Science | 群体遗传调控变异对罕见疾病转录组分析的影响（IF=41.037）

编译：tRNA，编辑：十九、江舜尧。

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美国哥伦比亚大学系统生物学系的Pejman Mohammadi和Tuuli Lappalainen等人于2019年10月18日在Science期刊发表题目为《Genetic regulatory variation in populations informs transcriptome analysis in rare disease》的文章，该研究为在总人群中量化个体的基因表达提供重要参考。
文章摘要 
背景：遗传变异在个体间发生的频率很高，这使得即使在特发性疾病患者中识别一种特定的致病变异也是相当困难，尤其是那些致病变异发生在基因组非编码区域的患者。Mohammadi等人在深入研究了组织特异性和群体水平的RNA测序数据之后，开发一种统计测试:表达变异分析（ANEVA）。
结果：ANEVA可以从AE数据中估计群体内基因表达的遗传变异。并且它估算的AE数据与eQTL数据和基因表达的遗传力一致。ANEVA基因调控变异量的测定补充了基因和性状选择性限制的编码和调控变异分析。由成纤维细胞的检出率为23.3%，全血的检出率为12.3%，说明ANEVA-DOT捕捉到了基因剂量的罕见遗传效应。可见，ANEVA-DOT准确识别罕见病患者AE数据中的疾病基因。
结论：本文研究结果表明，ANEVA及ANEVA-DOT可以量化基因在一般人群中的遗传变异，并识别患者所携带的基因在哪个位点对基因的表达有异常强烈的影响。对于在特发性疾病患者中很难识别任何一种特定的致病变异提供了一种新的思路。

文中重要图片说明

图1  顺式调控变异、等位基因表达和ANEVA

图2  GTEx基因调控变异的估计

图3  基因间调节变异的生物学来源

图4  ANEVA-DOT检测出的异常值的监测

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