除了GEO,其实我们还可以挖掘这个数据库
很多人知道都GEO这个数据库,但是很多人忽略了这个数据库,这个数据库是什么呢?那就是——ArrayExpress
ArrayExpress是什么?
ArrayExpress是主要科学期刊推荐的存储库之一,用于存储来自微阵列和测序平台的功能基因组学数据,以支持可重复的研究。 为了完成这项任务,我们根据关于微阵列实验的最低信息(MIAME)和关于测序实验的最低信息(MINSEQE)指南来促进提交。 实验直接提交给ArrayExpress或从NCBI Gene Expression Omnibus数据库导入。 对于基于高通量测序的实验,原始数据可以转发到欧洲核苷酸档案库,而实验描述和处理过的数据则存储在ArrayExpress中。
ArrayExpress有什么?
mRNA、miRNA、lncRNA...等数据,
71328 experiments
2290752 assays
46.86 TB of archived data
ArrayExpress能做什么呢?
mRNA、miRNA、lncRNA差异表达分析、meta分析等等
目前发文现状
数据下载演示
1、登录https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/
2、输入keyword
3、查看检索结果
4、选择自己要下载的数据,可以下载处理好的数据,也可以下载原始数据
我们这里下载处理好的数据
然后就可以进行后续的分析,希望本文对大家有所帮助。
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