代谢组学研究的最大难点是什么？

代谢组学研究最大的难点是代谢物的鉴定，原因如下：

1）代谢物的鉴定主要是根据实际得到的谱图和数据库中的谱图进行比对，根据其匹配程度获得鉴定结果。因此，数据库中物质的覆盖范围很大程度影响了代谢组学研究的发展；

2）  同一个代谢物在不同仪器平台（如Waters/Thermo/AB平台等）上获得的图谱是不同的；同一个仪器平台上，不同分析条件下获得的图谱也不同；甚至不同浓度、不同时间下，同一个物质打出的图谱也会有所差别；不同的匹配算法导致的鉴定结果也不同。

因此，如果代谢物定性不准确，即使检测到再多物质，所获得的数据也是没有意义的。基于上述难点，可以从数据库可靠性、实验设计严谨性等角度加以改善：

1)    目前主流方法是根据二级谱图与数据库匹配来鉴定物质。由于公共数据库中二级谱图数据较少，且平台、参数设置等有差异，这增加了鉴定物质的难度。因此很多公司会自己购买标准品进行质谱分析获得谱图，同时整合公共数据库，这样获得数据库更加全面准确，以期尽可能多且准确的鉴定物质。

2)    需要一起分析的样本建议一批送测，同批次处理、上机、分析，平台及分析方法保持一致，以避免实验操作、仪器平台不同以及其他人为因素影响物质的鉴定。