STAMP下载安装及使用

STAMP是对两组或多组样本在任何分类水平进行显著性差异分析的软件包，包括物种和功能差异分析。

一、 下载及安装

1. 下载网址：http://kiwi.cs.dal.ca/Software/STAMP

点击下载

2. 下载后安装，安装完成后直接打开即可使用。

二、 STAMP页面介绍

页面主要分为五个部分，即菜单栏，绘图选择区，原始数据显示区，图形显示区和分组信息。

三、 以之前的数据为例应用STAMP作图

此次研究是物种组间显著差异分析。

1 运行步骤

以两组间进行比较为例

准备两个文件：OTU表和分组信息

OTU表行为OTU信息，列为样本信息。在功能差异分析中，行为功能分类，列为样本信息。截图如下：

分组信息依据自己的研究进行分组，不限于两组，可选择分析的层级：Multiple groups(多组分析)，Two groups(两组分析)和Two samples(两样本分析)。本次研究只分为两组，第一列是样本名称，第二列是样品对应的组别，分组信息截图如下：

两组分析时，统计检验（Statistical test）分三种：t检验，welch’s t-test，white’s non-parametric test。多组分析时，统计学方法是ANOVA和Kruskal-Wallis H-test，两样本比较时，统计方法是Bootstrap, Chi-square test, Chi-square test(w/Yates’),Difference between proportions, Fisher’s exact test, G-test, G-test(w/Yates’), G-test(w/Yates’)+ Fisher’s, Hypergeometric, Permutation。

导入文件。File→load data ；profile file选择OTU表（otu_stamp），Group metadata file(optional)（group_stamp）选择分组信息。

值得注意的是在导入文件时，文件路径不能包括中文信息。如含有中文路径会出现如下错误。

设置。文件导入成功后，可以进行组间样本分析和样本间分析，在这里是组间分析，Profile level在此次分析时只有OTU水平，如还有其他level，可点小三角选择。点击Two groups→设置每组的颜色（Group 1为绿色，表示健康组；Group 2为红色，表示疾病组）→Statistical test选择t检验，其他默认即可。

图形生成。此时已经生成各种图形，作图类型有PCA（主成分分析图），柱形图，盒形图，热图，scatter plot（散点图），Extended error bar（差异条形图），常用的有主成分分析图，差异条形图。

点击Configure plot，可以对每种图片进行设置：排序可以按照P值排序，也可以按照OTU 的顺序；是否显示P值；图形宽度和高度。此次是默认设置。

生成图形后，file→save plot。另外，在photoshop里可以修改图片的分辨率，文章发表的分辨率要求一般是300。根据PCA图，可以知道两组的物种是否存在差异，如图所示，两组物种没有显著分开。从差异条形图中可知差异物种（p<0.05）也较少。

图1 PCA图

图2 差异条形图

注意点：

1) 格式最好存为txt格式。

2) OTU表的行列不能颠倒。

3) 如果表里有空格会直接报错。

4) 文件导入时不能包含中文路径。