多孔的琼脂糖珠 (也称琼脂糖树脂)与磁珠在分离蛋白质及蛋白复合物的对比
多孔的琼脂糖珠 (也称琼脂糖树脂) 作为免疫沉淀实验中的固相支持物常用的材料。琼脂糖珠海绵状的结构 (直径 50-150 μm) 可以结合抗体 (继而结合靶蛋白)，它能够直接高效、快速结合抗体，而不需借助特殊的专业设备。
图 1. 琼脂糖珠在无需抗体饱和的情况下，琼脂糖珠能很好的结合极大量目的蛋白。但值得注意的是，在免疫沉淀实验中，抗体的量常常不足以满足琼脂糖珠的饱和荷载量，没有被抗体覆盖的琼脂糖珠的部分则可以自由地结合任何可粘附的物质，这种非特异性结合升高引起背景信号升高，这时，“高荷载量优势”会变成“高荷载量劣势”。对裂解样本进行预处理操作，是去除非特异性结合物较为简单有效的方法。■ 预处理裂解样本是蛋白质、脂质、碳水化合物和核酸的混合物，与抗体、蛋白 A/G、微珠材料会发生非特异性结合，从而对免疫沉淀结果造成影响。主要方法有两种：a. 排除由于微珠本身材质引起的非特异性结合：将裂解样本与微珠单独混合孵育，随后去除微珠并收集上清液，再进行免疫沉淀实验。b. 排除由细胞成分引起的非特异性结合：使用相同抗体亚型类别但不靶向目的蛋白的抗体，在相同的组分条件中与裂解样本混合孵育，再进行免疫沉淀实验。磁珠目前，超顺磁性微珠已经大幅取代琼脂糖珠，成为免疫沉淀和其他微量亲和纯化方法的先选择。与琼脂糖珠不同，磁珠是固体，抗体的结合仅限于磁珠的表面。磁珠 (直径 1-4 μm) 明显小于琼脂糖珠，尽管磁珠没有多孔中心增加结合能力，但每体积的磁珠数量比琼脂糖珠多，使磁珠拥有足够的抗体结合表面积满足高容量的抗体结合。
结合能力由于琼脂糖珠直径较大且具有海绵状结构，因而比磁珠有更大的表面积和更大的结合能力。但是琼脂糖珠的可变多孔径会使抗体会落入孔内，导致结合受限，尤其是超大蛋白 (一般是蛋白复合物) 的结合，并且抗体可能会在洗涤步骤 (离心) 中流失。相反，绑定在磁珠表面的抗体均能与目的蛋白结合，并且抗体很少会在温和的洗涤步骤 (磁性分离) 中流失。另外，琼脂糖珠的非特异性结合能力大于磁珠。琼脂糖珠的非特异性结合不限于其表面抗体结合位点，抗体的任何表面或参加免疫沉淀反应的成分均可与样品中非目的蛋白成分结合，即使使用完全饱和的珠子，仍会发生非特异性结合。因此，进行免疫沉淀之前预处理样品极为重要。■ 成本免疫沉淀中设计微珠的成本主要取决于免疫沉淀方法和每个免疫沉淀反应所需要的微珠量。琼脂糖珠：琼脂糖珠必须通过离心浓缩在管底部，并在每次孵育和洗涤除去上清液，通常需要肉眼识别管底部的琼脂糖珠，因此，每个免疫沉淀实验至少需要使用 25-50 μL 的琼脂糖珠。磁珠：采用磁性分离，无需设定较小体积的的磁珠使用量，用量仅取决于目的蛋白和免疫沉淀抗体。当然，在使用琼脂糖珠的过程中，可以使用过滤离心柱代替普通的微量离心管，该离心柱包含一个过滤器，允许通过短暂的离心使除珠子外的所有免疫沉淀成分流过，因此可以显著减少每个反应所需的琼脂糖珠使用量。■ 简单快速由于琼脂糖珠免疫沉淀需要较长的孵育时间，预处理步骤和多次离心，所以其需要大量的手动操作，总时间为 1-1.5 小时。相反，磁珠免疫沉淀反应不需要离心，配合使用磁性分离架磁性分离，在 30 分钟内即可完成实验，因此可以在较短时间内轻松处理并获得较多样本的分析数据。■ 自动化磁珠操作简便，因此可以使用自动化免疫沉淀设备，不仅节省了工作量和时间，还可以应用于高通量。总结当样品体积< 2 mL，建议使用磁珠。在日常小型分离特定蛋白质和蛋白复合物时，以及进行手动和自动化标准 IP、Co-IP、ChIP、ChIP-Seq、RIP 和 Pull-down 反应并立即用于后续检测分析时，磁珠是较佳选择。当样品体积> 2 mL，建议使用琼脂糖珠。当抗体成本较低并且想要纯化大量目的蛋白用于多种下游分析时，琼脂糖珠是较佳选择。硅基磁珠固相萃取磁珠PuriMag Si-benzylchloride 苄基氯修饰磁珠PuriMag Si-benzol 苯基修饰磁珠PuriMag Si-Cyclohexane 环己基修饰磁珠PuriMag Si-C18 十八烷基修饰磁珠|Dynabeads® RPC 18等效磁珠|C18磁珠PuriMag Si-C12 十二烷基修饰磁珠|Dynabeads® RPC 18等效磁珠|疏水磁珠PuriMag Si-C8 辛基修饰磁珠|疏水磁珠|Dynabeads® RPC protein等效疏水磁珠PuriMag Si-Cl氯丙基修饰磁珠PuriMag Si-C3 丙基修饰磁珠|Dynabeads® RPC protein等效疏水磁珠偶联用磁珠PuriMag Si-DEAE 单核硅质DEAE弱阴离子交换磁珠PuriMag Si-SH 巯基修饰磁珠PuriMag Si-Epoxy 环氧基修饰磁珠|环氧基磁珠|硅包覆环氧基磁珠PuriMag Si-COOH 羧基修饰磁珠|羧基磁珠|硅羧基磁珠氨基磁珠|硅包覆氨基磁珠|PuriMag Si-NH2 氨基修饰磁珠|amine magnetic bead核酸提取磁珠核酸DNA/RNA提取纯化磁珠 氨基修饰核酸DNA/RNA纯化提取磁珠 羧基修饰DNA提取硅羟基磁珠|RNA提取磁珠|核酸提取磁珠GMA磁珠亲和素磁珠|亲和素标记磁珠|avidin magnetic bead巯基磁珠PuriMag G-SHNHS磁珠|高载量PuriMag G-NHS磁珠叠氮磁珠|Azide 磁珠|炔烃标记蛋白点击偶联|PuriMag G-Azide Beads|Azide magnetic bead蛋白L磁珠|Protein L磁珠|Protein L magnetic bead|抗体纯化|免疫沉淀蛋白A/G磁珠|Protein A/G磁珠|Protein A/G magnetic bead蛋白G磁珠|ProteinG磁珠|Protein G magnetic bead蛋白A磁珠|Protein A磁珠|Protein A magnetic bead|免疫沉淀|抗体纯化生物素磁珠|生物素修饰磁珠|biotin磁珠|biotin magnetic bead|PuriMag™ G-Biotin甲苯磺酰基活化磁珠|PuriMag G-Ts聚合物磁珠氨基磁珠|高密度氨基磁珠|聚合物磁性微球|PuriMag G-NH2|amine magnetic bead羧基磁珠|羧基修饰磁珠|高密度羧基磁珠|聚合物羧基磁珠PuriMag G-COOH|carboxyl magnetic bead羟基磁珠聚合物包覆磁珠PuriMag GS-OH（短臂)环氧基磁珠|聚合物包覆磁珠PuriMag G-Epoxy|高环氧基密度磁珠|链霉亲和素磁珠|SA磁珠|亲和素磁珠|PuriMag G-streptavidin 高biotin结合容量聚苯乙烯（PS）包覆磁珠—阳离子交换聚苯乙烯（PS）包覆磁珠—阴离子交换聚苯乙烯（PS）包覆磁珠—表面氯甲基聚苯乙烯（PS）包覆磁珠—表面环氧基|环氧基磁珠|高密度环氧基磁珠聚苯乙烯（PS）包覆磁珠聚苯乙烯（PS）包覆磁珠—表面羧基|羧基磁珠|高密度羧基聚苯乙烯磁性微球羧基磁珠|化学发光磁珠|发光免疫磁珠链霉亲和素磁珠|1微米 SA 磁珠|免疫发光磁珠|链霉亲和素标记磁珠超均一单分散磁珠表面二氧化硅包覆PuriMag-Homo-SiO2超均一单分散磁珠表面聚合包覆PuriMag-Homo-polymer琼脂糖磁性微球偶联用琼脂糖磁珠羧基活化琼脂糖磁珠|羧基琼脂糖微球|Magarose-COOH氨基活化琼脂糖磁珠|氨基琼脂糖微球|Magarose-NH2NHS活化琼脂糖磁珠|NHS琼脂糖微球|Magarose-NHS环氧基活化琼脂糖磁珠|环氧基琼脂糖微球|Magarose-EpoxyCNBr活化琼脂糖磁珠|CNBr琼脂糖微球|Magarose-CNBr醛基活化琼脂糖磁珠|醛基琼脂糖微球|Magarose-CHO琼脂糖磁性微球|琼脂糖磁珠|Magnetic agarose bead蛋白纯化琼脂糖磁珠Protein A/G包被琼脂糖磁珠|Protein A/G包被琼脂糖微球|Magarose-ProA/GStrep-tag II蛋白纯化磁珠|Strep-Tactin琼脂糖磁性微球DEAE弱阴离子交换琼脂糖磁珠肝素包被琼脂糖磁珠|Heparin包被琼脂糖微球GST融合蛋白纯化用琼脂糖磁珠His-tag标签蛋白纯化磁珠Magarose TED组氨酸标签蛋白纯化磁珠|Magarose NTAHis标签蛋白纯化磁珠|Magarose IDA其他羧基磁珠|羧基磁性微球|羧基磁性纳米粒子Fe3O4磁核|超顺磁性纳米氧化铁|铁氧体磁珠|200-400nm磁性纳米粒子PCR产物纯化磁珠|Agencourt AMPure XP等效磁珠免疫磁珠链霉亲和素磁珠链霉亲和素-生物素（SA-Biotin）Streptavidin/SA/链霉亲和素蛋白偶联链霉亲和素共价连接于固相载体表面结合生物素化抗 体、核酸、蛋白等配体分子免疫沉淀磁珠Protein A/GMag NH修饰生物配体快速偶联磁珠Magrose NHS修饰生物配体快速偶联磁珠基础磁珠羟基磁珠Mag OH/核酸提取和纯化设计羧基磁珠Mag COOH超顺磁性、快速磁响应性、丰富羧基官能团、单分散性和亚微米尺度粒径蛋白分离纯化羧基磁珠羧基磁珠高载量蛋白/多肽/寡聚核苷酸/药物分子氨基磁珠Mag NH2单分散性氨基磁珠寡聚核苷/蛋白/多肽-戊二醛-共价偶联微球表面葡聚糖纳米磁珠Dextran超顺磁性氧化铁颗粒粒径为13-15 nm之间蛋白纯化磁珠His-tag蛋白纯化磁珠IDA-NickelIDA-CobaltIDA-Nickel KitIDA-Cobalt KitGST融合蛋白纯化磁珠融合蛋白纯化磁珠GSH融合蛋白纯化磁珠GSH kitStrep-tag II蛋白纯化磁珠新型功能化材料Strep-tag II新型功能化材料蛋白纯化磁珠Magrose Strep-TactinMagrose Strep-Tactin kitrp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys肝素磁珠Magrose Heparin快速的磁响应性的肝素磁珠磁珠表面偶联肝素带有负电性硫酸根离子基团DEAE磁珠Magrose DEAE弱阴离子交换磁珠快速的磁响应性DEAE磁珠离子交换能力的DEAE磁珠极高的蛋白结合能力的DEAE磁珠离子交换配基为二乙氨乙基的DEAE磁珠抗体纯化磁珠Protein A/G抗体纯化磁珠Protein A Antibody Purification KitProtein A/G Antibody Purification KitMagrose ProteinA Antibody Purification核酸提取磁珠病毒DNA/RNA提取试剂盒Viral DNA/RNA Kit游离DNA提取试剂盒Circulating DNA Ki唾液基因组DNA提取试剂盒Saliva DNA Kit粪便总DNA提取试剂盒Stool DNA Kit血液基因组DNA提取磁珠试剂盒Blood DNA Extraction KitDNA片段筛选试剂盒(磁珠法)DNA Select IsolationPCR产物纯化试剂（磁珠法）PCR Purification凝胶回收试剂盒质粒 DNA 小量抽提试剂盒wyf 02.01