成功击退北魏的多次入侵后，萧衍将主要精力放在了内政上。作为当时的文坛领袖，尚书令沈约的文章名高一时，但他贪求荣华之利，掌权十多年，在政治方面唯唯喏喏，毫无建树。对此，沈约不仅不自知，还希望能更进一步，位列三公，萧衍却始终不肯如他所愿。沈约又自请外出任职，萧衍没有同意。徐勉曾经建议授予沈约开府仪同三司的殊荣，萧衍也不同意。天监九年（公元510年）正月初二，萧衍以沈约为左光禄大夫，右光禄大夫王莹为尚书令，沈约就此退出一线。
自从刘宋以来，尚书五都令史都由寒门出身者担任，之后逐渐成为定制，萧衍对此颇不以为然。
四月十六，萧衍下诏曰：“尚书五都令史是参与朝政的要职，不但总领全局，而且与左右丞并驾，可以择用士族门第出身的来担任。”
于是，尚书五都令史的地位逐渐等同于奉朝请，以太学博士刘纳兼殿中都，司空法曹参军刘显兼吏部都，太学博士孔虔孙兼金部都，司空法曹参军萧轨兼左右户都，宣毅墨曹参军王颙兼中兵都，都因才能和门第俱属上流而首先被选中。
萧衍如此大力提拔新人，引起了一些功臣的不满。除了沈约，还有两个人更加膨胀，不作不死，分别是尚书左仆射张稷和王珍国。张稷自认功大赏薄，心怀不满，常常口出怨言。有一次，他侍宴于东寿殿，酒酣之际，竟当着萧衍的面怨气形于辞色。萧衍半开玩笑半认真道：“你的哥哥杀了郡太守，你的弟弟杀了他的君主，你有什么值得夸耀的呢？”张稷回答道：“臣是没什么值得炫耀的地方，但为陛下效力以来，不能说没有功劳。东昏侯残暴肆虐，义师都来讨伐他，何况臣呢？”这句话的后半句含有挑衅之意，潜台词是，如果皇帝不称职，则天下群起而攻之。萧衍捋着他的胡须笑道：“张公真让人感到害怕呀！”酒醒之后，张稷既感到恐惧，但内心里还是怨恨，请求外放。天监十年（公元511年）正月初六，张稷被任为青、冀二州刺史。王珍国也因为官爵不如意心怀怨望，被罢去梁、秦二州刺史还京后，竟于酒后在座位上启奏萧衍道：“臣前不久进入梁山便哭了。”梁山相当于建康的皇族公墓，安葬有多位前朝皇帝，包括萧宝卷。萧衍大吃一惊道：“你如果哭东昏侯，则已经晚了；如果哭朕，朕还没有死！”王珍国站起来拜谢，却一言不发，酒席当即就散了。如果是萧宝卷这样的皇帝，以张稷和王珍国的言论，早就不知道被杀多少回了，他们能够保住性命，多亏了萧衍够宽容。不过，萧衍虽然对宗族、大臣非常优待爱护，即使有犯法的，也经常超越法律替他们开脱，对于普通百姓犯罪，则一律按法处置，并株连家族，不管老幼一概不免，一人逃亡，全家以身抵押服劳役，百姓被逼得走投无路，各种作奸犯科、盗窃作乱更加严重。有一次，萧衍去郊祀，一个秣陵老头借此机会拦住御驾进言道：“陛下执法，对庶民太严酷，对权贵则太宽松，这不是长久之道。如果能颠倒一下，则天下大幸。”自此以后，萧衍对百姓执法有所放宽。就在南梁岁月静好之际，一场叛乱又引发了和北魏的新一轮冲突。是年三月，琅邪百姓王万寿杀了东莞、琅邪二郡太守刘晰，占据朐山，向北魏投降，并召请北魏军前来。北魏徐州刺史卢昶派郯城戍副张天惠、琅邪戍主傅文骥相继赶赴朐山，刚刚上任的张稷派兵抵挡，失利而归。四月，傅文骥等人占据朐山，萧衍诏令振远将军马仙琕前往攻打。与此同时，元恪也在派兵增援，派代理安南将军萧宝寅、代理平东将军赵遐率兵据守朐山，接受卢昶节度。马仙琕率兵围住朐山，张稷临时驻扎在六里以监督粮运，萧衍又几次发兵协助，双方成相持之势。马仙琕为将，能和士卒同甘共苦，穿的衣服都是布帛制成，住的地方没有帏幕衾屏，饮食与仆人、马夫等最低下者一样，士卒们因此都乐于为他卖力。在他的围困下，北魏军的形势变得愈发艰难。是年秋，卢昶上表朝廷请求增兵六千、米十万石，元恪却只给他增派了四千兵力。十一月初七，元恪诏令扬州刺史李崇等人在寿阳操练军队，以便分散南梁在朐山的兵势。卢昶本是一介儒生，不习军旅。长期围困之下，朐山城中的粮食和柴火全都用尽，傅文骥被迫献城投降。十二月十九，卢昶率先带兵逃跑，其他各路军马相继溃散，恰逢天降大雪，北魏军冻死以及冻掉手脚的有三分之二，马仙琕率兵追击，大获全胜，二百里间僵尸遍地，北魏军幸免于难者仅十分之一二，南梁军收缴的粮食、牲口以及各种器械，不可胜数。卢昶单人匹马逃跑时，节传、仪卫之具都丢失。到了郯城，他借用赵遐的节传以显军威，掩饰失败。元恪命黄门侍郎甄琛将卢昶锁拿到洛阳，仔细查问他惨败的状况。最后，卢昶和赵遐全被免官，只有萧宝寅因把军队完整带回，免于处罚。卢昶还在朐山固守时，御史中尉游肇曾对元恪道：“朐山弹丸之地，偏处海滨，地势低下，异常潮湿，难以居住，于我们非急用之处，于他们则意义重大。正因如此，他们必定拼死相争，而我们是不得已而交战。以不得已之众抵抗拼命的军队，恐怕拖延甚久，耗费甚大。即使能得到朐山，徒然地导致双方互相争夺。臣听说他们想要以宿豫交换朐山，如果真是这样的话，以无用之地换回固有疆域，利莫大焉。”元恪正准备照此行事，无奈卢昶战败，朐山失守，想交换都没有资本。随后，元恪提升游肇为侍中。游肇，游明根之子，幼年时为中书学生，博通经史以及《苍》、《雅》、《林》学说，为人谦虚朴素，敦厚笃重，温文尔雅，为政清简，惩恶扬善，赏罚分明，很有政绩。这场南北冲突，可以简单的概括为偷鸡不成蚀把米，北魏颜面尽失。
