纯生信单基因独立预后发文思路3+

研究背景:
核糖核苷二磷酸还原酶亚基M2(RRM2)是核糖核苷酸还原酶的催化亚基,可调节酶活性,这对于DNA复制和修复至关重要。然而,RRM2在肺腺癌(LUAD)中的作用仍不清楚。
研究方法:
在这项研究中,我们探讨了TCGA,GEO,Oncomine,UALCAN,PrognoScan Kaplan-Meier Plotter在LUAD中RRM2的表达模式和预后价值,并通过Cox分析证实了其独立的预后价值。LinkedOmics和GEPIA2用于研究与RRM2相关的共表达和功能网络。此外,我们使用TIMER来评估RRM2与主要六种肿瘤浸润免疫细胞之间的相关性。最后,通过TIMER门户通过肿瘤纯度校正的部分Spearman秩相关系数,检查了免疫调节剂,趋化因子和28种肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)和RRM2的免疫特征之间的相关性。
研究结果:
在TCGA-LUAD的肿瘤组织中发现RRM2上调,并在多个独立队列中进行了验证。此外,无论是在TCGA还是其他队列中,均发现高RRM2表达与不良的生存率相关。Cox分析表明,高RRM2表达是LUAD总体生存,疾病特异性生存和无进展生存的独立危险因素。功能网络分析表明,RRM2通过涉及多种与癌症相关的激酶和E2F家族的途径来调节真核生物中的RNA转运,卵母细胞减数分裂,剪接体,核糖体生物发生以及细胞衰老信号传导。同样,RRM2表达与B细胞,CD4 + T细胞和嗜中性粒细胞的浸润水平相关。随后的分析发现,B细胞和树突状细胞可以预测LUAD的预后。通过Cox分析将B细胞确定为六种类型免疫细胞中的独立危险因素。最后,相关分析表明RRM2与我们进行的免疫标记的67.68%(624/922)相关。
研究结论:
我们的研究表明,RRM2可以独立预测LUAD的预后,并与免疫浸润有关。特别是,RRM2和B细胞标记基因之间的紧密关系是免疫反应的潜在中心,也是影响预后的关键因素之一。我们的发现为进一步研究RRM2在LUAD中的免疫调节作用奠定了基础。
分析内容如下:
1、对RRM2做差异分析,并在多个数据库中进行验证
2、RRM2表达与临床特征的相关性分析
3、生存分析
4、单因素、多因素Cox 回归分析
5、RRM2共表达分析、GO、KEGG分析
6、RRM2与免疫细胞的相关性分析
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