单基因纯生信轻松发6分SCI
大家好，今天要和大家分享的是2021年2月发表的一篇文章：“CTHRC1 Is a Prognostic Biomarker andCorrelated With Immune Infiltrates in Kidney Renal Papillary Cell Carcinoma andKidney Renal Clear Cell Carcinoma”。
对于单基因的分析，挑选基因最为关键。小编认为容易发表的基因要符合以下几点（符合条件越多越好）：
1 在多种肿瘤中该基因高表达
2 在多种肿瘤中该基因高表达的患者预后差
3 在多种肿瘤中该基因在高分期表达较高
4 不同肿瘤中的富集分析有比较集中的几种结果
5 在一种或者多种肿瘤中与特定免疫细胞浸润相关，如巨噬细胞，CD8T细胞等
6 最好用不同的方法证明5中的结论
7 在某一种或者几种肿瘤中集中于一些免疫相关基因相关性高
8 该基因最好报道过，但是又研究较少，有一定新颖性
如果能筛选到这样的基因，再添加单基因的各种层面分析，肯定是比较容易接收的。能再加一些实验验证就更好不过了。另外，我们也可以做复杂的单基因泛癌高阶套路。详见：
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发表杂志：Frontiers in Oncology.
影响因子：4.848 即时影响因子：6.02
一、研究背景
肾脏癌是与癌症相关的死亡的十大原因之一。其中肾细胞癌（RCC）是最重要的肾癌类型。此外，肾透明细胞癌（KIRC）和肾乳头细胞癌（KIRP）占所有肾细胞癌的近95％。RCC的诊断，检查，手术和药物治疗已经取得了进展。但是，其临床结果仍不令人满意。RCC具有很高的免疫渗透水平，免疫疗法是目前RCC最有希望的治疗方法之一。
CTHRC1是一种30kDa分泌的蛋白质，在皮肤伤口愈合、实体肿瘤、软骨、骨骼发育和肌纤维细胞中表现强烈，可通过影响各种癌症类型的特定途径来促进肿瘤细胞的进展。但在KIRP和KIRC进展和肿瘤渗透淋巴细胞的基本机制仍然不清楚。
二、流程图
三、结果解读
1、TIMER，Oncomine和UALCAN数据库分析CTHRC1在不同肿瘤与正常组织中的表达差异
①与正常组织相比，CTHRC1在各种癌症组织中显著较高（下图A)
②CTHRC1mRNA表达在大多数人类肿瘤中显著较高，特别是在KIRP和KIRC中（下图B)
③UALCAN数据库验证了在CTHRC1在KIRP和KIRC组织中高表达。（下图C-G)
④CTHRC1表达与KIRP中的肿瘤组织学、阶段、淋巴结转移有关（下图D-F)
⑤KIRC中CTHRC1高表达与淋巴结转移高等级和阶段有关（下图H-J)
2、Kaplan-Meier数据库预测CTHRC1表达在人类癌症中的预后意义
①高水平的CTHRC1预测KIRP（下图A，B），KIRC（下图C，D），THCA（下图E，F）和LUAD（下图G，H）的预后不良。
②使用R软件"survival"包评估CTHRC1在各种癌症中的多重临床预测指标。
③森林图显示，CTHRC1是KIRP和KIRC中预后的危险因素。
④Kaplan-Meier图表明CTHRC1的高表达在KIRP（下图A-D）和KIRC（下图E-H）中预后较差。
3、Kaplan-Meier数据库调查了CTHRC1表达与KIRP和KIRC的不同临床特征的相关性
CTHRC1高表达与女性OS和RFS较差有关，男性中CTHRC1表达水平上调与更差的预后结果相关，CTHRC1在KIRC不同分期表达存在差异（见下表）
4、分析CTHRC1与肿瘤免疫细胞浸润水平的相关性
①使用TIMER分析了各种癌症类型中CTHRC1水平与免疫浸润水平的相关性。结果表明：CTHRC1表达与B细胞，CD4 T细胞，CD8 T细胞，树突状细胞和中性粒细胞相关（下图A）。
②CTHRC1水平与CD4 T细胞的浸润水平、嗜中性粒细胞、巨噬细胞、树突状细胞呈正相关。（下图B）。
③CTHRC1与B细胞，CD4 T细胞，CD8 T细胞，树突状细胞和中性粒细胞无相关性（宫颈癌和宫颈癌）（下图C）。
④Cox风险预后模型判断了KIRP和KIRC中CTHRC1水平和肿瘤浸润免疫细胞的预后价值。结果表明，CTHRC1表达与KIRP的临床预后显着相关（下表）。此外，CTHRC1表达与KIRC的临床之间有很强的相关性（下表2）。
⑤使用TISIDB数据库进一步探讨了CTHRC1水平与28种肿瘤免疫浸润细胞亚型之间的关系。结果表明，CTHRC1与KIRP中的27种免疫细胞亚型相关（下表3）。结果强烈证实，CTHRC1可以作为KIRP和KIRC中的主要肿瘤免疫浸润调节剂。
5、分析CTHRC1与各种免疫细胞的基因标记的相关关系
①TIMER数据库评估了KIRP，KIRC和CESC组织中CTHRC1表达与肿瘤浸润免疫细胞基因标志物水平之间的相关性。结果表明：KIRP组织中的CTHRC1水平与B细胞，单核细胞和树突中性粒细胞，DC，CD8 T细胞，T辅助细胞，Tregs和T exhaustion细胞的免疫标记密切相关。此外，KIRC中的CTHRC1与B细胞，巨噬细胞和嗜中性粒细胞的标记基因正相关。
②CTHRC1水平与T细胞标志物水平的各种亚型显着相关（下表）。
6、基于免疫细胞在不同肿瘤中的表达分析CTHRC1的预后潜力
①CTHRC1水平与KIRP和KIRC的免疫浸润有关，在KIRP和KIRC中，上调CTHRC1预后较差。
②Kaplan-Meier分析KIRP和KIRC中的CTHRC1表达对B细胞，CD4+T细胞，CD8 T细胞，巨噬细胞，NK T细胞，Treg T细胞，Th1细胞，Th2细胞的影响。结果表明：分析表明，免疫浸润可能部分影响KIRC和KIRP患者的高CTHRC1表达预后（下图）
7、CTHRC1基因突变、拷贝数变异和甲基化分析
①通过UCSCXena数据库验证了KIRP和KIRC中CTHRC1的DNA甲基化、基因突变、CNV水平。热图表示CTHRC1 mRNA的表达与CNV和DNA甲基化相关，但与KIRP和KIRC中的体细胞突变无关（下图A-B)
②与正常组织相比，KIRP和KIRSC的甲基化水平较低。
四、小结
在这篇文献中，作者分析了CTHRC1的表达、预后、遗传变异以及与KIRSP和KIRC肿瘤免疫细胞渗透的相关性。结果发现，与正常组织相比，CTHRC1表达在KIRSP和KIRC中高度升高，并与KIRSP中的肿瘤组织学、阶段、淋巴结转移、相关免疫渗透细胞及许多免疫型标记呈正相关关系；且与DNA甲基化和CNV有很强的相关性。这些结果表明，CTHRC1的上调与临床病理特征，预后不良和免疫细胞浸润密切相关。DNA甲基化和拷贝数变异可能归因于CTHRC1上调。此外，本次研究也提供了一种新的机制，即CTHRC1可能通过肿瘤免疫浸润影响KIRP和KIRC的预后。