命门一词，始见于《内经》，谓“命门者，目也”（《灵枢·根结》）。自《难经》始，命门被赋予“生命之门”的含义，它是先天之气蕴藏之所在，人体生化的来源，生命的根本。于是命门就成了脏象学说的内容之一，遂为历代医家所重视。
关于命门的位置，历来有不少争论，归纳起来有以下几种。肾有二枚，左肾为肾，右肾为命门之说，始自《难经》。“肾两者，非皆肾也，其左者为肾，右者为命门”（《难经·三十六难》）。自此以后，晋·王叔和《脉经》，宋·陈无择《三因方》、严用和《济生方》，明·李梃《医学人门》等均遵此说。明·虞抟否定左为肾右为命门之说，明确指出“两肾总号为命门”，谓：“夫两肾固为真元之根本，性命之所关，虽为水脏，而实为相火寓乎其中，愚意当以两肾总号命门”（《医学正传》）。明·张景岳认为：“肾两者，坎外之偶也；命门一者，坎中之奇也。以一统两，两而包一。是命门总乎两肾，而两肾皆属于命门。故命门者，为水火之府，为阴阳之宅，为精气之海，为死生之窦”（《类经附翼·求正录》）。这一学说认为两肾俱为命门，并非在肾之外另有一个命门。以命门独立于两肾之外，位于两肾之间，实以明·赵献可为首倡。他根据《素问·刺禁论》“七节之旁，中有小心”，认为“此处两肾所寄，左边一肾属阴水，右边一肾属阳水，各开一寸五分，中间是命门所居之官，其右旁即相火也，其左旁即天一之真水也”（《医贯》）。这种论点一直影响到清代，如陈修园《医学三字经》、林佩琴《类证治裁》、张路玉《本经逢原》、黄宫绣《本草求真》等均宗此说。此说虽然认为两肾中间为命门，但其间非水非火，而只是存在一种原气发动之机，同时又认为命门并不是具有形质的脏器。倡此说者首推明·孙一奎，他认为：“命门乃两肾中间之动气，非水非火，乃造化之枢纽，阴阳之根蒂，即先天之太极，五行以此而生，脏腑以继而生。若谓属水、属火、属脏、属腑，乃是有形之物，则外当有经络动脉而形于诊，《灵》《素》亦必著之于经也”（《医旨绪余》）。明代以前，在《难经·三十九难》“命门者……其气与肾通”之说的影响下，把命门的功能笼统地包括在“肾气”概念之中，认为命门的功能与肾的功能有相同之处。直到明代，命门学说得到进一步发展。综合前人的论述，对命门的功能有以下几种认识。
1．命门为原气所系，是人体生命活动的原动力：“命门者，精神之所含，原气之所系也”（《难经·八难》）。
2．命门藏精舍神，与生殖功能有密切关系：“命门者，精神之所舍也；男子以藏精，女子以系胞”（《难经·三十九难》）。说明命门是人体藏精舍神之处，男子以贮藏精气，女子以联系子宫。
命门藏精舍神的功能，实为肾主生殖的一部分功能。陈修园则明确指出：“凡称之曰门，皆指出入之处而言也。况身形未生之初，父母交会之际，男子施由此门出，女子受由此门人，及胎元既定，复由此门而生。
故于八门即飞门、户门、吸门、贲门、幽门、阑门、魄门等七冲门（加上溺窍空门）之外，重之曰命门也”（《医学实在易》）。认为命门在女为产门，在男为精关。
3．命门为水火之宅，包括肾阴、肾阳的功能：“命门为元气之根，水火之宅，五脏之阴非此不能滋，五脏之阳气，非此不能发”（《景岳全书·传忠录·命门余义》）。
“命门之火，谓之元气，命门之水，谓之元精”（《类经附翼·求正录》）。可见，张景岳认为命门的功能包括了肾阴、肾阳两方面的作用。
4．命门内寓真火，为人身阳气之根本：“命门者，先天之火也……心得命门而神明有主。如可以应物：肝得命门而谋虑，胆得命门而决断，胃得命门而受纳，脾得命门而转输，肺得命门而治节，大肠得命门而传导，小肠得命门而布化，肾得命门而作强，三焦得命门而决渎，膀胱得命门而收藏，无不借命门之火而温养也”（《石室秘录》）。
这种观点把命门的功能，称为命门真火，或命火，也就是肾阳，是各脏腑功能活动的根本。所以周省吾则进一步强调：“命门者，人身之真阳，肾中之元阳是已，非另是一物”（《吴医汇讲》）。
纵观历代医家对命门的认识：从形态言，有有形与无形之争；从部位言，有右肾与两肾之间之辨；从功能言，有主火与非火之争。
但对命门的主要生理功能，以及命门的生理功能与肾息息相通的认识是一致的。我们认为肾阳，亦即命门之火，肾阴，亦即张景岳所谓“命门之水”。肾阴，亦即真阴、元阴；肾阳，亦即真阳、元阳。古人言命门，无非是强调肾中阴阳的重要性。
