最新7分+ 通路/基因集泛癌分析 两个月接收
发表杂志：ComputStruct Biotechnol J.
影响因子：7.271
关于基因集泛癌分析的文章，我们最近也解读过很多
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关于基因集泛癌分析，可以是一个通路，可以是一个基因家族，也可以是一个复合物等等，只要是有联系的多个基因都可以。
目前我们有一些基因集/通路的预分析结果，可以联系小编进行深入分析，也可以提供你感兴趣的基因集，我们来做分析。
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研究背景
流程图
数据收集
①下载29种TCGA癌症类型的转录组（RNA-Seq、RSEM标准化）、体细胞突变、体细胞CNA、蛋白质表达谱和临床数据。
②癌症药物敏感性基因组学网站下载962种癌细胞系的转录组数据及其对265种化合物的药物敏感性（IC50）数据。
③从Depmap网站获得662种癌细胞系的RNAi敏感性数据。
④从TCGA SpliceSeq网站获得TCGA癌症中的替代剪接事件。
⑤从CORUM protein Complexes的剪接体蛋白复合物，HGNC的主要剪接体蛋白和KEGG SP交集中获得了75个关键的剪接体分子。
SP与癌症预后之间的关联
①分析SP评分与肿瘤进展表型（包括肿瘤分期、分级和转移）之间的关联。
③多变量Cox回归分析SP评分与免疫评分、干性评分、肿瘤纯度、年龄、分期、分级和转移状态之间的关系。
结果：
下图A：Kaplan-Meier曲线显示在不同癌症中，SP评分较高（>中值）的肿瘤比NS评分较低（<中值）的肿瘤生存状态更差。
下图B：在不同癌症中，晚期（晚期、高级别或转移性）肿瘤的SP评分显著高于非晚期（早期、低级别或原发性）肿瘤。
下图C：SP评分与干性评分、MKI67表达水平、ITH评分、细胞周期和细胞凋亡途径评分之间的关系。
SP与肿瘤免疫特征之间的关联
①使用ESTIMATE算法根据基因表达谱计算每个肿瘤样本的免疫评分、基质评分和肿瘤纯度。
②分析SP与免疫评分、基质评分、肿瘤纯度之间的关联。
结果：
下图A：不同癌症中SP评分和免疫评分之间呈显著负相关关系。
下图B：不同癌症中SP评分与基质评分之间呈显著负相关关系。
下图C：不同癌症中SP评分与肿瘤纯度之间呈显著正相关关系。
SP与肿瘤基因组不稳定性之间的关联
①调查SP与基因组特征（TMB和非整倍体）之间的关联。
②使用2个预测因子（TMB和HRD评分）的逻辑回归模型预测SP分数。
③使用3个预测因子（SP评分、HRD评分和TMB）的逻辑回归模型预测免疫特征评分。
结果：
下图A：SP评分与肿瘤突变负荷(TMB)和同源重组缺陷(HRD)评分之间的相关性。
下图B：用TMB和HRD评分预测SP评分（高>中位数，低<中位数）的逻辑回归分析。
下图C：用SP评分、TMB和HRD评分预测免疫特征评分的逻辑回归分析。
SP评分与癌症亚型之间的关联
①比较不同癌症类型及癌症亚型之间的SP评分。
②分析231个突变肿瘤样本大小超过20个的基因突变与GBM中SP评分之间的关系。
③比较29种癌症类型中剪接体基因突变和剪接体基因野生型肿瘤的SP评分，比较16个剪接体基因中至少有1个突变的肿瘤与没有突变的肿瘤之间的SP评分。
结果：
下图A：在17种癌症类型中，肿瘤的SP评分显著高于正常样本。
下图B-G：EGFR突变型与EGFR野生型（B）、BRAF突变型与BRAF野生型（C）、KRAS突变型与KRAS野生型（D）、乳腺癌（E）、剪接体基因突变型与剪接体基因野生型（F）的SP评分、剪接体基因突变亚型与剪接体基因野生亚型（G）之间的差异。
SP评分与癌症分子特征之间的关联
①分析SP评分与11种蛋白质（Cyclin_B1、PCNA、MSH6、Chk2、MSH2、S6、TFRC、RBM15、FoxM1、ASNS和FASN）之间的关联。
②在不同癌症类型中鉴定KEGG通路在高SP评分和低SP评分肿瘤中的富集情况。
③分析SP评分与癌症中7种主要DNA损伤修复途径之间的关联。
结果：
下图A：在至少10种不同癌症类型中，11种蛋白质在较高SP评分（>中值）中的表达水平显著高于低SP评分（<中值）肿瘤中的表达水平。
下图B：KEGG通路在高SP评分和低SP评分肿瘤中高度富集。
下图C：SP评分与29种癌症类型中的7种DNA损伤修复途径评分之间的关系。
下图D：在TP53突变的14种癌症类型中，SP评分显著高于TP53野生型肿瘤。
SP评分与癌症免疫治疗和靶向治疗之间的关联
①分析Snyder（黑色素瘤）、Nathanson（黑色素瘤）、Braun（肾细胞癌）和Snyder（尿路上皮癌）队列中SP评分对ICI的反应水平。
②分析上述队列中16个剪接因子基因表达与SP评分对ICI反应之间的关联。
③从癌症药物敏感性基因组学（GDSC）中探索癌症细胞系中SP评分和药物敏感性(IC50)之间的关系。
结果：
下图A：在免疫检查点抑制剂(ICI)治疗的4个队列中，具有较低SP评分（<中位数）的肿瘤对ICI的反应率更高。
下图B：在Snyder队列中，SP评分较低的肿瘤比SP评分较高的肿瘤显示出更好的OS，而在未接受ICI治疗的TCGA黑色素瘤队列中，SP评分较高和SP评分较低的肿瘤显示OS没有显著差异。
下图C：在接受ICI治疗的3个队列中，编码剪接因子的基因表达水平较低（<中值）的肿瘤比表达水平较高（>中值）的肿瘤显示出更高的反应率。
下图D：两种化合物（STF-62247和KIN001-260）IC50值与GBM、THCA和结直肠癌细胞系的SP评分呈显著负相关。
SP和癌细胞系中RNAi敏感性特征之间的关联
①分析662个癌细胞系中19177个基因的RNAi敏感性值与SP评分之间的关联。
结果：
下图A：RNAi敏感性值与癌细胞系中的SP评分呈现出很强的正相关关系。
下图B：在癌细胞系中，其RNAi敏感性值与SP评分具有强相关性的基因显著参与了RNA调控和DNA损伤修复途径。
下图C：SP评分与癌细胞系中细胞周期呈显著正相关关系。
剪接事件与癌症中SP和免疫特征之间的关联
①首先确定100个在不同癌症类型中的PSI值与免疫评分相关性最强的剪接事件（PSI：剪接百分比，定义将外显子剪接到基因的所有转录本中的效率）。
②分析不同剪接事件与癌症中SP评分和免疫特征的之间的关联。
结果：
下图A：31个剪接事件的PSI值与至少10种癌症类型的免疫评分呈正相关。
下图B：38个剪接事件的PSI值与至少10种癌症类型的免疫评分呈负相关，并且在不同癌症中，SP评分较高的肿瘤高于SP评分较低的肿瘤。
小结：
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