通路可视化软件介绍

在昨天介绍的KEGG数据库当中，我们可以看到，对于基因通路的可视化，最简单的就是通过类似流程图一样的形式来进行可视化的。例如下面的自噬通路图。👇的只是对通路进行简单的可视化，但是有时候我们有更多的DIY的想法。这个时候就需要就需要用到其他的工具了。

对于通路可视化的工具还是很多的，今天就来介绍两个基于现有数据库的可视化。

1. KEGG Mapper-Color Pathway

昨天介绍的KEGG数据库，我们知道这个数据库可以查询多物种的通路。对于通路数据的DIY同时也可以可以利用这个数据库的。这个就是KEGG里面的Color Pathway(https://www.kegg.jp/kegg/tool/map_pathway3.html)。

对于数据的输入，有两个选择，一种是我们想要标注某一通路当中具体的基因。另外一种是基于某一个连续性变化的数据，来通过颜色的变化动态的反映的通路图上。

对于数据的输入需要注意的是，首先的输入是以分隔符来进行分割的，同时也是可以通过excel直接粘贴复制过来的。另外数据的第一行需要是以#开头的标题行。

1. 标注通路当中的基因

这类的可视化，我们需要输入的数据为两列。基因的ENTREZ ID，另外一列则是基因想要标注的颜色。

在输入好之后，点击运行即可获得👇的通路图

1.2 可视化连续性的数值

有时候我们需要可视化通路当中的基因基于某一个数值变化的情况。这个数值可以是差异分析的logFC,也可以是相关系数等等的。这个时候我们需要输入的也是两列，一列是基因的ENTREZ ID以及具体的数值。同时需要制定的时候，颜色变化的范围，这里可以选择两个颜色变化以及三种颜色变化。同时可以点击check查看颜色的变化情况。

最后我们就可以得到基于这类数据可视化的通路图

以上就是这个数据库，标注通路的具体过程。对于图片的保存，只能是通过右键-另存为来进行保存。这类保存的缺点就是，图片不是矢量图，有时候会很模糊。

2. pathview

上面介绍的是KEGG数据库的另外一个自定义可视化的功能。所以以上的工具其实只是针对KEGG数据库而言的。我们知道，对于通路数据库还是还有很多的，如果对其他的数据库进行可视化怎么办。这个时候就可以使用pathview这个工具了。这个数据库有一个在线的web版本的，我们可以直接访问:https://pathview.uncc.edu/

PS：这个数据库使用之前需要简单的注册一下账号。到时候注册一下即可。

我们在注册账号之后，界面是这样的，我们需要做的，就是上传数据，选择想要可视化的数据库，自定义可视化颜色即可。

对于原始数据的上传而言，和KEGG的连续性数据一样，我们可以输入基因名+基因的变化情况的两列数据。

另外对于通路的可视化，如果我们有想要可视化的通路，选择想要可视化的即可。如果没有想要看可以可视化哪些通路，我们选择Auto即可。

经过上面的输入。我们点击submit。这样我们就对通路进行了可视化。

写在后面

以上就是两个对现有通路进行自定义标注的数据库。这两个的数据库有一个不好的地方，就是对于图片的生成。都是png格式的。这样的话，就有时候分辨率很不清楚。另外上面的通路数据库都是基于现有通路的可视化的，我们得到的结果也是某一个通路当中所有的基因。其中有一些基因是我们不需要的，但是也在结果里面包括了。这样可能会造成图片信息的混乱。这个时候，我们就需要自己来画通路数据库了。所以，明天我们就来介绍一个来自己画通路的工具。