TBtools - 已有插件列表

写在前面

最近我主要在忙两个事情:

  1. 了结学校里相关的一些事情,也整理下手上的资料和文件

  2. 看看是否有合适的工作

写了一段关于找工作的感悟,不过还是删了,哈哈。多数无益,回到主题。
整理资料时,突然想起,前前后后我鼓捣了十来个 TBtools 插件,似乎有必要整理一个插件列表。

一号插件 - Pubmed Summary

Pubmed Summary 的优势在于“辅助文献速度”。基于用户输入的关键词,爬取对应Pubmed检索结果,并附加影响因子,以及摘要等信息。用户可以快速阅读题目和摘要,了解文章详细,在大规模阅读后,筛选出合适的文章,再行精读。具体可见推文链接
Pubmed Summary 文献泛读至简辅助工具

二号插件 Batch SMART

SMART 应是最为全面可靠的序列结构域分析网站。对于单个序列,可以快速完成分析。但对于多个序列,该数据库只支持数据库中已收录的序列信息。在绝大多数情况下,用户需要编写爬虫脚本,逐个提交,预测并获得结果。
Batch SMART 解决这个需求缺口,任何用户只需要在 TBtools 中提交序列,软件会自动提交获取,并整理结合以及可视化
Batch SMART 最强序列特征[结构域]预测软件

三号插件 - Batch Motifs Viz

这个插件比较有趣。能做的事情只有一件,那么就是基于MEME输出的XML文件,一次可视化所有 Motifs 的 SeqLogo。这款插件并未完全对外开放,是 TBtools 的第一个众筹插件。具体见
SeqLogo | 一键可视化 MEME Motifs 组图

四号插件 - SRAtoFastq

SRAtoFastq,正如其名,只有一个作用,即 将 sra 格式文件转换为 fastq 格式。存在大量公开测序数据仅有 sra 格式文件可供下载。用户使用这一插件,即可完成格式转换。作为 TBtools RNAseq 系列插件的第一个,感兴趣的人还是有不少的。当然,RNAseq 系列插件只针对 Windows 和 MacOS 用户开放。这一系列插件,均为众筹插件,暂时未有对外开放的打算。感兴趣的见推文
SRAtoFastq | 任何人都能自主分析测序原始数据

五号插件 - Fastq2Fasta

Fastq2Fasta,看名字就知道他只能做一个事情,将 Fastq 格式的序列文件,转换为 Fasta 格式的序列文件。这个插件比较有趣。来自于半小时直播时,有用户提起多次。作为回应,我顺手写了,同时完全对外释放。具体可见
FastqtoFasta | 随手写个小插件,送给积极的用户朋友

六号插件 - FastQC

FastQC 是一款被广泛使用的测序数据质量查看软件,软件本身知道界面版。但我还是选择将其打包成这个插件。主要原因是....方便。当然,另外还有其他一些尽量完善以避免出问题的情况。有时候一些软件虽然是Java软件,但不一定是有完善的跨平台实现。这一插件属于众筹插件。
具体可见
插件FastQC | 点点点,人人看看测序数据质量

七号插件 - Trimmomatics

质量控制是高通量测序数据分析不可缺少的部分。质控软件有很多,我自己也实现了一些,包括RNAseq和small RNAseq的。权衡之下,我没有选择二进制文件,而选择打包 Trimmomatics,主要原因在于....都是 Java 实现,套起来方便。当然,与FastQC插件类似,我也做了一些优化,使之能够更好的跨平台。RNAseq系列插件之一,所以仍然是众筹插件。
具体见
Trimmomatic | 点点点,测序原始数据质控,技能√get

八号插件 - Ascp GUI Wrapper

提起这个插件,还是有趣。原本我是打算写转录本定量插件的,然而突然发现找不到测序数据。原本是想着FTP下载的,无奈速度似乎不太行。这种情况下,Aspera是完美解决办法。然而,最麻烦的还是在于软件安装与环境配置。想来想去,现在不干,以后又要折腾。干脆写一个。
于是,这是一个完全开放的插件,用户只需要安装插件,即可高效且快速下载测序数据。
具体见
插件 | 人人-点点点-光速下载 NCBI/ENA NGS原始数据

九号插件 - Newick Rename

常常有这种情况,用户会拿着一堆序列,构建一个进化树。花了时间,拿到了树文本,使用的时候才发现序列的 ID 不是自己想要的样式。于是最好的方法是...进行重命名。同样,这个需求来自半小时直播。我顺手就实现了,又是一众筹插件
Solved!进化树批量重命名,技能 √get

十号插件 - The BEST Gift

啊,这是 TBtools 第一个游戏插件,在具有情人节属性的节日里,送给单身朋友最好的礼物,完全开放,随时可用
具体见
插件 | 七夕福利!TBtools 用户最好的礼物

十一号插件 - Kallisto GUI Wrapper

这个插件是 TBtools RNAseq 系列插件的终结插件。打包了 kallisto,用户可以高效地,批量地,基于 Fastq 测序数据,获取 基因表达矩阵 和 读段计数矩阵。最大的优势或许是,自动整合结果 - 总的来说,不能太方便!!!
Kallisto | 点点点,从 测序数据 到 基因表达量矩阵 人人都可以!

写在最后

Emmmm,我自认为每一个插件都融合了我个人的思考。事实上解决了一些问题。尤其是 RNAseq 系列插件,目前主要是众筹朋友的使用阶段(不到30人)。我自己在笔记本上两天,分析了100+个转录组测序样品,感觉很爽。
....
推文写完了,突然还是回到现实,总的来说,我觉得最好找工作状态应该是:

  1. 至少一年以上海外经历,最好有海外学历

  2. 博后经历,基本相当于讲师经历

综合结果,或许难道可能即使是目前这样的环境,那么出国也是必要项?有趣。

整体上,取得联系的估计有近20个老师,每一个老师都给了我一些不错的建议,也聊了科研设想和看法。其中王老师提到的一点,我觉得值得写出来,大体是:如果你要走科研,那么最好起点要高。

另外,鲍老师提及的要考虑单位是否有良好的晋升通道,事实上这个我之前也没有考虑,果然还是年轻。

最后,还有肖老师的实在 和 徐老师的认可

我想,且不提找工作的结果,但就这个过程,已是受益良多!

PS:可能我跟不少博士找工作的状态不同的是,我并不担心没有工作,因为我只要坐在电脑面前,就是在工作。

(0)

相关推荐

  • 使用bowtie2去除宿主序列

    在研究组织或者肠道微生物时,常常需要去除宿主的DNA序列,以防止宿主的序列干扰研究.去宿主序列的主要研究方法是通过将质控后的序列与宿主基因组进行比对,将比对上的序列进行去除.比对软件通常有bowtie ...

  • NGS数据格式梳理01-FASTQ和FASTA格式详解

    本系列想详细的梳理NGS数据分析中常用的几种数据格式,目前打算见下图: 正文分割线 FASTQ和FASTA是存储DNA序列及对应质量信息最常使用的文本文件,本文介绍Illumina平台下机数据FAST ...

  • Android 如何完整的获取到用户已安装应用列表

    接到产品经理的预研需求,说希望获取用户已安装应用列表.这个问题应该不难,只要是要把相关的知识点整理和验证一下. 对于获取用户已安装应用列表,我个人是很熟悉的,因为我的华为手机上,手机管家天天会在通知栏 ...

  • ubuntu如何获取没有依赖项的已安装软件包列表

    软件中心以某种方式显示了相当短的已安装软件包列表.如何在文本文件中获取它? 我试过了: > dpkg --get-selections|wc -l 3265 > aptitude sear ...

  • TBtools GUI界面工具列表....

    欢迎对生物信息学科学习感兴趣而不仅仅是对生物信息应用感兴趣的朋友加到我们QQ交流群(276151571) "bioinformatic*中国" 作为被某群群管(非上述推荐群)视为破 ...

  • Sankey Plot | 优雅地可视化 CeRNA 分析结果,TBtools 又一插件诞生

    导言:本插件作者为 李闯,一个热心的小伙伴,也是医学方向唯一的 TBtools 老铁用户.TBtools 开发本身基于我个人课题进展需要.极少考虑到医学方向的生信数据分析需求.李闯 贡献的这个插件,让 ...

  • FL Studio刷新插件列表讲解

    说到刷新功能,我们一定非常熟悉吧,例如当我们逛网页的时候,突然网页卡掉了或者网页加载很慢,这个时候我们就会使用刷新功能,这样就可以快速地解决网页卡顿现在.这个功能几乎在很多软件中都很适应,FL Stu ...

  • 2021 22.4修复版 插件图标不显示问题已修复

    这两种情况其实是同一个问题.在前几天发表的关于离线安装包的文章中,,我把详细的安装方法已经写明,太多人不认真看了.这里我再重复一遍安装要点: 1.安装2021 22.3以上版本 2.登陆你自己的账号 ...

  • 【旅游】塔吉克斯坦已被列入俄罗斯公民可以自由度假的国家列表

    2021年5月27日,(杜尚别,夏冉译)据"阿维斯塔"援引俄罗斯联邦旅行公司协会报道的,塔吉克斯坦以及其他15个国家已被列入俄罗斯公民可以自由度假的国家列表. 今天,俄罗斯公民可以 ...

  • 【教程】Chrome浏览器中已安装的插件如何导出备份?

    本文被收录于专区 程序人生 进入专区参与更多专题讨论 平时使用Chrome插件过程中我们可能会遇到这种情况: 每次更换浏览器或者系统后,对于一些已经安装过的插件想导出保存一下,以便后续再安装或者分享给 ...

  • 魔兽世界怀旧服,升级版,帕奇维克又来陪我们玩(治疗辅助) 插件 (0.2版已集成库并增加命令行)

    来自  神喻/一只傻安安@班尔法克斯  视频讲解:范克瑞斯服务器如月之恒公会Apink 0.2改动增加了用/pwpw 命令呼出关闭界面,修正了英文版本的对应关键词(因为没搞英语版本wow未测试) 由于 ...