使用Excel绘制热图

事实上，对于大多数生物背景的朋友或者日常工作为湿实验的朋友，最实用，最简单的绘制一张热图或者直观地展示基因表达趋势的方式是使用Excel直接绘制一张热图。
虽然现在已经有很多网页版的或者是本地版的工具，但是对于快速的察看一些基因的表达趋势来说，或许直接在Excel上绘制会更简单方便。
故写下这个博文，希望对有需要的朋友有一点帮助。

需要的软件

只有Excel 是必须的，版本应该在2010或者以上
可选项还有Adobe Illustractor，可用于得到矢量图

准备数据

在生信数据中，最常见的绘制热图场景，就是多个基因在多个样本中的表达量矩阵，具体如下图，第一列是基因标签，第一行是样本标签，其他格子中为基因的RPKM或者FPKM更或者其他指标

使用到的数据

绘制热图

随后整理一个简单的热图

一个比较粗糙的热图

优化

接下来，我们要优化一下，这张图直接使用了原始的表达量值，不能很好的展现基因在不同样之间的表达变换，也可能掩盖了表达量比较低或者表达量比较高的基因的表达变化。所以，一般在热图绘制中，会采用两种两种标准化方法，
1.对数转换：转换之后，可以更好的显示出低表达基因的表达变换，也可以比较不同基因之间的表达量
2.基因在不同样本中的表达量，进行正态标准化，这种标准化操作后，突出地展现了基因在不同样本中的表达变化（注意，此时不用基因之间的值没有可比性，当然这个常常并不被关注）
3.基因在不同样本中的表达量，做0-1标准化，将最小值映射到0，最大值映射到1，按比例整理即可
上述第一种标准化方法和第三种标准化方法都比较简单，这里不加以说明，仅演示第二种标准化方法，其对应的公式是，具体可参考百度u是标准化后的值，X是原始值，μ是均值，δ是标准差