除了引用参考文献,Endnote 这个强大的功能很多人不知道
当当当,又是一年开学季。
实验室里迎来了一批对科研有着无限憧憬的科研小鲜(jiu)肉(cai)们,做(dang)科(jiu)研(cai)的第一堂课,就是学习看文献和写文章的基本方法。
其中,学习使用以 Endnote 为代表的文献管理软件就是一节必修课。
可能很多同学都已经知道 Endnote 可以用来引用参考文献、修改参考文献的格式等,但其实用它整理和阅读文献,简直是 永远的神!不要太香哦~
那么,作为一名科研老腊(jiu)肉(cai),笔者今天就和大家讲一讲如何用 Endnote 把我们的文献整理得井井有条,从而能够更好地梳理相关思路。
那么,话不多说,上干货!
Endnote 的文件级别
类似电脑里的「文件」-「文件夹系统」,我们也可以对存放在 Endnote 里面的文件(文献题录及原文等附件)进行分门别类,这非常有利于我们整理文献。
Endnote 中的文件可以分成三个级别,最高级别是 Endnote 数据库(Library),然后是群组(Group Set),最后是组(Group)。
我们先用一张树图来系统展示(图 1),接下来进行逐一讲解:
图1
一个课题新建一个 Endnote 数据库
我们最初建立一个 Endnote 数据库时,系统默认名称为「My Endnote Library」,可能有些同学就会一直使用这一个数据库,即使换了不同课题也如此。
这样,不仅会导致同一个 Endnote 数据库因文件过大而卡顿,而且不同领域的文献放在一起,也容易造成混乱。
其实,我们可以为每一个课题新建一个 Endnote 数据库。
在菜单栏里选择「File」-「New」,就会跳出新建 Library 的对话框(图 2),我们可以对其进行命名、添加标签、设置存储位置等。
图 2
比如说,根据不同阶段的研究课题,分别建立名为「Tumor Biology」,「Nanomaterial」和「Immunotherapy Progress」的 Endnote 数据库,或者说,每写一篇文章,建立一个配套的数据库(图 2 右)。
此外,我们再说一个新建数据库时的小技巧:
默认情况下,新建后 Endnote 数据库包含两个文件,一个是后缀为「.enl」 的 Endnote 文件,用于存放和编辑参考文献题录;另一个是后缀为「.Data」的文件夹,用于存放前面「.enl」文件里参考文献题录的原文等附件。
在较新版本的 Endnote(比如说 X9)里,还提供了「Save as Package」的选项,勾选以后,可以在新建数据库的时候将「.enl」文件和文件夹合并成一个单独的文件,后缀名为「.enlp」(图 2 左)。
笔者建议大家勾选这个选项,给文件做减法,无论是后续使用还是分享都更加方便。
建立分组,整理文献
新建一个数据库后,就可以导入我们想要的参考文献题录了。
我们可以根据不同目的,灵活的建立 Group Set 和 Group 来对参考文献题录进行分类整理。
手动分组
图 3(1)的界面会显示所有的分组。点击菜单栏的「Groups」,选择「Create Group Set」,就会建立一个群组。
图 3
比如说,我们可以新建一个名为「Manuscripts」的群组,随后右键点按,在该群组下建立 4 个组,分别存放文章的 4 个部分里所引用的参考文献。
比如,我们还可以新建一个名为「Experimental Methods」的群组,在该群组下建立不同的组,用来存放实验方法需要参考的文献。
再比如,我们新建一个名为「Molecular Mechanism」的群组,在该群组下建立不同的组,每个组分别存放阐述有关分子机理的文献(图 3),并且,同一篇文献可以被放在多个组里。
通过建立群组和组,不同的文献就会按照我们的需求整理的井井有条,给我们查找文献和写作文章提供了极大的便利。
智能分组
除了上面说的手动分组的方法,我们还可以在 Endnote 中建立智能分组(Smart Group)。智能分组能够通过提前预设的规则,自动识别聚合包含某一关键词的文献。
比如说,如果我们想把标题中含有「breast cancer」的文献都聚集到一起,以方便我们阅读和写作,这个时候,我们就可以新建一个标题中包含「breast cancer」的智能分组。
建立后,就会自动聚合相应文献,在分组列表里,小齿轮的符号代表智能分组(图 4)。运用布尔运算符,我们还可以设立更加复杂的条件,对数据库中的文献进行更加精确的筛选。
图 4
文献自动去重
数据库里的文献数量较多,或一次性大批量的导入文献,很有可能造成数据库中文献的重复。这时,我们就可以利用 Endnote 的自动去重功能,去掉重复导入的文献,精简我们的数据库。
在菜单栏里点击「References」,找到「Find Duplicates」,Endnote 就会识别出所有重复的文献,并帮助我们比较两篇重复文献题录的信息,让我们选择留下其中的一篇。
图 5
挂载 PDF 全文和导出 PDF
挂载 PDF
有些同学虽然写文章时使用 Endnote 引用参考文献,但 Endnote 里面只有题录,文献 PDF 还是存放在电脑文件夹里,这样会造成一些不便,比如,文献 PDF 不好命名,查找起来比较困难。
所以,笔者建议把文献 PDF 全文挂载到 Endnote 相应的文献题录里,这样,引用、查找、整理和阅读文献,都可以在 Endnote 里一气呵成的全部完成,十分顺畅。
在 Endnote 里挂载 PDF 全文非常简单,如果直接使用的就是 PDF 全文导入题录,那本身 Endnote 就会包含该文献 PDF 全文。
如果仅仅导入了题录,现在想要挂载 PDF 全文,如图 6(左)所示,可以在相应的题录上右键点击,找到「File Attachment」, 选择「Attach File」,随后顺着文件夹路径找到该 PDF 全文即可。
图 6
挂载成功后,题录最左边会显示一个回形针的图标。PDF 全文挂载到 Endnote 上后,原有的 PDF 就可以删除了。
当然,除了手动挂载 PDF,Endnote 还可以通过「Find Full Text」功能自动找到 PDF 并挂载到该题录上。
如果同学们发现这个功能没有开启,可以点击菜单栏中的「Preferences」,找到对话框里的「Find Full Text」选项,选中下方的「Automatically…」(自动启动查找全文)的选项,这样在我们导入题录的过程中就会自动开始查找全文(图 7)。
如果不是在购买了大量数据库的校园网内网使用这个功能,下载到的 PDF 全文要少得多,但还是可以提高文献查找的效率。
Endnote 题录里可以同时挂载多个 PDF 文件。
因此,除了挂载文献正文的 PDF 全文,我们还可以挂载上相应的 SI,从而进一步方便我们整理和阅读文献。
图 7
导出 PDF 文献
那么,挂载在题录上的 PDF 文献如何导出呢?
方法其实也非常简单。如图 6(左)显示,可以在相应的题录上右键点击,找到「File Attachment」,选择「Save As」,就可以把 PDF 全文保存到相应的路径里。
Endnote 内陆 PDF 默认的命名是胡乱的数字编码,我们可以手动重新命名,右键点按题录,选择「Rename PDFs」即可。
但是,手动命名十分麻烦,因此,我们可以用「PDF-Handling」这个选项来自动统一重命名下载到的 PDF。
如图 8 所示,Endnote 默认的选项(左图)是不对 PDF 进行重命名(Don’t Rename),所以 PDF 名称才会呈现乱码,但是我们可以修改,比如说,选择「Author+Title」,下载到的 PDF 就会直接重命名为「作者+标题」。
也可以选择最后一个「Custom」,然后在下面的文本框里自己设计理想中的命名规则(右图)。
在设置好后,我们就可以通过在 Endnote 文献列表里对想要导出 PDF 的文献题录辅助点按,选择「File-Attachments」的「Save As」,就可以直接保存按照刚刚设置的规则命名的 PDF(图 6(右))。
图 8(图片来源:Mac 版 Endnote 页面截图)
阅读文献
Endnote 自带简易的 PDF 阅读器,所以,我们可以选择直接在 Endnote 上阅读文献。如图 9 所示,阅读文献时,还可以对 PDF 做简易的标记,如高亮、添加形状和文字等。
如果想对该文献写一些笔记,可以利用题录里的一些板块,比如「Research Note」,随后把「Research Note」板块添加到题录显示列表里,从而能够帮助我们快速的通过笔记了解文献要点。
不过,笔者认为 Endnote 自带的 PDF 阅读器不是很好用,如果想用其他的 PDF 阅读器,怎么办呢?
方法也很简单,右键点按该题录,点击 Open with…(后面是电脑默认打开 PDF 的软件,笔者是 Preview),就可以直接在其他 PDF 阅读器上阅读该文献,比如说强大的 Adobe Acrobat,这样就可以结合两者的优点,岂不是更香。
图 9(图片来源:Mac 版 Endnote 页面截图)
总结
以上就是笔者本次介绍的全部内容了。
Endnote 完全可以作为我们的文献小管家,除了写作时用来引用参考文献和修改格式,文献的查找、整理和阅读都可以在 Endnote 上一站式的完成,从而大大提升科(shou)研(ge)工(jiu)作(cai)的效率。