该流程的最终结论
这项研究揭示了脂肪细胞和巨噬细胞之间的通过EV介导的RNA通讯，这可能在糖尿病患者中出现的胰岛素抵抗中发挥重要作用。这项工作建立了一个新的方法，适用于检测许多细胞系统的遗传物质交换，并有可能扩展到体内研究。
参考文献：Yang J, Hagen J, Guntur KV, Allette K, Schuyler S, Ranjan J, Petralia F, Gesta S, Sebra R, Mahajan M, Zhang B, Zhu J, Houten S, Kasarskis A, Vishnudas VK, Akmaev VR, Sarangarajan R, Narain NR, Schadt EE, Argmann CA, Tu Z. (2017) A next generation sequencing based approach to identify extracellular vesicle mediated mRNA transfers between cells. BMC Genomics 18(1):987.
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