【小鼠大学问】基因工程小鼠的命名规则|南模生物
基因工程小鼠的命名规则
有没有发现，当你在查询或看paper时，往往会蹦出几个贼长的，还夹杂着数字、上标、符号的名称，比如：129-Trp53tm1Holl/J、FVB-Tg(PomcCre)5Brn...... 看上去很复杂的样子。这些其实是基因工程小鼠的全名。
如果把这一长串字符解构一下，常见的基因工程小鼠可以分为两种命名方式：
基因定点修饰的小鼠命名，比如：敲除、敲入、点突变等等。
随机转基因的小鼠命名
基因定点修饰小鼠的命名
这一类小鼠的名称基本长这样：
下面我们对这些组成部分逐一说明~
品系背景
如果是在单一的小鼠背景上完成的基因修饰，并且在繁育过程中未引入其它品系，那么就可以以品系简写来表示。比如：
如果是在混合品系背景上，那么可以用这几个品系（<3个）缩写，并以分号作为间隔。分号前表示受体，分号后表示供体。比如：在一个来自C57BL/6与129杂交 ES 细胞系上定点敲除某个基因，就可以用B6;129表示。直至这个品系与 C57BL/6 小鼠回交至近交系程度，那么可以改写为B6.129。
如果供体品系是混合背景或有未知来源，那么回交至受体品系的近交系程度后，可以用.Cg来表示，比如：B6.Cg。
如果存在3个以上祖系或有未知来源的混合遗传背景，那么以STOCK来表示。
被修饰的基因
这里的基因名用的是 Gene Symbol。Gene Symbol 和 Gene Name 到底有什么区别呢？
Gene Symbol 有以下特点：
物种中唯一的
短，3-5个字母，最多不超过10个字母
只用罗马字母和阿拉伯数字
大写字母开头，后跟小写字母或数字
不包括组织特异性或分子量
最好跟 Gene Name 的首字母一致
斜体表示
不同物种的同源基因使用相同的 Gene Symbol
Gene Name 则一般有以下特点：
简短，可以是几个单词，包含基因功能或特点
首字母小写（人名或专有名词除外）
使用美式拼写方法
举个例子你就明白啦，例如：
Shh 是 Gene Symbol，而 sonic hedgehog 则是它的 Gene Name。
所以，如果你想查找某个基因的敲除品系，那么最好输入 Gene Symbol，而不是 Gene Name 或者曾用名。
这里特别提一下定点过表达的这类情况：
目前最常用的两个定点过表达的整合位点，一个 Rosa26位点，一个是 H11位点。
Rosa26是一个基因，所以可以用它的 Gene Symbol，也就是 Gt(ROSA)26Sor。
H11并不是某一个特定基因，而是存在于两个基因之间的一个特定染色体位置，所以没有 Gene Symbol。目前公认的命名是 Igs2，表示 intergenic site 2 的缩写。
修饰方式（上标）
tm：对于 ES 细胞打靶途径获得品系，用 tm 表示 targeted mutation。
em ：对于 CRISPR/Cas9 或 TALEN 等核酸酶系统介导的基因修饰品系，用 em 表示 endonuclease-mediated mutation。
编号（上标）
这里的编号是指在该实验室中，对该基因修饰的序列号。
例如：Trp53tm1Holl表示在Holl实验室对Trp53基因进行的第一次突变。
有时候会看到 tm1.1、tm1.2的情况，这是指条件性基因敲除（CKO）小鼠在与生殖系重组酶工具鼠交配后获得的子代小鼠品系，为了与亲代 CKO 小鼠（编号为 tm1）区分。而亲代 CKO 小鼠与其它组织特异性重组酶工具鼠交配的子代就不单独命名了。
插入结构（上标）
对于基因敲除和条件性基因敲除，在命名中一般不加入插入结构的部分，即编号后紧跟实验室代号。
例如：Trp53tm1Holl。
如果有敲入的基因，可以在括号内写出插入的外源基因。
例如：Cd19tm1(cre)Labcode表示在 Cd19基因中敲入 Cre基因。
如果敲入的是 RNAi，那么把RNAi针对的靶点写进括号中。
例如： Genetm#(RNAi:Il23a)Labcode 。
实验室代号（上标）
一般实验室代号是机构名称的首字母缩写。
比如：
J 表示 The Jackson Laboratory；
Kyo 代表 Kyoto University ；
Smoc 代表上海南方模式生物；等等。
随机转基因小鼠的命名
这一类小鼠的名称基本长这样，命名中Tg代表 Transgene。
转入基因
在括号中填入转入的基因的启动子信息以及 Gene Symbol。
编号
指该实验室制备的转基因 founder 编号或系列编号。
如果使用转座子系统来制备转基因小鼠的话，那么命名时在 Tg 后面加上 Tn，表示 transposable element。随后的括号内，一般需要包括：所使用的转座子系统缩写，以及构建的载体结构，两者用“-”链接：TgTn(transposon_class_abbreviation-vector)#Labcode。
例如：B6.Cg-TgTn(sb-lacZ,GFP)IF2Jtak/JtakRbrc，其中 sb 是 sleeping beauty的缩写。
知道了基因工程小鼠的命名规则，你可能又要问了，名字这么长总不能每次都写全名吧？确实，通常在文章中对所用的基因工程小鼠进行表述时，我们可以采用简写的方式。具体可以怎么写呢？
基因工程小鼠的一般简写方式
基因敲除
大家很熟悉了，可以分别用加、减号上标来表示 wildtype allele 与 mutant allele：
KO 纯合子 Gene-/-
KO 杂合子 Gene+/-
野生型对照 Gene+/+ 或 WT (wildtype)
基因敲入
将敲入的元件写在上标里，例如：
Shh 基因 E177A 点突变杂合子：ShhE177A/+
如果 Shh 基因敲入报告基因或Cre重组酶基因，可以写成 ShhEGFP/+，或者也可以直接写成 Shh-EGFP、Shh-Cre。
转基因
一般直接写出表达的基因结构，例如：
Villin promoter 驱动 EGFP 报告基因的转基因小鼠就可以表示为 Vil-EGFP。
条件性基因敲除
将 flox 作为上标表示，比如：
CKO 纯合子 Geneflox/flox 或 Genef/f
CKO 杂合子 Geneflox/+ 或 Genef/+
如果与广泛表达 Cre 或生殖系表达 Cre 工具鼠交配后获得了全身敲除的小鼠，那么可以按 KO 小鼠的规则来简写。
如果与组织特异性 Cre 小鼠交配，那么可以组合写成：Geneflox/flox；Cre。
如果文章中只用到一种组织特异性 Cre 工具鼠，也可以按 KO 的方式简写，即 Gene-/- 可以表示 flox 纯合子且 Cre 阳性小鼠。
如果有多种不同的 Cre，那么就需要分别表示了。
例如：Tlr5 flox 小鼠分别与小肠上皮细胞（IEC）特异性 Cre（Vil-Cre）、 DC 细胞特异性 Cre（CD11c-Cre）交配的子代中发生基因敲除的纯合子小鼠可以分别表示为 Tlr5flox/flox；Vil-Cre 和 Tlr5flox/flox；CD11c-Cre。如果觉得这样写太麻烦，也可以这样表示：Tlr5ΔIEC 和 Tlr5ΔDC。
关于基因工程小鼠的命名原则大致先介绍到这里，使用基因工程小鼠的过程中有任何问题，欢迎与我们沟通。