11月在线数据库汇总

在11月期间，总共发表了医学相关在线数据库70个。其中一些经典数据库的更新的相关文献也在这个月进行了发表。其中就包括我们经常使用的KEGG数据库以及汇总我们基因名称的HNGC数据库。下面就来给大家介绍一下主要有哪些数据库，以及笔者比较感兴趣的数据库。如果想要所有相关数据库信息的，后台回复：2011。

疾病与药物相关数据库

一共有9个涉及到和疾病以及药物相关的数据库。其中6个是和药物相关的数据库，还有三个是和疾病相关的数据库。

其中一个是和衰老有关的数据库。这个数据库汇总了在不同组学当中基因和衰老的关系。还有一个MLO(Membraneless organelles, 无膜细胞器)与疾病之间关系的数据库。数据库汇总了目前研究获得的MLO和疾病以及基因的关系。我们可以使用这个数据库查一下自己研究的基因MLO有没有关系。说不准会有新的研究方向。

微生物和病毒相关数据库

在这个部分一共有8个新发表的数据库。其中和covid有关的有两个。

一个汇总了COVID发表的相关文献的数据库，在这里可以查找和Covid所有相关的文献。同时网站也给文献进行了分类，比如诊断、治疗、病例报告等等的。

DNA相关数据库

和DNA有关的数据库一共有5个。其中涉及到突变、SNP，染色质各个方面。

其中ATACdb，是一个基于ATAC-seq来分析染色质开放情况的数据库。这个数据库汇总了多个公开的ATAC-seq的数据，通过统一流程的分析，最后把结果汇总到一个数据库里面。对于想要分析使用ATAC数据的童鞋，可以使用这个数据库进行查找。

RNA相关数据库

和RNA有关的数据库一共有15个。其中有5个数据库是和非编码RNA有关的。这个涉及到非编码RNA的各个方面。另外还有和circRNA,tRNA这些有关的数据库

在这个里面，有一个预测转录因子调控网络的数据库GRNdb。在转录调控的预测的时候，我经常需要使用不同的网站来进行预测。这个数据库把常用的几种预测的方法结合到一起了。所以通过使用这个数据库，我们就可以来分析基本的转录调控网络了。

蛋白相关数据库

这个月一共发表了20篇和蛋白相关的数据库。涉及到各个方面。

其中MitoCarta是一个是一个人工汇总的涉及到线粒体代谢的相关蛋白和通路的数据库。这个数据库提供了和线粒体代谢有关的蛋白

流程化分析工具

流程化分析工具，主要是提供某一个数据从原始数据到结果一体化分析的过程。这个月主要有三个流程化的工具发表。一个是高通量相关的流行病学数据挖掘工具，还有一个是蛋白质质谱上下游分析的软件。

另外还有一个是对于代谢组学原始数据进行同时分析的网站。这个数据库可以在上传原始数据之后，进行后续的常规分析。

其他数据库

这里包括了一些不能进行统一分类的数据库。其中就包括最近更新的KEGG、HNGC以及ncbi当中的化学物质查询数据库(PubChem)。