使用相关矩阵构造多个格式的网络文件（igraph，Gephi,ggraph） / 四六文摘

写在前面

outputgephi函数：可以使用相关矩阵和微生物群落的phyloseq对象直接生成Gephi软件需要两个文件，直接保存即可。

nodeEdge函数：可以生成边文件和节点文件，用于制作ggraph对象或者igraph对象。

输入文件

#--导入所需R包#------- library(igraph) library(network) library(sna) library(ggClusterNet) library(tidyverse)

ps = readRDS("../ori_data/ps_liu.rds") ps

corMicro函数用于计算相关

按照丰度过滤微生物表格，并却计算相关矩阵，按照指定的阈值挑选矩阵中展示的数值。

#----------计算相关#---- result = corMicro (ps = ps,N = 0.02,r.threshold=0.6,p.threshold=0.05,method = "pearson") #--提取相关矩阵 cor = result[[1]] dim(cor)

构造Gephi的输入网络文件

gephi <- outputgephi(ps = result[[3]],cor = cor) edge_Gephi <- gephi[[1]] head(edge_Gephi) node_Gephi <- gephi[[2]] head(node_Gephi)

nodeEdge函数生成节点和边文件

nodeEdge:用于将相关矩阵转化为边文件和节点文件。默认zero = TRUE，将不相关的点去除。

result4 = nodeEdge(cor = cor)

#提取变文件 edge = result4[[1]] dim(edge) #--提取节点文件 node = result4[[2]] dim(node)

构造igraph对象

#-------输出igraph对象 #--这里将为0的也添加进去了，但是这些边其实都是离散的。 igraph = igraph::graph_from_data_frame(edge, directed = FALSE, vertices = node)#--------------------igraph对象 # ## 边的权重 # E(igraph)$weight # #边的显著性标签 # E(igraph)$p # # 节点属性 # V(igraph)$name#---------如何设置igraph的出图相关可视化设置


#------边----------------------设置边的颜色-一般而言我们按照正负相关分别上两种颜色

E.color <- E(igraph)$weight

E.color <- ifelse(E.color>0, "red",ifelse(E.color<0, "blue","grey"))

E(igraph)$color <- as.character(E.color)

# 边的粗细----------？？

# E(igraph)$width = abs(E(igraph)$weight)

#-----------可视化---------设置layout l <- layout_nicely(igraph) l <- norm_coords(l, ymin=-1, ymax=1, xmin=-1, xmax=1) #--------------------出图 plot(igraph,main=paste( "network",sep = ""), layout=l, # vertex.shape="fcircle", # vertex.frame.color="white", vertex.label=NA , vertex.frame.color="#984EA3", vertex.color="#984EA3", vertex.size =2, vertex.frame.alpha =0.5, edge.width=0.5, edge.lty=2, edge.curved=F, margin=c(0,0,0,0) #vertex.frame.width=5 )

构造到 ggraph 对象

library(tidygraph) library(ggraph)

tbl_graph = tidygraph::tbl_graph(nodes = node, edges = edge, directed = FALSE) tbl_graphggraph(tbl_graph , layout = 'linear', circular = TRUE) + # geom_edge_arc() + # geom_edge_fan() + geom_edge_link(aes(edge_colour = direction))+ geom_node_point() # 对网络的点进行设置

当我们想把离散的点也展现

设置zero = FALSE即可表示离散

result4 = nodeEdge(cor = cor,zero = FALSE) #提取变文件 edge = result4[[1]]


#--提取节点文件

node = result4[[2]]

dim(node)

tbl_graph = tidygraph::tbl_graph(nodes = node, edges = edge, directed = FALSE) tbl_graph ggraph(tbl_graph , layout = 'linear', circular = TRUE) + # geom_edge_arc() + # geom_edge_fan() + geom_edge_link(aes(edge_colour = direction))+ geom_node_point() # 对网络的点进行设置

使用相关矩阵构造多个格式的网络文件（igraph，Gephi,ggraph）