蒙医药诞生在游牧和征战中，不仅疗法神奇，而且兼济天下
蒙医药是蒙古人长期游牧和征战，与大自然和各种疾病斗争中，逐渐总结和积累起来的，并吸收了藏、回、汉等民族医学精华，形成的富有民族和地域特色的医学理论体系。是祖国医学宝库的重要组成部分，它不仅疗法神奇，而且兼济天下。是我国第三批公布的非物质文化遗产之一。
蒙医药具有悠久的历史，1963年内蒙古多伦头道洼石器时代遗址出土的砭石针，1978年在内蒙古达拉特旗出土的青铜针，被考古学界认定为用于针灸，这让蒙古高原的医药学历史一下推到了久远以前的石器时代。从内蒙古出土的砭石针、青铜针、捣钵以及药勺、拔火罐等文物，说明这一地区早在远古时期就有了医学萌芽。在巫医不分的时代，为适应游猎、征战特点和地理、气候条件，蒙古族先民在长期的实践中，发现了中毒解毒和治疗受伤流血的植物以及一些常见病的疗法。额斯兴格森(消化不良)，初用喝开水疗法，后发现喝热羊肉汤疗效颇佳。骆驼奶制品，早在春秋时期就已成为游牧民的滋补佳品并制成各种“酥制剂”和“药引子”等传统蒙医药方。
据《史集》记载，在11——12世纪，蒙古人就已经有了药剂知识，居住在鄂嫩河上游的“林木中的百姓”,“他们以熟悉蒙古药剂，用蒙古方法很好地治病闻名于世。”蒙医尤以创伤骨科见长，以善于治疗和接骨著称于世。早在成吉思汗时代，就有用烧红的烙铁烙治伤口的“烙以透”疗法。
《蒙古秘史》记述，一次在作战中，成吉思汗颈部受伤失血，在危急关头，他的部下半夜不顾性命冲破敌人包围，去寻找酸马奶，这说明在一千年前的蒙古部落，对失血过多的人用酸马奶来抢救，已成为熟练经验。
元代是蒙古医学的大发展时期，中统元年(1260)设立医院，掌管全国医药事务，统领所属医官。中统四年(1263)在上都（内蒙古正蓝旗境内）设置“惠民司”，市药修剂，以惠贫民。至元六年(1269)设置“御药，后改设“御药局”,掌管东宫太医，广纳藏、回、汉医精华，在上都还设回回药物院，掌管回回药事。药物品种、临床经验、治疗方学理论等各方面都取得了迅速发展。
成书于元天历年间《饮膳正要》中记载，元世祖忽必烈在他的政府里“设掌饮膳太医四人”，专门从事饮食营养卫生研究。这种官职的具体任务是对本草进行挑选鉴别，把那些“无毒、无相反、可久食，补益药味”选出来，还要研究饮食、调味等供统治者延年益寿之用。忽思慧就在政府管理饮膳的机构里担任“饮膳太医”，负责宫廷里的营养调配工作，专门从事饮食营养卫生的研究，很有成绩。忽思慧后来把自己多年研究的成果进行一次全面整理，著成《饮膳正要》。
明清时期，蒙古医学有了进一步提高和发展，尤其在创伤骨科领域发展到一个新水平，出现了觉罗·伊桑阿等名医，他们作接骨手技时，开始使用低温麻醉术。
后来随着黄教的传播，蒙古地区建起很多寺庙，在大的寺庙中建有“满巴扎他”(医学部)，既是喇嘛医院，又是培训从医之所。随着蒙医的发展，还出现一些蒙医世家，如阿拉善盟著博士道格尤(1672——1737)家族七代行医，威望极高。
墨尔根是16世纪末到17世纪初的蒙古名医，有一套独特的治疗技术。据《清史稿》记载，努尔哈赤的白旗先锋鄂硕将军在与敌军交战时，不幸中箭负伤，因为箭头射得很深，不能轻易拔出来，而鄂硕已经奄奄一息，生命垂危了。墨尔根就用手术将箭头拔出，并敷上良药拔毒，不久鄂硕便神奇的痊愈了。还有一次清军都统武拜身中三十余箭，因失血过多已经昏绝了，绰尔济根据这种情况急忙命令杀死一只白骆驼，将其腹部剖开，内脏掏空，然后把武拜放了进去，不久就治好了。这种借助动物的体温和血液的作用，使人的伤部和一些生理功能逐渐得到恢复的疗法叫做“瑟必素”(本意为食草动物瘤胃内的反刍物)，起初只是—种民间简易疗法，后来在实践中逐渐发展成为蒙古医学的一种独立的疗术。17世纪初墨尔根将这种疗术传授给内陆，18世纪又传至俄国，由俄国又传至欧洲，对世界医学的发展做了贡献。
清康熙年间，归化城（今呼和浩特）就有永合堂、广源恒等蒙药店铺，这些药铺里经营着150种常用蒙药。永合堂、广源恒所售的蒙药，都是自己炮制的，采用火制、水制和水火共制法三种方法。不炮制的称生药，占半数以上，比如川乌、草乌等。当时归化城的蒙药除在本地销售外，还销往四子王旗、达茂旗、多伦县以至新疆等地。远销的蒙药，全靠旅蒙商驼运。销往外地的蒙药，都用白麻纸包装，按药性划为24种、36种等分别包装，外面用汉、蒙两种文字标写药名。
古往今来，蒙医药诞生许多影响世界的著作，《饮膳正要》、《四部甘露》、《蒙药正典》等都被誉为民族医学的“活化石”。其中蒙古族医药学家占布拉著的《蒙医金匮》一书，记述了蒙医治疗各科疾病的方药两千多首，是一部较完整的蒙药方剂集。
解放后，蒙医药在党的光芒照耀下，得到了迅猛发展。1956年，内蒙古自治区建立了内蒙古医学院，并设立了蒙医专业。
1976年，唐山大地震发生后，无数的医疗救援队伍迅速进入灾区。在众多医疗救援队中，就有蒙医正骨专家。蒙医正骨术利用人骨自然愈合原理，不使用仪器，不开刀、不打钢钉、不伤元气，全靠手法技术医治。
如今内蒙古的蒙医药已经不只是蒙古民族的瑰宝，还为来自美、日、韩、俄罗斯以及欧洲等国的患者提供医疗服务。