关于加载本地版R包的基因教训

加载本地R包对于大部分R语言初学是一个难题，今天我们来聊一聊如何正确的安装离线R包。

GEOmirror R包是从中国大陆的云中下载GEO数据库表达矩阵和表型数据的R包，因此对于中国大陆的用户来说会有点快。到目前为止，我们的中国只有腾讯云镜像。它只是GEOquery包中getGEO函数的替代方法。

  • 使用方法很简单，就是一个函数而已：geoChina（'GSE1009'）

  • 其实它就是这个 eSet = getGEO（'GSE1009'，getGPL = F） 等价版本。

首先我们在网上下载得到这个R包压缩包，比如下载这个https://gitee.com/jmzeng/GEOmirror/repository/archive/master.zip 压缩包，详见：https://gitee.com/jmzeng/GEOmirror，压缩包文件解压后，然后进入proj文件打开rstudio后，点击build。

这是一个压缩文件，需要解压（关键步骤），否则将会找不到文件。

下面介绍如何安装这个R包：

解压后我们会看到以下几个文件：

点击GEOmirror.Rproj 文件

点击bulid --- > more --- > Configure Build Tools --- > Configure  --- > 全部勾选 --- > 点击ok

让我们加载R包

library(GEOmirror)
?geoChina
geoChina('GSE1009') #测试下载数据

但我测试了一下：并不是想象中那么一帆风顺

geoChina('GSE1009') 

发现打不开URL

我尝试复制链接地址到浏览器发现是可以下载的

所以还是我的Rstudio配置出现问题

解决方案：

options(BioC_mirror="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/")
options("repos"=c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))

完美解决:

image-20210210122707183

总结：

  1. 加载本地R包的方法先解压
  2. 注意全部勾选Roxygen options
  3. R 包提示 cannot open URL的解决方法

后起之秀奔涌而至，欢迎大家在《生信技能树》的舞台分享自己的心得体会！

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