117疫情观察 | 史隽·波士顿篇·Ⅱ
疫情暴发后，想要控制疾病传播，最重要的莫过于将病毒检测的假阴性率降至最低。在今天刊登的几篇日记中，史隽老师记录分析了关于病毒检测的诸多信息。
“117疫情观察系列”往期：
昨晚睡觉前听到哥伦比亚大学著名流行病学家W. Ian Lipkin感染了新冠病毒的消息，非常震惊。
来源：NBC news
Lipkin教授被称为世界领先的“病毒猎人 (virus hunter)”。他还是史蒂文·索德伯格（Steven Soderbergh）2011年的电影《传染病》（Contagion）的首席科学顾问。
在2003年非典时期，他受中国科学家和政府官员的邀请来到中国，帮助制定了控制病毒传播和减少感染的策略。2003年4月，他直接从患者的肺组织中测序出一段SARS冠状病毒 (SARS-CoV-1) 的序列并且研发出了首个针对SARS冠状病毒的敏感诊断测试。钟南山院士就是在他的建议下，把非典定义为病毒感染，改变了国内按细菌来治疗的政策。
非典过后，他与中国的科学家和政府官员紧密合作，帮助中国加强公共卫生体系。他帮助建立了上海的巴斯德研究所、北京的新国家疾病控制中心和广州市生物医学与健康研究所。
这次1月底2月初，他也去了中国。虽然不能去武汉，还是在广州和北京呆了一段时间。
他认为当前最重要的事情是研发一个灵敏的检测方法，可以找出无症状感染者，而不是用辐射很大的CT来检测病人。这样才能有效的控制扩散。
现在的大多数测试只能用于已经生病并出现症状的患者，只有这类患者才能测得准确结果。
就在3月19日，Lipkin教授的团队宣布研发出了一个敏感的测试方法，可以检测到无症状或者轻症状COVID-19患者体内的少量病毒。重要的是，这种被称为C3 (CII COVID-19Coronavirus Assay) 的新测试可以减少假阴性和假阳性率，不仅减少了不知不觉传播病毒的人的数量 (假阴性)，而且减少了不必要的医疗资源浪费 (假阳性，即隔离或治疗因其他原因生病的人)。可惜该测试虽然灵敏，但目前仅限于研究使用，还没有大规模用于排查。
最小化假阴性率对于控制疾病传播至关重要。这个新检测法对新冠病毒的特异性很高，不会与其他病毒发生交叉反应，从而导致假阳性，导致不必要地隔离患者。
他认为目前控制疫情最好的工具是隔离 (isolation) 和限制 (confinement)。
Lipkin教授在接受采访的时候说：“如果我会感染新冠病毒，那么谁都有可能会感染。”
If it can hit me, it can hit anybody. That’s the message I want to convey.
1952年出生的Lipkin教授已经68岁，希望他能早日康复。
马萨诸塞州的确诊人数突然增加了很多，似乎已经进入指数增长期。州长宣布学校将一直关闭到5月4日。
FDA又紧急批准使用了两个COVID-19诊断测试：
1) 由Mesa Biotech公司开发的手持式仪器 (见下图)
2) 由BioMérieux的子公司BioFire与美国国防部合作开发的全自动检测法，可以在约一个小时内提供结果。
来源：FierceBiotech
同时，FDA也发警告提醒大家：
消费者应谨慎购买或使用卖方声称有助于诊断、治疗、治愈或预防COVID-19的产品。
目前尚无FDA批准的预防或治疗COVID-19的疫苗和药物。
使用欺诈性的产品可能会导致人们延迟或停止适当的治疗，并可能危及生命。
Trump昨天发了一条twitter，说：“到目前为止，美国做的‘新冠病毒测试’已经远远超过任何其他国家！实际上，在过去八天的时间里，美国进行的测试要比韩国（过去被认为是非常成功的测试的国家）在八周的时间内做的测试更多。“
在之后的新闻发布会上，他又把这点说了好几遍。
然而，总统做的比较并不科学。流行病学家做比较通常使用的是人均检测率，测试的绝对数量不是很有意义。
尽管美国在冠状病毒检测的总数上超过了韩国，但鉴于美国人口是韩国的六倍多，因此美国的人均检测量却少得多。
截至昨天 (3月25日)，根据韩国CDC的报告， 5100万人口的韩国进行了357,896项新冠病毒测试。（数据来源：https://www.cdc.go.kr/board/board.es?mid=a20501000000&bid=0015）
相比之下，美国基本属于各州自治，每个州单独统计汇报自己的测试数据，有几个州不报告阴性结果数量或结果待定的测试数量，所以很难准确地统计美国到底有多少人接受了新冠病毒测试。
《大西洋》（The Atlantic）杂志的撰稿人Alexis Madrigal领导了一个有100多名成员的义工小组，汇总了各州政府网站和政府官员提供的数据，汇报在Covid Tracking Project上。根据他们的统计，截至昨天 (3月25日)， 3.29亿人口的美国进行了至少418,810项新冠病毒测试。（数据来源：https://covidtracking.com/data/）
根据这些数据，韩国的人均检测率是1/142，而美国只有1/786。
要达到韩国测试的覆盖面，美国还要测很多才够。
师兄发来他在超市买东西的照片，排队结账每人间隔至少2米，落实了媒体天天唠叨的“social distancing”。
FDA又紧急批准使用了一个新的检测方法：由雅培 (Abbott) 公司开发的、目前最快的新冠病毒测试 (Abbott ID NOWCOVID-19 test)，阳性结果5分钟可以读出，阴性结果13分钟可以读出，而且体积小巧便携，几乎可以在任何医疗环境中使用。
该技术基于雅培的ID Now平台。这个平台是美国目前最常用的即时检验仪器，全美大约有18,000多个这样的重量不到7磅的小机子，广泛用于检测流感、链球菌性喉炎 (strep throat) 和呼吸道合胞病毒 (respiratory syncytial virus，一种引起感冒症状的常见病毒)。
上周，雅培公司的m2000 RealTime系统也获得了美国FDA的紧急批准使用， 用于医院和分子实验室诊断感染。这个系统每周最多可以进行100万次测试，但是需要的时间更长。
雅培公司计划从4月1日开始每天提供50,000个ID Now测试，两个系统加起来，每月至少提供500万次测试。
ID Now系统是雅培公司2016年2月份收购的Alere公司开发的。其检测原理是：将病人的鼻或咽拭子样本与化学溶液混合，病毒破裂从而释放RNA；将这个混合物插入ID Now系统中，通过等温核酸扩增技术结合转录介导，可以定性测微量的RNA，扩增大约150碱基的小段，这一小段是新冠病毒的特异序列，不同于其他病毒。如果样本里面有新冠病毒，扩增5分钟以后就能产生足够的信号，可以判断为阳性。而如果扩增13分钟以后仍然没有信号可以判断为阴性。
和师兄们研究了一晚上这背后的黑科技，最后还是有些细节不甚明白。感觉虽然速度快，但不如传统的RT-PCR方法严谨，没有一个很好的control来确保取样过程可能会有的问题，假阴性率也会高一些。
但不可否认，即时临检 (Point-of-care testing) 在疫情大面积暴发的时候还是有很大的优势的。
（未完待续）
《返朴》新冠病毒专题
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