做好甲状腺癌手术只是治愈甲状腺癌的关键步骤和核心环节，所有患者术后宜辅助采用个体化程度不一的终身内分泌抑制治疗，部分较严重的患者，特别是有中高危复发风险的患者，还需进行碘-131治疗，才能够总体降低乳头状或滤泡状甲状腺癌的复发率。
脑垂体释放的促甲状腺激素（TSH）能够作用于具有TSH受体的分化型甲状腺癌细胞，从而促进癌细胞的增殖、生长；而体内的甲状腺激素能负反馈抑制垂体释放TSH，从而降低肿瘤进展、复发或转移的风险。因此每日口服较大剂量的左旋甲状腺素钠片（如优甲乐），不仅可替代“切除”的甲状腺的生理功能，而且对肿瘤的复发或转移也可起到一定程度的抑制作用。根据患者术后的不同情况将其分组，确定TSH抑制目标，比如——
- 复发高危患者术后1年内通常需要将TSH抑制在0.1国际单位/毫升以下；
- 低危者控制在0.5～2国际单位/毫升，接近于生理替代。
但抑制治疗需至少坚持10年，因为2/3的术后复发在“黄金十年”内。但长期较重抑制治疗可能会带来一定副作用，包括增加心血管疾病的风险（如房颤），骨量减少甚至骨质疏松，尤其对中老年妇女，特别是伴有冠心病、心律失常、骨质疏松症的患者影响较大。术后一年后应结合分化型甲状腺癌复发风险动态评估四种类型（良好反应、不完全生化反应、不完全形态反应、不确定反应）和副作用的高中低危，分门别类具体调整上述TSH抑制目标。动态精准调药、合理抑制，是为了在尽可能抑制疾病复发转移的基础上最大程度地减轻副作用，延长患者生命，提高生存质量。与其他肿瘤（如乳腺癌等）不一样，放、化疗对甲状腺癌一般无效。中高危甲状腺癌患者术后数月内还需要辅助放射性碘-131治疗，进一步防治转移和复发。甲状腺全切除术后几个月，患者需在隔离病房内口服一小杯放射性碘-131（放射强度30～200毫居），对残余的少许正常甲状腺腺体组织，或远处转移灶（如转移到肺部等地）有杀灭作用。在开始碘-131治疗前，需停用3周左右的甲状腺素片剂，并采用低碘饮食，TSH升高到30微单位/毫升以上，以使碘-131高度靶向残留甲状腺组织、隐匿的甲状腺癌细胞或转移病灶。碘-131发射的β射线平均射程仅0.8毫米，具有较强的电离辐射能量，β射线的持续不间断照射，一般至少维持4～6周，直到碘-131衰变完全消失，可有效地完全清除或彻底摧毁正常或癌变的甲状腺滤泡细胞，破坏转移病灶。隔离治疗出院后不会危害他人，1个月后就可以和家人亲密接触。借助碘-131发射的γ射线可进行治疗后全身扫描，结合血甲状腺球蛋白（Tg）联合动态评估疗效，必要时可以再次行碘-131治疗。对于碘抵抗的转移性甲状腺癌，可采用靶向药物如索拉菲尼、阿帕替尼、安罗替尼等治疗；对于无法切除的局部晚期甲状腺癌，也可术前短期应用新辅助靶向药物缩小肿瘤体积，以提高切除率，降低手术并发症，都可取得较好的效果。但是靶向药物副作用较大，价格较贵，需长期服用，且容易耐药。对于反复复发，手术风险较大的局部晚期甲状腺癌，联合靶向和碘-125粒子植入，也可取得一定疗效。
