生物信息于我们做生物问题的，其实不需要那么复杂
出发点
昨天的推文，其实很早就写啦，只是没推出来。也可能是在无意识的情况下看到一些公众号推文，所以就想着写写推推。当然，我自认为是，不小心和一些推文有撞车了。推出之后，有几个朋友就联系上来啦，有赞同的，也有不赞同的。当然，我大体的回应是，我也就说说，不必认真，毕竟，我就是搞生物的，不是搞生物信息的。正好还在一周之内，自然是得空可以抒发抒发。于是今天再稍微推推，侃侃侃侃。
聊聊我们谈搞生物信息，到底是怎么个搞法？。
自我定位
每一个人，或者说每一个研究生，对自我的定位其实才是过得是否充实和快乐的基础。没有定位的，其实我个人也米有啥看法，估计你的导师也没有看法。毕竟，你自己都不知道自己到底要什么，以后想成为一个大概是什么样的人，你的导师怎么给你建议？大体是这么一个场景：
学生：老师，麻烦你指导我一下？
老师：指导什么？！哪方面的？
昨天的推送提到了我认为的三种不会被取代的搞生物信息的，简单的说，真的是在搞生物信息的人：
搞算法的，-→ 数学
搞软件开发的，流程开发的，-→ 计算机
搞生物学问题的，-→ 生物，化学，物理….等
经过这三四年接触生信的经验，参考计算机相关方向的发展，我给自己的定位是：
我是搞生物学问题的，极端点则是，我是做生物的，不做生物信息。
我的数学一直在努力补习（知道我的人，我在休息是的位置上，简明微积分，统计学方面的书，一直就放在旁边），我知道或者我认定了，我几乎是不可能去搞这一块了。
我的计算机方面一直在努力补习（知道我的人，就知道我有一大堆的书都是计算机，缺什么就买什么，跟那些参与一大堆培训班，关注一大堆公众号的人，加一堆QQ群的人是一样的）
唯独剩下生物学问题这一点，我觉得我完全可以努力一下，达到一个或许还不错的效果，毕竟我从大一至今，并没有离开过这一块，甚至我自认为我还不差，至少在身边的圈子生，更何况，我从来不认为我身边任何一个人，尤其大部分比我聪明的人，会比我更加勤奋。我通过长时间的学习，尽可能弥补了我智商的短板，于是才会有相当一部分人反而觉得我聪明（这个很搞笑，小时候我们家人包括我就明白了，我是家里孩子中智商最差的，然而目前就我一个人读书到现在…似乎说明了某个观点 —- 现在读博，似乎只是勤奋问题，跟智商没啥关系）
对目前一些生物信息社群（QQ群，微信群，公众号，知乎，简书….）的看法
其实，除了少数商业化倾向极其明显，或者不尊重其他人的努力成果的社群外，我其实都觉得这些社群，每一个都非常有价值。无论是分享观点，分享操作，分享流程，分享代码，分享进展，工作招聘。运行这些的人，没有一个不优秀。只是每个社群的理念就是不同，
有些社群注重的是算法
有些社群注重的是编程
而更多社群注重的是软件和流程的使用
注重软件的使用和流程的使用，其实跟做生物学问题并没有直接关系，但这一块确实是一直以来的最大的需求，而前两者很少可以看到，因为做这些方面的人似乎往往主要在github。
做生物问题，优秀的，其实我们不能在社群中太经常看到，因为都太忙。
更或者这么说
“每个社群，其实最适合的人群还是初学者；一旦度过这个阶段，留在社群的人，往往是某种美德驱使。因为社群对他们的收益微乎及微”
这也是为什么bioinformatics中国，目前清理的人早已远超2000人，*因为，度过了那么一个阶段，其实你确实不需要这个群了，而并没有时间来帮助新入群的人，那么留着也是浪费自己的流量。
那我到底还要不要学生物信息？
当然要！，我个人完全支持掌握所有软件，完成各种项目的分析这种操作，因为这样你确实会成为一个或许是的生信工程师。这个做法很好，也没有错。重点在于，回过头看看，社群里待过的群，还有多少其实还继续在生信这一块继续发展？不多。这个我觉得不在于这个专业的发展好或者不好，而在于一个人是否有自我认知，看清楚自己在做什么，而不是停留在纯粹的软件安装，软件使用更或者流程搭建与运行。
我自认为，凡是有心真的想成为那三类不会被取代的搞生信的，应该睁大眼睛看清楚，你们社群里的哪一个大流是只知道软件安装，软件使用，流程搭建与运行的。明显，完全没有。而你却因为诸如我很着急，我要入门，我要搞生物信息，我就是生信工程师，这些个的原因，能运行各种生信相关软件，各种流程，甚至也重复了很多RNA 重测序 GWAS 项目。到底你比起那些你眼中的大流，缺少的是什么？
少的是，你或许从来没有读懂这些软件的文献，更或者没有读过文献或者manual，更甚至，你根本没想过这个软件有对应的文献，对应的manual。
意识！一个太简单的道理 — 知其道，用其妙。我推荐一门课程，即是北大的网络公开课，生物信息学导论，这门课真的是最值得看的。
每一个软件拿上来，第一步，真的不是跑demo。
而是，看他的文献，看完了看他的manual。剩下的，你觉得真的还需要看别人的软件使用流程？其实真的不是，你需要的可能是软件安装过程遇到的一些问题（这些一般是计算机基础问题）。你需要百度谷歌。
anyway，其实直接copy别人的流程，其实我个人也很支持，我自认为我几乎没这么做过。因为我第一步，一定是看文献，优先于安装软件。
差不多了。想想这个推文最适合的读者应该是课题组的师弟师妹，希望他们能明白，为什么我其实不太喜欢扔流程给他们，毕竟如果看到软件的文献，其实不需要我的流程。如果真的有必要呢？
那就给docker，nextflow，一键式pipeline
生信数据分析，尤其是二代测序数据的分析流程，其实真的似乎没有哪一类是没有公开流程的；这些公开的流程，最麻烦的常常是安装和参数的调整。
所以现在有大量的云平台，慢慢地也有一体机，剩下的，似乎不用过多的解释了。
“我们这类生信工程师”的就业前景
已用引号括起，因为不属于以上三者，其实也包括我，我也在努力地往最后一类发展。我们这类生信工程师呢，熟悉各类软件的使用，会跑各种流程，包括安装，输出不怎么美观的结题报告。可以独立完成不少项目，简称 — “生信民工”。就目前而言，“生信民工”事实上，就业前景没有三四年前好（三四年前我才知道生信，所以只能说当时的情况，似乎以前就更好了），但是还不错。其实以后也不会太差，原因完全不需要解释。
“鲁迅”：我没说过生信熟练民工找不到工作。
人，行业，总是躁动的，总有需要你的地方，只是机会更小而已。请参考为什么程序员那么满大街了，还是有很多就业缺口。展开讲就太复杂啦。
所以不用当心你找不到工作，或者找到的工作确实很差，你需要担心的是，我怎么升华自己，升一级，不再做生信民工，而是做生信工程师。
而这种担心什么时候该有，每个人的观点就不同了。
我想说，“都可以，我能要求的，只有我的师弟师妹”。
总之，又回到一个定位问题，
你说你要搞生物信息，那到底你对自己的定位是什么？
我只想做生物学问题，怎么办？
没办法，你还是要学一学的，了解一下，
简单分析，有各种软件，无论是web的 local的，界面的太多了，你看Pacbio组装也是SMRT-link Web GUI的哈，难道没听过CLC？ GENIOUS？Ugene 吗？太多商业化软件啦。
更或者，跟其他课题组合作，更或者招technician！
更或者，确实如昨天所说，分析部分的项目打包—-成就了一批公司。
别当心，生物信息与你而言，太简单，只要…你愿意花时间点点鼠标，更或者你愿意花钱打包项目
不会太久，更或者只是你完全没有站到某个高度，不知道别人家的操作，真的不是每个人都要去搞命令行。
做湿实验的，你确实有足够多的精力可以兼顾两者吗？到底是搞计算机的，还是搞生物学问题的？别开玩笑了，我说我是搞生物的，其实我真的没做多少湿实验，而你的大部分生信大流，其实他们做多少实验呢？
优势！
自我定位，其实是在看清楚 自己的优势。做湿实验的优势，其实就是生物学问题的把握。为什么要去生信专业的人拼软件，拼流程呢？知道软件，知道流程就行了，关注生物学问题。没必要执着。
看清优势。
扯淡完毕，爬山去
再声明
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