人类研究中的管家基因
人类研究中的管家基因
定义我就不多说了,不懂的自行去搜索了解。
早在2003年,Su et al. 等人就发表了文章List of housekeeping human genes derived from the article "Human Housekeeping genes are compact 收集了常见的可以在real-time PCR实验当做对照的管家基因集合,基于表达芯片值来判定的。
详细列表在:http://www.tau.ac.il/~elieis/Housekeeping_genes.html
*NM_001101 actin, beta (ACTB), mRNA 6988
*NM_000034 aldolase A,fructose-bisphosphate (ALDOA), mRNA 3425
*NM_002046 glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPD), mRNA 828
*NM_000291 phosphoglycerate kinase 1 (PGK1), mRNA 2727
*NM_005566 lactate dehydrogenase A (LDHA), mRNA 2105
很明显可以看到,大家耳熟能详的 GAPDH,ACTB都在其中,很好。
但是在2013年,E. Eisenberg and E.Y. Levanon等人对管家基因列表进行了修正,发表文章:Human housekeeping genes revisited ,这个时候是基于RNA-seq数据来判定的,选取那些基因在人体类不同的细胞组织表达模式都比较统一的基因。其实可以用GTEx数据库来进行这个探索,可以把它再修正一波。
完整列表见:https://www.tau.ac.il/~elieis/HKG/HK_genes.txt 还包括这些基因的外显子信息:https://www.tau.ac.il/~elieis/HKG/HK_exons.xlsx 都是可以下载自行探索的。
不够,吊轨的是,作者推荐用来做实验的PCR control genes我竟然一个都不认识,唉,尴尬的是以前熟知的GAPDH,ACTB居然被剔除掉了。
呵呵哈哈哈