研究速递 | Science揭示肠道微生物群和代谢产物在电离辐射中的保护作用
电离辐射可以引起造血系统，肠道系统以及心脑血管神经系统的多器官损伤。
放射治疗在临床上被广泛用于治疗多种肿瘤。但是由于放射射线不仅可以杀死癌细胞，还会对周围的正常细胞和组织造成损伤，因此放疗经常会引起各种副作用，比如疲劳，电离辐射可以引起造血系统，肠道系统以及心脑血管神经系统的多器官损伤。
放射治疗在临床上被广泛用于治疗多种肿瘤。但是由于放射射线不仅可以杀死癌细胞，还会对周围的正常细胞和组织造成损伤，因此放疗经常会引起各种副作用，比如疲劳，恶心和腹泻等。
肠道是辐射的主要目标，也是肠道菌群的最大生态位。虽然有小部分描述性研究表明，肠道微生物群与辐射损伤之间存在潜在的相关性，但这种关系的具体基础仍然不清楚。
近日，来自美国北卡罗拉纳大学教堂山分校的 Jenny P.Y. Ting 团队在 Science在线发表研究论文，题为“Multi-omics analyses of radiation survivors identify radioprotective microbes and metabolites”。
发现在致死剂量的全身性辐射模型中，肠道微生物群，特别是Lachnospiraceae和Enterococcaceae可以保护小鼠抵抗辐射引起的造血系统和肠道系统的损伤，从而在致死剂量的辐射后存活下来。并且这些有益的微生物在放疗副作用轻微的白血病病人的粪便中含量显著提高。
通过靶向性以及非靶向性代谢组学研究，该研究发现SCFAs和色氨酸代谢物能降低肿瘤坏死因子-α、白细胞介素-6、干扰素-γ等促炎细胞因子的生成，这些细胞因子都是辐射损伤的重要介质。
这些发现提出了肠道微生物群和代谢产物在辐射激发后疾病易感性调节中起关键作用的可能性。
研究人员发现，一小部分小鼠可以在高剂量的辐射下存活并正常生活。这些“精英幸存者”拥有一个独特的肠道微生物组，该微生物组是在辐射后形成的。
然后将这部分小鼠称为“精英存活小鼠”，并且收集了他们的粪便进行16srRNA的测序。与同年龄的对照小鼠相比，“精英存活小鼠”的肠道菌群有很明显的不同。
随后，研究人员通过多种不同的菌群干扰实验来直接验证肠道菌群是否可以影响机体对于辐射的反应。在“dirty cage sharing”（脏笼）实验中，作者将“精英存活小鼠”和同年龄常规饲养的的对照小鼠使用过的脏笼子收集起来，用来饲养SPF小鼠和接受者小鼠。
每一周他们都会将接受者小鼠转移到相对应的新鲜脏笼中。经过8周的 “dirty cage” 实验，对接受者小鼠进行致死剂量的辐射。
接受了 “精英存活小鼠” 脏笼子饲养后的接受者小鼠对致死剂量辐射具有了明显的抵抗效果，30天内生存率达到了70%。相反，接收对照组脏笼子饲养的接受者小鼠，30天存活率仅为20%左右。
另外，作者分别利用SPF小鼠和无菌小鼠进行了粪菌移植实验。
接下来他们直接收集了“精英存活小鼠”和对照小鼠的粪便，并将粪便处理物通过灌胃的方法转移到受体小鼠中。接收“精英存活小鼠”粪便移植的SPF小鼠和GF小鼠都表现出明显的抗辐射效果。
利用这一发现，结合粪便植入和‘dirty cage sharing’实验，证明来自精英幸存者的微生物群在无菌的和常规饲养的接受者中均提供了重要的放射防护，其特点是提高了存活率并改善了临床评分。
他们找出了8种在“精英存活小鼠”受体组显著升高的细菌以及5种显著下降的细菌。那么作者推测，这些在“精英存活小鼠”受体组显著升高的细菌就可能是使机体对辐射有抵抗效果的“有益菌”，相反在“精英存活小鼠”受体组显著下降的细菌则可能是“有害菌”。
那么，这些肠道菌群对辐射的影响在人体内是否也成立呢？
作者联合杜克大学以及纪念斯隆-凯特琳癌症中心的实验室，一起进行了一个小型临床研究。
他们收集了一些白血病病人的粪便并进行了16srRNA测序。由于腹泻是放疗之后常见的副作用，他们根据病人腹泻的持续时间，将病人样本分为轻度腹泻和重度腹泻两组。
肠道菌群分析
通过肠道菌群的分析发现，在轻度腹泻病人中，Lachnospiraceae，Enterococcaceae以及Lactobacillaceae这三种在小鼠中可能的“有益菌”数量明显高于重度腹泻的病人。Lachnospiraceae的数量与病人腹泻时间存在显著地负相关性。因此，作者推断在人体中，这些可能的“有益菌”也可以帮助病人降低放疗引起的副作用。
随后，作者挑选了三种可能的“有益菌”，三种可能的“有害菌”以及一种最著名的益生菌 Lactobacillus rhamnosus, 进行了单一菌株的体内实验。
组织学分析
作者发现，Lachnospiraceae对小鼠的保护作用极明显。并且，通过组织学分析，Lachnospiraceae极大地降低了辐射对于造血系统和肠道系统造成的损伤。骨髓和脾脏的组织结构和细胞死亡得到了极大地保护。大肠和小肠的损伤以及肠道渗透性也明显降低。
短链脂肪酸分析
由于Jenny Ting课题组和其他课题组已经报道过，Lachnospiraceae可以产生大量的短链脂肪酸，并且短链脂肪酸是调节机体免疫反应和炎症反应的重要物质，因此，作者检测了三种短链脂肪酸对辐射的影响。
他们发现，在接受了propionate丙酸处理后，小鼠可以有效地抵抗致死剂量辐射带来的造血系统和肠道系统的损伤，生存率也得到了极大的提高。
细胞分析
作者同时检测了骨髓中造血干细胞和祖细胞的比例，发现propionate处理小鼠要远高于对照小鼠。另外，辐射所导致的DNA损伤与活性氧的释放，在propionate处理后也明显降低。
非靶向性代谢组学分析
最后，作者通过非靶向性代谢组学研究发现了一系列的代谢产物在“精英存活小鼠”的粪便中含量显著提高。其中，升高最为明显的是色氨酸代谢通路的成员。作者选取了indole-3-carboxaldehyde (I3A)和kynurenic acid(KYNA)进行了体内验证。两个色氨酸途径代谢产物1H-吲哚-3-甲醛（I3A）和强尿酸（KYNA）在体内提供了长期放射防护。
结 论
该研究的发现强调肠道菌群作为宿主抵抗辐射的主要调节剂的关键作用，能够保护造血和胃肠系统。
“精英存活小鼠” 的肠道菌群组成和普通小鼠不同，他们的肠道中含有大量的Lachnospiraceae等“有益菌”。这些“有益菌”通过产生大量的短链脂肪酸和色氨酸代谢通路的代谢产物来促进造血发生以及肠道损伤修复，从而帮组机体抵抗辐射引起的损伤和死亡。
毛螺菌科和肠球菌科，以及以丙酸和色氨酸途径菌群为代表的下游代谢产物，对辐射防护起着重要作用。
这项研究揭示了微生物代谢物轴在产生广泛的抗辐射保护中所起的关键作用，并为治疗辐射暴露的不良副作用提供了有希望的治疗靶标。
Tips
该文做了很多生理，化学，生物代谢和病理等大小20多项实验，包括小鼠实验，辐射处理实验，“dirty-cage sharing”实验，FMT实验，细菌菌种管理实验，SCFA和色氨酸代谢处理实验，病理组织学，肿瘤接种和放射治疗实验，免疫染色和免疫印迹解折，肠通透性检测，骨髓干细胞，肠上皮细胞和肠上皮内淋巴细胞分离，ROS检测，流式细胞仪分析，粪便16S rRNA基因测序分析，气相色谱-质谱检测，非靶向代谢组实验。一篇高水平论文的研究思路和严谨的实验论证过程，值得我们借鉴和学习。
参考文献：
Guo Hao,Chou Wei-Chun,Lai Yunjia et al. Multi-omics analyses of radiation survivors identify radioprotective microbes and metabolites.[J] .Science, 2020, 370