如何利用公共数据发NC

写在前面

随着肿瘤当中测序量的逐渐增大，目前很多的高分生信分析都是基于泛癌的数据来进行分析。这样的好处是可以观察在大多数癌症当中的变化情况。今天就给大家介绍一个最近刚刚发表的Nature Communication(NC)上的泛癌分析文章

背景介绍

免疫检查点封锁（ICB）治疗已经彻底改变了许多恶性肿瘤的治疗方法，从而导致对预测和预后生物标志物的广泛研究。来自几个小组的最新研究指出，ICB反应与SWI / SNF染色质重塑复合物(the polybromo and BRG-1 associated factors, PBAF)中的突变相关，其中这个PBAF复合物包括ARID2，PBRM1和BRD7基因这三个基因。最近的研究当中发现PBAF和免疫治疗的关系不明确。为了说明PBAF复合物和免疫治疗之前的关系，所以作者做了这个泛癌分析。

在文章当中的分析当中，作者

  1. 使用了两个大的泛癌数据来分析PBAF复合物在不同肿瘤当中的情况

  2. 使用了其中一个泛癌数据来分析了PBAF复合物突变和预后的关系

  3. 使用多个转录组数据来分析PBAF复合物突变的功能

主要结果

1. PBAF复合物突变在各个肿瘤当中的情况

作者利用TCGA的泛癌数据以及MSK-IMPACT两个公共的数据集来观察PBAF复合物在各个肿瘤当中的突变情况。关于突变情况的评估，最经典的也就是观察突变率。这里使用了肿瘤突变负荷(tumor mutation burden, TMB)以及片段基因组改变(fraction genome altered， FGA)来进行评价。通过TMB的观察，作者发现在肾癌当中PBAF复合物的TMB最显著。

2. PBAF复合物突变和预后的关系

在上面作者发现在肾癌当中突变最显著。所以就想观察PBAF复合物的突变和预后有没有关系。这里对于突变的预后分析。作者把突变按照失去功能(loss-of-function, LOF)，没有失去功能(non-LOF)以及没有突变三组来观察预后有没有意义。在看完肾癌当中的预后，又看了在其他癌当中的预后的关系。

3. PBAF复合物突变和肿瘤免疫的关系

在明白了PBAF突变在各个肿瘤当中的关系以及预后的关系后。还是要评估突变对于功能的影响的。尤其是这个复合物和免疫有关。所以也就进一步的评估了和免疫的关系了。在这里，作者没有使用TCGA这样的表达数据，这里作者使用了三个其他的"公共数据集"。这几个公共数据集是基于临床试验的过程当中产生的测序数据。

关于文章的感想

以上就是文章的基本内容。文章对于我们的提示在于文章使用了多个公共的数据集。其中TCGA是我们常用的。另外也使用了MSK-IMPACT这个公共数据集。这个数据集当中有和免疫治疗有关的信息。所以想要了解免疫治疗相关东西的可以使用这个数据。具体怎么使用我们后面应该会有介绍的。

除了MSK-IMPACT，还使用了三个公共的临床实验的测序数据。这三个数据主要还是来自于European Genome-Phenome Archive (EGA)这个组织。这个组织里面存放了很多临床试验相关的测序数据。有想要临床实验相关测序数据的可以在这里看看。但是这个里面的数据需要申请。其实如果有很好的实验设计的话，可以给他们发邮件申请了。说不准就可以获得下载权限了。

另外关于基因突变的评价。之前用的最简单的还是突变率。通过这个文章，我们知道也是可以通过TMB以及功能改变来进行分组评价。

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