一种含NHS酯基和光保护ortho-QM(o-QM)的双功能交联剂NHQM
设计合成了基于光保护的喹酮甲基化(PQM)的一系列交联剂,能够通过特定的Michael加成靶向9个亲核残基。除了Asp、Glu、Lys、Ser、Thr和Tyr外,PQM交联剂还显著地交联了Gln、Arg和Asn,迄今为止,这些化学交联剂还不能作为靶点,用单一交联剂显著地增加了靶点残基的数量。
最初设计了一种含NHS酯基和光保护ortho-QM(o-QM)的双功能交联剂NHQM。邻硝基苄基在酚羟基上的邻位甲基上连接了两个氟原子,当加入到蛋白中时,NHS会很快和暴露的Lys残基反应,将光保护的o-QM放置在相互作用蛋白的残基旁边,o-硝基苄基在紫外线照射下被清除,生成o-QM,并与附近的亲核侧链发生交联。
为了增加交联剂的灵活性,还合成了NHQM3C,在NHQM的spacer 中添加了三个亚甲基。实验结果表明,NHQM和NHQM3C用小分子交联剂将自然残基的靶标库扩大到9个亲核残基。为了使细胞内高效的交联成为可能,还设计了一个具有同功能的交联剂HoQM,在两端都采用了光保护的o-QM。将NHS酯替换为光保护的QM可以在光激活前消除交联剂的化学反应性,从而使其进入细胞而不会引起细胞毒性。此外,两端的QM可以增加交联类型的多样性,因为QM与NHS酯相比会和更多的残基反应。
与DNA交联的试剂仍然很少,因为大多数交联剂的反应更倾向于蛋白-蛋白而不是蛋白-DNA交联。甲醛是主要的试剂交联试剂,但只能和在2埃以内的蛋白发生交联。QM能有效地烷基化脱氧核苷,因此,推断NHQM应该能够使蛋白质与DNA交联,实验证明假设是正确的。
总之,这些PQM交联剂的光活化和多靶点反应性将大大增强蛋白质-蛋白质、蛋白质- DNA网络研究和结构生物学研究的化学交联基础技术。
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Hydrazide-Biotin
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Hydrazide-PEG4-Desthiobiotin
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小编:wyf 2020.10.27