胃肠间质瘤(GIST)基因检测的临床意义

今天我们来谈一个时髦的话题

也就是基因检测

1.基因检测是个诊断的手段

基因检测听上去好高级,但目前基因检测费用比较昂贵,这让很多患者在选择是否接受基因检测时比较犹豫。其实,基因检测从本质上来说就是个诊断方法。一个诊断方法的临床价值如何,在于其是否能对疾病的治疗决策产生影响。如果基因检测的结果会明显改变治疗选择或随访策略,那么患者就应该尽量进行检测,为医生的临床决策提供更好的依据。GIST就是一种基因检测结果可以影响患者后续治疗及随访策略的疾病,所以对于GIST的患者,接受基因检测还是有一定的价值。

2. 基因检测与免疫组化结果的关系。

如前面GIST诊断那一篇内容所说,如果免疫组化CD117和DOG-1阳性,医生们就可以诊断患者是GIST了。那么基因检测和上述免疫组化结果有什么关系呢?首先,必须明确基因检测与免疫组化检测的是不同的目标。免疫组化是检测肿瘤细胞内部产生的蛋白,而基因检测则是检测编码这些蛋白的基因(如图1)。其次,基因检测是免疫组化诊断的重要补充。在GIST的诊断中我曾提到,一般CD117和DOG-1两个指标高度一致,且可靠程度超过了95%。但如果CD117和DOG-1检测均为阴性,就不会是GIST了吗?其实,如果上述两个免疫组化指标均为阴性,但基因检测存在KIT或PDGFRA突变,仍然可以诊断为GIST。所以,临床上确有一些“双阴性”的患者,进行基因检测,以期盼是否可以通过KIT或PDGFRA突变的基因检测结果,被诊断为GIST,从而获得靶向药物的治疗机会和相对良好的生存时间。

图1. 基因突变和相应蛋白功能改变[1,2]

3. 基因检测的方法

目前,GIST的基因检测分为一代的Sanger测序法,二代的高通量测序法(NGS)以及三代的单分子/纳米测序法(后者我也是第一次听说)。一代测序法,通常只检测KIT基因的四个外显子(exon9、exon11、exon13和exon17)和PDGFRa的两个外显子(exon12和exon18)的部分突变热点所在的区域,比如KIT外显子11突变的检测,通常在核苷酸550-570这个区间,Sanger法一般也就检测这一段核苷酸有无变化,而不是整个11号外显子上所有的核苷酸。高通量测序法(NGS),其特点是测序通量高,且一次性检测可以获得所有目标区域的突变信息,比如,如果想了解某个基因的全部外显子是否突变,只需要在panel设计的时候把所有外显子都铺设探针即可,这样不会漏掉冷门区域的突变。

利用二代测序检测GIST的突变信息基本步骤如下:

首先拿到肿瘤组织的切片(一般10-15张白片,厚度3-5微米),选择肿瘤细胞丰富的区域,进行DNA的提取、纯化和文库构建,将构建好的文库放在测序仪上进行DNA序列的测定,数据下机后进行突变的分析,结果的解读和报告的撰写。

目前浙江大学医学院附属邵逸夫医院分子病理中心就可以应用Sanger测序法和NGS测序法进行GIST的基因检测,而且我院对NGS测序进行了优化,只检测与GIST发病和耐药密切相关的九个基因,大大降低了检测费用,但同时覆盖了这9个基因的全部外显子区域和大部分的剪切位点区域,确保了这9个基因突变信息获得的全面性,可以为更多的患者进行服务。

4. 基因突变的类型

我们知道GIST基因突变主要发生在KIT和PDGFRA两个基因的6个外显子上,而在同一个外显子,比如KIT的exon11,基因突变的类型也是不一样的。

以下是主要几种突变类型(如图2):

1

点突变

是指一个核苷酸被另外一个核苷酸替换,最终导致一个氨基酸变成了另外一个氨基酸并产生后续一系列结果。当然一个核苷酸变成另一个核苷酸,其产生的氨基酸也可能不变,这种类型的突变在氨基酸水平上叫做同义突变。有时,该突变可能让该位点正好变成终止密码子,这样这条DNA序列就不会继续翻译下去,导致最终编码的蛋白质只有一部分,这种类型的突变在氨基酸水平就叫做无义突变(这种突变对蛋白质的影响非常大);

2

缺失突变

是指DNA序列中少了一个或多个核苷酸,结果要么造成氨基酸序列的移码突变(突变位点后的蛋白质就全部变了),要么当缺少的核苷酸正好是开放阅读框整数倍,则就会少了一个或多个氨基酸;

3

插入突变/重复突变

是指正常核苷酸序列中多了一个或多个核苷酸,结果和缺失突变类似,要么造成氨基酸序列的移码突变(突变位点后的蛋白质就全部变了),要么当插入的核甘酸正好是开放阅读框整数倍时,则就会多了一个或多个氨基酸。如果多出的核苷酸序列和前面一样,这种特殊类型的插入突变就称为重复突变。

图2. 不同基因突变类型[2,3]

不同基因突变类型的GIST临床表现和患者的疗效和预后都大相径庭,这部分内容可以留待以后具体展开阐述。

 参考文献 : 

1.Annu Rev Biochem. 2019 Jun 20; 88: 163–190.

2.Front. Genet., 11 September 2019.

3.Mol Genet Genomic Med. 2020 Feb; 8(2): e1100.

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