lncRNASNP： LncRNA相关SNP突变数据库

lncRNA中的SNP及其对lncRNA的影响怎么做？疾病中lncRNA的表达是什么？

这样的小问题，LncRNASNP大可爱都能解决。

lncRNASNP的构建图

IncRNASNP 是提供人、小鼠长链非编码RNA（lncRNA）中单核苷酸多态性（SNP）的全面资源的数据库。该数据库由华中科技大学研究人员开发的专门收录lncRNA和SNP关联信息的数据库，它包含lncRNA中的SNP位点，探究SNP对lncRNA结构的影响，lncRNA中的突变以及lncRNA：miRNA结合，分析SNP位点对于lncRNA与miRNA结合的影响。lncRNASNP2数据库中人类lncRNA和SNP的数量已更新为141,353和10,205,295。此外，确定了在lncRNA中基于GRCh38的859,534 非编码变体 和315,234 TCGA癌症突变。

IncRNASNP

http ：//bioinfo.life.hust.edu.cn/lncRNASNP

lncRNASNP主页

一起来看看lncRNASNP的功能，使用方法如下：

01

搜索功能

一般可以在检索栏中可以输入snp号、 lncRNA，甚至 mirRNA也可以，结果展示内容结构基本一致。需要注意的是，我们如果直接输入想要研究的genesymbol可能得不到自己想要的结果，解决方法是先去 NONCODE数据库找到相对应的ID号才既可以检索。本次以snp号rs1001021为例：

可以看到rs1001021在SNP的信息，位置是chr22：26007633频率（Ref / Alt）是G（ 0.8992）/ A（ 0.1008），位于lncRNA。

lncRNA中的SNP rs1001021及其在lncRNA中的SNP作用，这里的lncRNA的ID是来自于NONCODE数据库的ID号。

除了主页上的检索功能外，还有独立的模块进行检索，在导航栏search，可以进行更加精确的检索。

搜索结果会增加SNP causes miRNA:lncRNA Gains和SNP cause miRNA target loss内容：gain指的是原本lncRNA与miRNA没有结合位点，突变之后的lncRNA与miRNA存在结合位点，loss则与之相反，示意如下：

查看detail，会显示具体的调控结果：

如果搜索lncRNA，还会展现结合位点图，可能与此lncRNA结合的miRNA以有颜色的小块呈现，不同的颜色代表不同的靶向类型（是否保守，是否有实验支持，以及miRNA表达水平）：

02

IncRNA

疾病预测模块，这里展示预测的有关这个lncRNA可哪些疾病存在关联，为了解lncRNA和某些特定疾病的关联提供依据。可以通过选择Experimentally supported lncRNA-associated diseases和lncRNA-associated diseases predicted by TAM方式筛选疾病类型。

染色体预测部分提供以下信息是 lncRNA转录本对应的 lncRNA基因 ， 以及1小时染色体 上 有0个lncRNA基因的 人lncRNA转录本 。

03

SNP

这里会展示人类lncRNA转录本中的SNP。数据库里在90,062个lncRNA基因的141,353人lncRNA转录物中鉴定了10,205,295个SNP。网站提供一种高级搜索功能，可帮助用户确定功能性SNP的优先级。用户可以输入染色体ID或染色体区域，还可以限制SNP次要等位基因频率（MAF），并选择是影响miRNA：lncRNA还是在GWAS LD地区。

04

Mutation

这里分为 TCGA Mutation 和Cosmic NCV功能区。

在TCGA Mutation，有 315,234 个疾病通过FATHMM算法计算了lncRNAs上的TCGA癌症突变，以及突变对lncRNA功能的影响 。还从TANRIC中收集了20种癌症中的lncRNA表达 ，这些癌症包括BLCA，BRCA，CESC，COAD，GBM，HNSC，KICH，KIRC，KIRP，LGG，LUAD，LIHC，LUSC，OV，PRAD，READ，SKCM，STAD， THCA，UCEC。

在 CosmicNCV：非编码变体，突变影响过滤器源自新的FATHMM-MKL算法。该算法使用隐马尔可夫模型预测蛋白质错义变体的功能，分子和表型后果在118847个lncRNA基因的193085人lncRNA转录本中鉴定出859534 CosmicNCV，其中显示了其中的前25个（按lncRNA起始位置排序）。

05

miRNA

这模块中基于miRNA表达显示miRNA：lncRNA相互作用和相关的SNP。根据TCGA的11635个小RNA样品的miRNA表达谱分析，因此可以选择感兴趣的miRNA以获得其靶lncRNA。可以通过表达来选择miRNA，得到靶向的lncRNA及由SNP带来的结合位点增加/缺失。在这一部分，miRNA根据表达不同被分为四类，高表达(RPM≥1000)，表达适中(10≤RPM< 1000)，低表达(1≤RPM<10)和不表达(RPM<1)。对于每个人类miRNA，我们也在‘basic information of miRNA’部分提供了其在28种类型癌症中的表达水平。

06

Predict

a. 预测lncRNA变异体对miRNA：lncRNA相互作用的影响

用户可以分别在其中输入您的野生lncRNA序列和突变型lncRNA序列。如果仅提供野生序列，您将获得有关此序列上的miRNA靶标的结果，如果提供野生序列和突变体序列，则将获得由变体诱导的miRNA靶标丢失/获得的结果。采用上述的3种软件预测miRNA与两种序列的结合位点，从而分析突变对于lncRNA-miRNA结合的影响，示意如下

b. 预测SNPs对lncRNA二级结构的影响

这里采用RNAsnp软件预测snp位点对于lncRNA二级结构的影响，示意如下

SNP文件必须包含在单独的行中给出的SNP列表。SNPs被描述为野生型核酸，随后是核苷酸位置，随后是突变核苷酸。示例SNP格式：，A201G（其中A是给定序列中的野生型核苷酸，201是野生型核苷酸的序列位置，G是突变体（或SNP）。）序列文件，必须包含一个lncRNA序列（最好采用FASTA格式，长度至少为200 nts）。

示例结果如下：

07 Data

网页数据库对于检索单一位点或者lncRNA还是很方便的。但是如果是多基因的话，这样比较麻烦。网站提供的Data模块就可以大展身手了，在这里可以得到基本上所有的数据的结果。

总的来说， lncRNASNP提供了疾病中功能变异、调节元件、lncRNA和circRNA之间的关联，是用于研究疾病中lncRNA和circRNA的功能和机制重要的且不断更新的资源，此外，网站开发了四个在线工具，包括基因组浏览器，突变映射器，Circos绘图仪和功能注释（这里没有介绍到），有需要的同学可以自行探索，今天关于lncRNASNP的内容就介绍到这里啦。