扩增子数据是否应该抽平？还是标准化？

写在前面

做扩增子数据分析经常遇到一个问题？我们是否应该抽平数据呢？还是只需要做标准化就可以了？在微生信生物群中有许多人都问过这样的问题。这里我也将这个答案分享给大家。

抽平

实际上，抽平被许多数据分析工作者不愿意采用，相信大家都知道了，但是alpha多样性的分析在目前看来只能通过抽平进行后续的计算。所以如果要计算alpha多样性，就需要抽平。

满足下面两个条件要抽平

如果测序样本之间序列数差异在10倍以上，则需要对序列数高的样本进行抽平。

如果样本集中有部分样本序列数量少于10000条，也需要抽平。

抽平不可以做什么分析

基于抽平的序列可以做alpha多样性分析，也可以做beta排序和距离分析，但是如果要做差异检测，我们推荐不要使用抽平操作，推荐使用DESeq2和Edger包自带的数据标准化步骤。

最后，希望大家数据做的顺利，科研步步高。