16s分析之Qiime质控+去除嵌合体

Qiime质控很快,但是去除嵌合体就不那么迅速了,上次16s分析之Qiime序列拼接没有给出数据和运行界面,可能体验会差一些,这次我给加上;


先说说质控命令:

split_libraries_fastq.py -i input_folder -ooutput_folder

参数设置参照:

  • -q 该命令是质量控制参数,一般是19,20更好

  • -p 质量控制要求,默认0.75,

  • multiple_split_libraries_fastq.py -i lxdjhg_join_zz -o lxdjhg_split --demultiplexing_methodsampleid_by_file -p ./lxdjhg/mel_peir.txt

质控参数文件设置参考:

  • phred_quality_threshold: 19


下面开始运行:

参数文件我设置、(当然可以根据数据修改):

命令输入:

  • multiple_split_libraries_fastq.py -i ./gzhcs_join2 -o gzhcs_split--demultiplexing_method sampleid_by_file -p ./mel_peir.txt

下面是运行界面(Terminal输入操命令过多会很繁杂,可以输入clear:清楚当前界面):

结果展示,这条质控命令会将所有分开的文件全部合并在一起,并且序列都会编号好:


去除嵌合体,我们下载一个gold.fa数据库,下载网址:

http:// drive5. com/uchime/gold.fa

另外,我们下载usearch61,下载地址,下载下来修改名称为usearch61:

http://www.drive5.com/usearch/download.html


下面基于对我们的Qiime安装usearch61:

请先进入根目录:

  • su

界面在password里面输入密码qiime:

将文件复制到/usr/bin/下:

  • mv ~/Desktop/Shared_Folder/usearch61 /usr/bin/

运行:

  • sudo chmod +x /usr/bin/usearch61

  • source ~/.bashrc

即可安装成功输入usearch61,即可显示相关信息:

Qiime上去除嵌合体命令如下:

  • identify_chimeric_seqs.py -m ChimeraSlayer -i seqs.fna -a/home/qiime/Desktop/gold.fa -o chimeric_seqs_cs.txt

参数参考设置:

  •        -m ChimeraSlayer调用方法,还有usearch61可以使用

两种方法,ChimeraSlayer会很慢,但是usearch61会很快,那种好,我也不好说,但是我一般用usearch61


下面开始输入命令:

identify_chimeric_seqs.py -m usearch61 -i~/Desktop/gzhcs_split/seqs.fna -r /home/qiime/Desktop/Shared_Folder/gold.fa -ogzhcs_usearch61_chimera_checking/

运行界面:

跑完界面文件:

里面的chimeras.txt文件即为嵌合体文件我们运行下一条命令去除这些嵌合体:


下面我们将嵌合体过滤:

  • filter_fasta.py -f ~/Desktop/gzhcs_split/seqs.fna -oseqs_chimeras_filtered.fna -s /home/qiime/Desktop/gzhcs_usearch61_chimera_checking/chimeras.txt–n

参数简介:

  •        -s 嵌合体序列文件路径

  •        -n去除名单中的序列

命令界面:


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