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大家好,今天要和大家分享的是2021年2月发表的一篇文章:“Comprehensive Analysis and Identification of Key Driver Genes for Distinguishing Between Esophageal Adenocarcinoma and Squamous Cell Carcinoma”。
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在本项研究中,作者确定了可能与食管腺癌(EA)和食管鳞状细胞癌(ESCC)进展相关的关键基因和分子通路,以寻找潜在的生物标记物或治疗靶点。首先,作者筛选到来自基因表达综合(GEO)数据库GSE26886队列,使用R语言确定正常组织、EA和ESCC之间的差异表达基因(DEGs)。然后,使用DAVID数据库确定DEGs的潜在功能。STRING软件用于识别蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络中最重要的模块,并使用UALCAN数据库确认hub基因的表达水平。Kaplan-Meier用于确认中枢基因与食管癌(EC)预后之间的相关性。结果显示存在10个hub基因,包括GNAQ、RGS5、MAPK1、ATP1B1、HADHA、HSDL2、SLC25A20、ACOX1、SCP2和NLN。TCGA验证结果表明,这些基因存在于EC和正常样本之间以及EA和ESCC之间的功能失调样本中。Kaplan-Meier分析也显示MAPK1、ACOX1、SCP2和NLN与ESCC和EA患者的总生存期相关,这项研究可能为EA和ESCC的预后提供一个新的生物标志物。

发表杂志:Front Cell Dev Biol.

影响因子:5.203

一、研究背景

食管癌(EC)分为食管腺癌(EA)和食管鳞状细胞癌(ESCC),其死亡率在全球所有肿瘤中排名第六。ESCC主要发生在食道的上中部,并且与酒精和尼古丁滥用有关。ESCC在中国尤为突出,约占EC的88%。EA多发生在食管下部,是由于Barrett食管特化肠上皮化生区域持续胃食管反流所致,5年生存率低至20%。目前,两种EC的治疗方法相似,包括化疗、放疗和手术,其中手术是最常见的治疗方法。确定EC发展、进展和预后的生物标志物对于了解EC和改善临床决策至关重要。

二、流程图

三、分析解读

1、数据收集与差异表达分析

①筛选GEO数据集,仅GSE26886包含4类EC相关样本,包括食管鳞状上皮、Barrett食管样本、EA样本和ESCC样本。

②R语言确定正常组织、EA和ESCC之间的差异表达基因(DEGs)。

结果:

下图A:热图显示EA和Barrett食管样本之间的差异表达基因。

下图B:热图显示ESCC和正常样品之间差异表达的基因。

下图C:火山图显示EA和Barrett食管样本之间的差异表达基因。

下图D:火山图显示ESCC和正常样品之间差异表达的基因。

下图E:维恩图识别EA和ESCC中上调基因。

下图F:维恩图识别EA和ESCC中下调基因。

2、差异表达基因(DEGs)富集分析

下图A-B:食管癌(EC)中常见上调基因的GO功能和KEGG分析。

下图C-D:食管癌(EC)中常见下调基因的GO功能和KEGG分析。

3. EA和ESCC中差异基因识别及富集分析

①EA和ESCC之间差异表达基因(DEGs)的鉴定。

下图A:EA和ESCC之间不同表达的基因使用热图显示。

下图B:EA和ESCC之间不同表达的基因使用火山图显示。

②EA和ESCC样本之间差异表达基因(DEGs)富集分析。

下图A-B:与ESCC相比,EA中上调基因的GO和KEGG分析。

下图C-D:与ESCC相比,EA中下调基因的GO和KEGG分析。

4. 蛋白互作网络构建及hub基因筛选

①使用维恩图鉴定在EA和ESCC之间不同表达基因。

②构建了DEGs的PPI网络。

结果:

下图A:维恩图鉴定了147个在EA和ESCC之间也有不同表达的常见诱导基因。

下图B:维恩图鉴定了130个在EA和ESCC之间表达也不同的常见还原基因。

下图C:热图显示EC和正常样本之间差异表达的基因。

下图D:与癌症基因组图谱(TCGA)数据库的正常样品相比,EC样品中47个常见的还原基因和49个常见的诱导基因也有不同的表达。

下图:构建差异表达基因(DEGs)的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络。

5、hub基因验证

①使用TCGA数据集确认了10个中心基因的表达水平。

②使用UALCAN获得正常组织、EA和ESCC中hub基因的转录表达数据。

结果:

①用于区分EC样本与正常组织的hub基因的曲线下面积(AUC)分析。

下图A:使用TCGA数据库分析EC和正常样本中hub基因的表达水平。

下图B-K:GNAQ(B)、RGS5(C)、MAPK1(D)、ATP1B1(E)、HADHA(F)、HSDL2(G)、SLC25A20(H)的曲线下面积(AUC)分析,ACOX1(I)、SCP2(J)和NLN(K)用于区分EC样本与正常组织。

②验证EA和ESCC中hub基因的表达。

下图A:EC样品中GNAQ、RGS5、MAPK1、ATP1B1、HADHA、HSDL2、SLC25A20、ACOX1和SCP2减少,通过分析GSE26886,与正常组织相比,EC样品中NLN显着诱导。

下图B-K:GNAQ(B)、SCP2(C)、RGS5(D)、MAPK1(E)、ATP1B1(F)、HADHA(G)、HSDL2(H)、ACOX1(I)、SLC25A20(J)、通过分析UALCAN数据库,与正常组织相比,EA和ESCC样品中和NLN(K)的表达不同。

6、预后分析

利用Kaplan-Meier Plotter在线工具分析OS时间与EA和ESCC中hub基因表达之间的相关性。

结果:

hub基因的失调与EA和ESCC患者的生存时间相关。

下图A-B:在ESCC而非EA患者中,MAPK1的较高表达水平与较长的总生存(OS)时间相关。

下图C-D:COX1的较高表达水平与ESCC患者的较短OS时间和EA患者较长的OS时间相关。

下图E-F:SCP2的较高表达水平与ESCC患者的较短OS时间相关,但与EA无关。

下图G-H:NLN的较高表达水平与EA患者的OS时间较短有关,但与ESCC无关。

四、小结
在本项研究中,作者从基因表达综合(GEO)数据库下载了GSE26886队列分析了食管鳞状上皮组织、Barrett食管组织、EA组织和ESCC组织之间的DEGs,并构建了DEGs的KEGG通路和蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络。最后对鉴定出的hub基因的预后价值进行验证。生物信息学分析表明这些基因参与细胞周期调控、p53信号通路和PI3K/Akt信号通路,可能在EC形成和进展中可能发挥着关键作用。此外,作者还鉴定了EA和ESCC中差异表达的147个诱导基因和130个还原基因,并通过PPI网络确定了包括GNAQ、RGS5、MAPK1、ATP1B1、HADHA、HSDL2、SLC25A20、ACOX1、SCP2和NLN的10个枢纽基因,TCGA验证表明,这些基因存在于EC和正常样本之间以及EA和ESCC之间的功能失调样本中。Kaplan-Meier分析显示MAPK1、ACOX1、SCP2和NLN与EC患者的总生存期相关。本研究可能为EA和ESCC的预后提供一个新的生物标志物。
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